Отходившие армии Колчака разбились на несколько групп, охватываемых кольцом местных партизанских отрядов. Южная из них устремилась по тракту Барнаул – Кузнецк – Минусинск, Средняя, несколько более устойчивая, двигалась вдоль Сибирской магистрали и, наконец, Северная отходила вдоль речных систем севернее Сибирской магистрали. Перейдя на параллельное преследование, части 5-й армии, выходя на пути отступления противника, захватывали крупные трофеи, внося полное расстройство в отступающие колонны противника. 22 декабря 1919 г. был занят Томск; еще раньше этого остатки войск Дутова, энергично преследуемые Кокчетавской группой 5-й армии, уклонились в сторону от Семипалатинска вследствие происшедшего там взрыва изнутри и двинулись на Сергиополь. Южнее озера Балхаш наиболее сохранивший из этих остатков боеспособность IV корпус Бакича продержался до конца февраля 1920 г., после чего был разгромлен и отброшен в Китай.
После падения Омска и Томска разложение белых сибирских армий шло гигантскими шагами. От Колчака отворачивались все его союзники. Военные и дипломатические миссии Антанты спешно покидали гибнущую сибирскую реакцию и стремились поскорее добраться до Владивостока. Туда же спешно направлялись и чехословаки со всем награбленным ими имуществом.
В декабре 1919 г. еще около 30 000 чехословацких войск находилось в эшелонах западнее Иркутска. Среди них в своем поезде затерялся и «верховный правитель» – Колчак, причем часть его правительства уже успела пробраться в Иркутск. Чехословаки не позволяли колчаковским войскам пользоваться железной дорогой и даже приближаться к ней. Поэтому им приходилось двигаться походным порядком по сибирским трактам. Морозы и повальные эпидемии доканчивали уничтожение белых сибирских армий, в то время как Красная Армия не переставала наносить им свои сокрушающие удары.
Так, средняя колонна 5-й армии упредила под Красноярском Южную группу остатков колчаковских армий и 6 января 1920 г. заняла Красноярск, что повлекло за собой сдачу в плен большей части этих армий – 20 000 человек. Только небольшие остатки их продолжали свой путь в Забайкалье под командой ген. Каппеля. Всего же пленными в боях и сдавшимися за время преследования сибирские контрреволюционные армии потеряли до 100 000 человек. Военный разгром колчаковских армий совпал и с его политическим крахом.
Этому краху предшествовал официальный, так сказать, отход чехословаков от сибирской реакции и возглавлявшего ее правительства. В ноябре чехословаки опубликовали свое обращение к Антанте, в котором всю вину за убийства, грабежи и насилия, учиненные ими, сваливали на голову Колчака и его министров. Этим заявлением, которое должно было дойти и до сибирского населения, они пытались открыть себе спокойный отход через Сибирь. Заявление чехословаков лишало колчаковщину последней опоры. Во многих местах Сибири начала уже возникать местная «демократическая» власть, являвшаяся ступенькой к подлинной советской власти. Так случилось, например, в Енисейской губернии. Особенно роковым для колчаковского режима и его самого явилось революционное выступление в Иркутске. Там под формальным руководством эсеро-меньшевистских организаций, опиравшихся на часть местного гарнизона и на городское самоуправление, а также на стихийное стремление масс к выступлению, началась вооруженная борьба между частями гарнизона, остававшимися еще на стороне Колчака, и повстанцами. Местные коммунисты, не вступая в контакт с соглашателями, поддержали восстание, поскольку оно было направлено на сокрушение сибирской реакции.
Руководство чехословацким корпусом и сам «главком» всех союзных войск в Сибири, также скрывавшийся в чехословацких эшелонах французский генерал Жанен, поневоле должны были благосклонно смотреть на начавшееся выступление. Дело в том, что хвосты союзных войск, спешно выбиравшихся из Сибири, начали уже непосредственно на себе испытывать мощные удары красных, как только рухнула последняя отделявшая их от красных преграда в виде совершенно разложившихся сибирских белых частей. Первый сокрушительный удар под ст. Тайга получили белополяки. 27-я стрелковая дивизия почти полностью уничтожила 4-тысячный белопольский отряд, пытавшийся вступить в бой с нею, так как он принял ее за отряд местных партизан. Впечатление, произведенное этим поражением на противника, было настолько велико, что 8000 польских легионеров беспрекословно положили оружие.
В силу этого обстоятельства чехословаки и антантовское командование пошли на соглашение, более для них приемлемое, с местной соглашательской властью в Иркутске, оформившейся в так называемый Политический центр. Следующим их шагом явилось стремление укрепить положение Политического центра в массах. Косвенно они содействовали победе сторонников Политического центра в Иркутске, не пуская белых в полосу отчуждения железной дороги и держа благожелательный нейтралитет по отношению к повстанцам. 5 января 1920 г. последние окончательно утвердились в Иркутске.