Существенным дестабилизирующим фактором в столице остается наличие в городе большого количества вооруженных отрядов и групп моджахедов, принадлежащих к различным партиям. Практически все лидеры основных группировок по прибытии в Кабул стремятся сохранить прежнюю систему руководства и подчиненности своих формирований, а также контролируемые районы города. Находящийся в Кабуле специальный представитель Генсека ООН Б.Севан провел ряд встреч с членами Совета «джихада», в которых затрагивалась также проблема о судьбе бывшего президента РА Наджибуллы, укрывающегося по-прежнему в миссии ООН…
На периферии процессы формирования новых управленческих структур проходили под воздействием взглядов полевых командиров различных группировок, на принципах исламизации всех сторон жизни общества. При этом рассматривались два варианта: умеренный пакистанский и ортодоксальный иранский.
Конструктивная позиция Высшего совета Севера обеспечивала нормальный ход процесса по формированию коалиционных органов власти в северных провинциях страны. В районах традиционного расселения пуштунов аналогичные процессы протекали иначе. В провинциях Нангархар и Пактия ожесточенный характер приобрело противостояние между сторонниками ИПА и представителями других партий за занятие ведущих постов в создаваемых коалиционных органах власти.
В некоторых районах имели место боестолкновения между сторонниками различной партийной ориентации. Наряду с провинцией Пактия в Пактике и Газни также обострились разногласия между группировками Исламской партии Афганистана, Национального исламского фронта Афганистана и Революционного совета исламского согласия, поскольку лидер ИПА Г.Хекматиар выступил за резкое ограничение участия в местных органах представителей нацменьшинств и умеренных группировок, которые, по его мнению, в сговоре захватили власть в Кабуле.
Создание управленческих структур зачастую затруднялось из-за отсутствия необходимого опыта, постоянно возникающих противоречий между представителями различных партий и группировок по вопросам распределения наиболее выгодных должностей, а также низкого уровня организованности участников процесса.
6 мая на первом заседании Руководящего совета, прошедшего под председательством Б.Раббани, приняли решение о роспуске прежнего кабинета министров, возглавляемого Г.Хекматиаром, министерства госбезопасности, партии Отечество и двух палат Национального совета. А еще отменили все законы, противоречащие нормам ислама. Решением Руководящего совета была создана комиссия по разработке проекта временной конституции страны. Она должна была полностью отвечать положениям шариата. В провинциальных и уездных центрах стали закладываться новые мечети, часть общеобразовательных школ перепрофилировалась в религиозные учебные заведения (медресе). В работе нового органа приняли участие С.Моджаддеди (НФСА), аятолла Мохсени (ПИЕА), Н.Мохаммади (ДИРА), инженер Ахмад Шах (ИСОА), Абдул Каюм.
Признание созданных в Кабуле центральных органов поступило из большинства провинций, за исключением отдельных районов компактного проживания пуштунов — на востоке и юго-востоке Афганистана.
Стали создаваться новые газеты и журналы. Вспоминает Фахим Дашти, главный редактор газеты «Kabul weekly»: