Во втором томе, названном «Антропогенез», Елена Петровна предприняла попытку увязать историю человечества с эволюцией мироздания. Блаватская сопровождала свою циклическую концепцию утверждением, будто бы каждому кругу сопутствует падение и возвышение семи последовательных «коренных» рас: в первом – четвертом кругах расы испытывают упадок духовного развития, отдаваясь во власть материальному миру, в пятом – седьмом кругах расы поднимаются к свету.
Согласно Блаватской, подлинная «человечность» в ее материальном воплощении может быть обретена только пятой коренной расой, которой названа арийская раса. Ей предшествовали соответственно: астральная раса, возникшая в невидимой и священной земле; гиперборейцы, жившие на исчезнувшем полярном континенте; лемурианцы, процветавшие на континенте в Индийском океане; раса жителей Атлантиды, погибшая в результате глобальной катастрофы.
Как легко догадаться, теория коренных рас также была позаимствовала Блаватской – у более раннего автора, французского драматурга-мистика Антуана Фабра д’Оливе, описавшего похожую схему в фундаментальном труде «Философская история человечества» (1824). Задолго до основательницы Теософского общества француз увлекся восточной эзотерикой, однако желание упростить сложные космологические концепции, заложенные в индуизме и буддизме, сыграло с ним злую шутку: кажущиеся пробелы он заполнял за счет пылкого воображения, не стесняясь выстраивать целые концепции на созвучии слов и сходстве символов.
Обращает на себя внимание четко выраженный расовый акцент, проступающий в «Тайной доктрине». Хотя из текста можно вынести вполне ясное соображение, что под расами Елена Блаватская понимала не антропологические типы, а ступени развития, через которые проходят все человеческие души, эволюционируя в материальном мире посредством повторяющихся воплощений (инкарнаций) от чистой астральной матрицы (первая коренная раса) к высшему энергетическому существу (седьмая коренная раса), Елена Петровна не удержалась от того, чтобы не составить собственную иерархию народов в духе бытового расизма:
То, что вдохновенные индусы, премудрые тибетцы и пресвященные европейцы вымирают ничуть не хуже африканцев и островных аборигенов из-за отсутствия внятных представлений о механизмах возникновения и распространения вирусных заболеваний, Елену Блаватскую, похоже, не волновало – важнее для нее было показать, что не все народы одинаково ценны. Получается, что Блаватская поддерживала идею «духовного расизма», согласно которой некоторые расы духовно превосходят остальные. Кстати, семитскую расу (особенно арабов, но также и евреев) она называла «духовно деградировавшей», хотя и достигшей совершенства в материальном аспекте бытия.
Помимо расовых акцентов, теософия также подчеркивала принцип элитаризма. Елена Блаватская претендовала на безусловный авторитет, определяемый ее местом в оккультной иерархии. В своих рассказах о предыстории человечества она также часто ссылается на выдающуюся роль элитарных священников коренных рас прошлого. Так, когда лемурианцы погрязли во зле и пороке, только «избранные» остались чисты духом. Впоследствии они составили лемуро-атлантическую династию королей-жрецов, обитающую в легендарной стране Шамбала в пустыне Гоби (раньше, по мнению Блаватской, там был роскошный остров).