Выяснилось, что личный состав правительственных сил уклонился от вооруженного сопротивления оппозиции. И хотя руководители Кундуза по-разному описывали произошедшие события, смысл их рассказов сводился к тому, что мятежники превосходящими силами атаковали посты безопасности и, несмотря на героическое и отчаянное сопротивление защитников города, овладели им (на самом деле общее соотношение сил сторон составляло четыре к одному в пользу госвласти — 4,5 тыс. чел. против 1100 мятежников).
В то же время мы установили, что посты и заставы первого и второго поясов безопасности Кундуза не оказали никакого сопротивления, подразделения МВД и МГБ попросту разбежались, бросив оружие и технику. Некоторые перешли на сторону мятежников. Красноречивее всего говорил за себя тот факт, что среди защитников города не было ни убитых, ни раненых».
После анализа ситуации руководитель ОГ МО СССР в РА организовал подготовку к боевым действиям по освобождению города, принял меры по переброске дополнительных сил ВС РА (в том числе Гвардии особого назначения), а также нанесению авиационных ударов по скоплениям мятежников в прилегающих к Кундузу районах и отдал приказ на возвращение советских подразделений в провинциальный центр. Разработали необходимый план операции. Координация действий войск была поручена советнику начальника Генерального штаба ВС РА генералу П.Г.Чаусу. Он успешно справился с возложенной на него задачей. Правительственные войска (главным образом 18-я пд) в короткие сроки овладели городом.
Кундуз представлял собой жалкое зрелище, он был полностью разгромлен и разграблен. Многие дома были сожжены или взорваны. В пропагандистских целях афганское телевидение несколько дней показывало, во что превратили мятежники город за несколько суток своего пребывания в нем. Моджахеды нанесли большой морально-политический и материальный ущерб сторонникам руководства РА. Население Кундуза было возмущено действиями мятежников, которые разграбили все магазины, разгромили государственные учреждения и предприятия, вывезли из города большое количество материальных ценностей и захваченное военное имущество, а также угнали с собой около 200 девушек. С целью переложить ответственность за свои деяния на правительственные силы мятежники организовали самосуд над группой пленных солдат царандоя, которых обвинили в погромах дуканов. Им принародно отрубили руки.