Собственно штурм начался только рано утром 1 сентября. К этому времени орудия были установлены на прямую наводку — так что одни из двух городских ворот очень быстро оказались разбитыми. Красноармейцы рванулись внутрь — однако площадь за воротами оказалась обложена тюками хлопка, облитыми керосином. Отступая от ворот, бухарцы их подожгли. Прорвавшись сквозь огонь, красные тут же втянулись в долгий уличный бой. Все же к ночи город был взят, за исключением цитадели. Ее штурм красные оставили на утро.
Однако утром выяснилось, что воевать уже не с кем. Цитадель никто не защищал. Ночью большинство защитников разбежалось, а эмир удрал с тысячей своих нукеров. Красным осталось только зачистить город от некоторого количества фанатиков, собиравшихся умереть во имя Аллаха.
Так что Фрунзе мог с чистой совестью отправить Ленину телеграмму:
«Крепость Старая Бухара взята сегодня штурмом соединенными усилиями красных бухарских и наших частей. Пал последний оплот бухарского мракобесия и черносотенства. Над Регистаном победно развевается красное знамя мировой революции».
14 сентября были образованы Всебухарский революционный комитет, Совет народных назиров (комиссаров). 8 октября того же года Бухара стала столицей Бухарской народной советской республики (БНСР).
Но все оказалось не так просто. В очередной раз подтвердилась истина, что взятие столицы не обязательно означает конец войны.
1-я армия под командованием Г. В. Зиновьева гонялась за эмиром и поддержавшими его басмачами весь остаток года. Да и на следующий год пришлось идти в горную часть эмирата — только 2 февраля красные взяли Душанбе и вытеснили Алим-хана и его сторонников в Афганистан. Эмир Афганистана, имевший мирный договор с РСФСР, но и не желавший выдавать «брата», держал его в качестве почетного пленника, ежегодно выделяя средства на содержание.
Эмир с тех пор так и жил к Кабуле, где умер в 1943 году. Примечательна судьба его сыновей. После бегства отца они остались на советской территории. Двое были убиты в стычках с красными, а третий, Шахмурад, в 1929 году отрёкся от отца. Приняв фамилию Олимов, он служил в Красной Армии, а в 1960-х годах преподавал в Военной академии имени Фрунзе.
Но и на этом дело не закончилось. Красные не до конца осознали местную специфику. Пока крупные войска присутствовали — в окрестностях было все спокойно. Когда уходили — начиналось веселье. Главной трудностью была близость Афганистана — даже если оставить за скобками, что афганский эмир неявно сочувствовал басмачам. Прочной власти в удаленных районах Афганистана не было никогда, так что басмачи могли держать свои базы за границей и воевать сколько угодно.
Тем временем в руководстве БНСР начались неизбежные трения. Младо-бухарцам социализм был совершенно не нужен, да и курс на интеграцию в Туркестанскую советскую республику — тоже. Еще одной бедой стал хаос в подчиненности советских войск. Существовали части Красной Армии РСФСР, которые подчинялись командованию Туркестанского фронта. Были части Красной Армии БНСР, подчинявшиеся Старой Бухаре. Имелась еще народная милиция (не в современном понимании, а в изначальном — вооруженные жители). Эти подчинялись местным властям. Бардак-с…
А вот у противников Советской власти появился очень серьезный лидер — Исмаил Энвер, в Средней Азии более известный как Энвер-паша. Это был деятель отнюдь не местечкового уровня…
По рождению и по национальности Исмаил Энвер являлся турком. Мало того — генералом Османской империи. Энвер-паша был идеологом так называемого пантюркизма — объединения всех тюркских народов на языковой и религиозной основе.
Еще в 1913 году Энвер организовал в Турции так называемую «Младотурецкую революцию» — первую попытку модернизировать дряхлую Османскую империю. Во время войны он занимал высший военный пост заместителя главнокомандующего турецкими войсками — то есть реально командовал именно Энвер, потому как главнокомандующим числился султан, не отличавшийся военными талантами.
Энвер-пашу обвиняют также в организации геноцида армян и греков во время Первой мировой войны. По крайней мере, трибуналом Антанты в Стамбуле он был заочно приговорен к смертной казни. Заочно — потому что вовремя успел убежать в Германию на немецкой подводной лодке.
В Германии он связался с деятелями из Коминтерна, через которых вышел на Советское правительство и пытался вести переговоры с большевиками о создании просоветского исламского движения и антибританского сопротивления на Востоке. Однако договориться не удалось. Москва сделала ставку на другого турецкого борца с британским империализмом — Мустафу Кемаля (Ататюрка). Тот являлся сторонником светской модернизации страны, без всяких религиозных закидонов. Большевикам это было ближе. И, что самое главное — Кемаль был в Турции и «на коне», а не в эмиграции…