Первые дни войны для Генштаба были трудной школой. Но постепенно его роль в управлении войсками стала повышаться. Возглавивший Генштаб Б. М. Шапошников снова взял шефство над А. М. Василевским.
Александр Михайлович потом неоднократно говорил, что он учился у Б. М. Шапошникова стилю работы, обстоятельности в принятии военных решений, что руководство Б. М. Шапошникова являлось для него «постоянной и неоценимой школой»...
Враг подошел к Ленинграду, форсировал развитие событий на Юго-Западном направлении, рвался к Москве. Становилось все более очевидным, что, как и предполагалось, его усилия концентрируются на Западном направлении для захвата Москвы. Смоленское сражение показало возросшую силу советских войск, их умение держать жесткую оборону. Ставка и Генштаб оказывали существенную помощь Западному фронту.
На исходе июля А. М. Василевский получил новое назначение — заместителем начальника Генерального штаба и начальником его Оперативного управления. Теперь он вместе с Б. М. Шапошниковым или один бывает по нескольку раз в сутки в Ставке. Постоянно выполняет оперативные задания, держит связь с фронтами, передает им директивы Верховного Главнокомандующего.
В начале сентября обострилась обстановка на Юго-Западном фронте. Противник бросил крупные силы, чтобы выйти на левый берег Днепра, взять в кольцо Киев. Верховный надеялся на лучшее, на способность командования фронтом сдержать натиск гитлеровских танковых дивизий.
Сложность положения Б. М. Шапошникова и А. М. Василевского заключалась в том, что их мнение в оценке обстановки расходилось с мнением Верховного Главнокомандующего. Учитывая угрозу, нависшую над советскими войсками в районе Умани, возможность выхода противника на левый берег Днепра, они предлагали отвести их на новую оборонительную линию. И. В. Сталин не соглашался с таким предложением. А. М. Василевский потом говорил, что при каждом предложении об отводе войск Верховный «выходил из себя», упрекал их, что они пошли по линии наименьшего сопротивления.
И. В. Сталин искренне верил, что на юге будет создана крепкая оборона, войска не отойдут за Днепр. Ставка вела напряженные переговоры с командующими Юго-Западным направлением и фронтом. Александр Михайлович участвует в них, но повлиять на решение Верховного Главнокомандующего не может.
Склонившимся над картой Юго-Западного направления и застал Александра Михайловича Г. К. Жуков, зашедший попрощаться перед отъездом в Ленинград. На вопрос Г. К. Жукова, как он расценивает там обстановку, Александр Михайлович ответил:
— Думаю, что мы уже крепко запоздали с отводом войск за Днепр.
Александр Михайлович оказался прав. События развивались крайне неблагоприятно. Успех на юге позволил немецко-фашистским войскам усилить нажим на Москву. Над столицей нависает серьезная опасность. В Оперативном управлении Генштаба проходит партийное собрание. Присутствует и Б. М. Шапошников. С докладом выступает А. М. Василевский. Он говорит, что тяжелая обстановка требует от каждого полной отдачи сил, что Ставка и Генштаб держат резервы, припасенные на «черный день» с тем, чтобы повлиять на ход военных действий. Доклад был проникнут горячей верой в конечную победу. С. М. Штеменко писал, что это собрание дало «мощный заряд бодрости и мужества»{С. М. Штеменко. Генеральный штаб в годы войны, кн. 1. М., 1975, стр. 43.}.
Прорыв немецко-фашистских войск под Вязьмой потребовал от Ставки и Генштаба новых усилий по организации обороны Москвы. 5 октября ГКО принимает решение о защите советской столицы. В район Гжатска и Можайска выезжают члены Политбюро ЦК партии и ГКО К. Е. Ворошилов и В. М. Молотов. От Ставки вместе с ними отправляется А. М. Василевский в сопровождении группы офицеров Генштаба. Задача А. М. Василевского — собрать отходившие части в кулак и направить на оборонительный рубеж можайской линии. Он поддерживает непрерывную связь со Ставкой. В одном из разговоров докладывает о предложении объединить Западный и Резервный фронты. Оно принимается. Командующим Западным фронтом назначается Г. К. Жуков.
По возвращении в Москву Василевский поглощен изысканием дополнительных сил и средств для армий, оборонявших столицу. По поручению Верховного Главнокомандующего звонит в штаб Юго-Западного направления, передает распоряжение Ставки перебросить к Москве 2-й кавалерийский корпус. Александр Михайлович добавил:
— Верховный знает, что это будет большая жертва со стороны Юго-Западного направления, но он просил пойти на это.
Командующий Юго-Западным направлением предупреждает, что у них нет свободных железнодорожных составов.
А. М. Василевский докладывает о результатах переговоров Верховному Главнокомандующему, а штаб Юго-Западного направления с надеждой на отказ ждет ответа.
А. М. Василевский снова идет в аппаратную Ставки, вызывает начальника штаба Юго-Западного направления и говорит:
— Прошу принять и доложить ответ товарища Сталина главкому: «Товарищ Тимошенко! Составы будут поданы. Дайте команду о погрузке корпуса. Корпус будет пополнен в Москве»{И. X. Баграмян. Так начиналась война. М., 1977, стр. 402.}.