После подписания соглашений в Женеве весть о выводе советских войск из РА руководство ИОАП восприняло как устранение главного препятствия в осуществлении своих планов по созданию исламского государства на севере и северо-востоке Афганистана. Учитывая настроения подавляющего большинства населения контролируемой зоны (в том числе мятежников, подчиненных формирований), Ахмад Шах запретил вести боевые действия против советских войск, чтобы не провоцировать их на ответные шаги.
В этот период Масуд прилагал усилия по нормализации жизни в Панджшере — основном районе дислокации группировки ИОАП. 28–29 мая 1988 года в Дашти-Риват (42 км северо-восточнее Руха) он провел совещание главарей ИОАП, где обсуждались вопросы, связанные с экономическим, хозяйственным восстановлением, освоением районов, освобожденных советскими и правительственными войсками, а также проблемы размещения возвращающихся в Панджшер беженцев (возвратились около 30 тыс. человек).
Несмотря на сложность этой проблемы, Ахмад Шах настаивал, чтобы процесс их возвращения не прекращался. Это было связано с генеральной линией деятельности Масуда — обеспечить нормальную жизнь населению, служившему ему опорой в борьбе, обеспечением роста численности потенциальных призывников в будущую армию ИОАП, а также с желанием Масуда иметь достаточный резерв в ходе дальнейшей борьбы за власть. В конце июля лидер ИОАП совершил инспекционную поездку по Панджшеру, контролировал ход строительных, ремонтных и сельскохозяйственных работ. В беседах с местными жителями заверял их, что войны в долине больше не будет, обещал дополнительную материальную и финансовую помощь для восстановления разрушенного и запущенного хозяйства.
Ахмад Шах Масуд в 1988 году женился на дочери своего ближайшего помощника Таджутдина. Супружеская жизнь Масуда увенчалась рождением шестерых детей, старший ребенок — сын Ахмад, остальные — дочери.
После вывода в мае советских, а затем и правительственных войск из Панджшера в июне 1988 года отряды Масуда закрепились в этом районе. В июле Ахмад Шах в качестве жеста доброй воли предложил освободить всех советских военнопленных и обещал отказаться от ведения боевых действий против советских войск в ходе их вывода из страны. Но это было расценено как провокация.