События бухарской революции продолжали развиваться настолько быстро, что уже 25 августа командование фронта отдало свой приказ № 3667, который определил активное содействие Красной Армии с вооруженными силами революции. Политическая цель операции была определена т. Фрунзе как «революционная братская помощь бухарскому народу в его борьбе с деспотией бухарского самодержца». Начало операции назначалось в ночь с 28 на 29 августа. Чарджуйская группа должна была оказать содействие бухарским повстанцам по овладению г. Старым Чарджуем, а затем должна была бросить свою конницу на переправы Нарызым и Бурдалык через р. Амударью, чтобы перехватить всех беглецов, в том числе эмира и членов правительства, если бы они попытались спасаться бегством по этим путям в Афганистан. В этих же целях надлежало захватить г. Каракуль и железнодорожную станцию Якки-тут. Попутно с этими действиями отряда достигалось утверждение революционной власти по Амударье от хорезмской границы до Термеза включительно. Начальник Каганской группы т. Белов, по получении первых сведений о революционном перевороте в Старом Чарджуе, должен был двинуть свои части на столицу и загородный эмирский дворец Сатара-Махасса, в 5 км северо-восточнее Бухары, где «решительным и сокрушающим ударом уничтожить все военные силы старобухарского правительства и не позволять противнику организовать новое сопротивление». В особую задачу входил захват самого эмира и его правительства. Прочие группы и отряды должны были выполнять задачи, указанные в директиве от 12 августа. Задача Самаркандского отряда расширялась в том отношении, что поступавший в распоряжение этого отряда 7-й стрелковый полк после разгрома группировки противника в районе Шахрисябз-Китаб должен был овладеть районом Карши – Гузар, чтобы помешать остаткам войск Шахрисябзского бека уйти на Шарабад в восточные горные бекства.
Дальнейшие события начали развиваться в сроки, предусмотренные этим приказом. В ночь 28 августа закончилось сосредоточение всех сил Каганского отряда. Тогда же бухарскими революционерами был захвачен г. Старый Чарджуй, а части Чарджуйского отряда т. Никитина двинулись на переправы через Амударью, Наразым и Бурдалык и овладели ими 31 августа. В то же время особый отряд в составе 5-го стрелкового полка, сводной роты 8-го стрелкового полка и дивизиона 16-го кавалерийского полка был двинут из г. Нового Чарджуя на г. Каракуль.
Каганская группа перешла в наступление между 6 и 7 часами утра 29 августа. Она наступала двумя колоннами. В состав правой (восточной) входили 10-й и 12-й стрелковые татарские полки, 1-й кавалерийский полк, четыре орудия, 53-й автоброневой отряд, бронепоезд № 28. Эта колонна наступала от г. Кагана по шоссе и железнодорожной ветке на юго-восточную часть городской стены, где находились Каршинские ворота.
Левая колонна (западная) в составе 1-го Восточномусульманского стрелкового полка, стрелкового и кавалерийского полков отряда особого назначения при двух легких орудиях, высадившись в 14 км западнее ст. Каган, наступала на юго-западные Каракульские городские ворота. Таким образом, наступление было поведено одновременно на два противоположных пункта, что нельзя признать правильным, учитывая общую малочисленность наших сил. Артиллерийская группа, состоявшая из взвода крепостных 152-мм пушек на платформах и 122-мм батареи, должна была поддерживать наступление правой колонны.
Однако в первый день наступления она расположилась на предельной дистанции, поэтому ее огонь имел малые результаты. Для обороны каждых из ворот с прилегающими участками городской стены противник располагал силами до 2000–3000 бойцов и, кроме того, подвижным резервом вне города, в районе Сатара-Махасса, в количестве до 6000–8000 бойцов. Колонны медленно продвигались по пересеченной местности, встречаемые огнем и контратаками противника, и в первый день наступления успели лишь приблизиться к городским укреплениям, но не могли овладеть ими. В таком же положении прошел и день 30 августа.
31 августа в район Старой Бухары подошел Каракульский отряд и 2-й стрелковый полк с двумя батареями. В этот день руководство действиями всех сил над Бухарой было объединено в руках командующего 1-й армией Г.В. Зиновьева. Командование решило главный удар теперь наносить на Каршинские ворота, подготовка штурма которых артиллерийским огнем начата была еще 30 августа, причем тяжелая артиллерия была подтянута ближе к городу. В течение 31 августа командование группы сосредоточило против Каршинских ворот, вблизи которых в это время была уже пробита брешь, почти все свои силы, оставив в левой колонне только стрелковый полк (1-й Восточномусульманский), сводную роту 8-го стрелкового полка и кавалерийский полк отряда особого назначения.