Военные успехи вскружили голову лидерам ИДТ, решившим, что пришла пора во что бы то ни стало не только «дожать» «Северный альянс», но и активно распространять свои идеи в центрально-азиатских государствах. В новые независимые государства Азии под видом бизнесменов, беженцев, туристов, проповедников устремился поток идеологических диверсантов. И хотя в принципиальном плане непосредственной угрозы национальной безопасности России и ее союзников (массового перехода их границ) талибы не представляли, косвенно в перспективе они могли довольно существенно повлиять на дестабилизацию обстановки путем подрывных действий, а также оказания помощи и поддержки исламским экстремистам и террористам в Узбекистане, Таджикистане, Туркменистане, Киргизии.
Присутствие в рядах талибов большого количество арабов-ваххабитов способствовало усилению крайне радикальных взглядов в руководстве движения. Талибский режим превратился в базу, пособника и укрывателя международных террористов, способствовал их деятельности в других странах.
Гражданская война тогда вышла на новый виток и приобрела затяжной характер. В последующем ситуация могла развиваться по различным сценариям: переговоры между лидерами ОНОФА и ИДТ по вопросам раздела зон влияния и создания коалиционного правительства; эскалация вооруженного конфликта, в ходе которого противоборствующие стороны, поддерживаемые различными политическими силами и иностранными государствами, попытаются разгромить противостоящие друг другу вооруженные группировки и захватить власть в стране вооруженным путем. Ко второму варианту склонялись лидеры талибов. Они намеревались развернуть широкомасштабные боевые действия с целью окончательного разгрома антиталибской коалиции. В этом случае продолжительность гражданской войны определялась характером иностранной военной и политической поддержки.
В мае–июне 2000 года в ИГА возобновились крупномасштабные боевые действия. Весь июнь и первую половину июля в стране шли тяжелые бои (в основном в районе перевала Саланг и авиабазы «Баграм»). Талибы нанесли массированный удар с применением авиации и бронетехники по силам антиталибской коалиции, но Масуд выстоял и нанес талибам серьезный ущерб. Однако в вооруженных формированиях «Северного альянса» стала ощущаться хроническая нехватка вооружения, боеприпасов, продовольствия и другого снаряжения. Помощь, поступавшая из Узбекистана и Таджикистана, была явно несопоставима с тем, что получали талибы от своих покровителей из Пакистана, Саудовской Аравии и США.