Подчинение Деникину, имевшее столь большое значение для объединения командования вооруженных сил южной контрреволюции, состоялось также при участии Антанты и даже под ее давлением. Как французское командование (в лице генерала Вертело), так и английские представители Антанты единодушно настаивали на этом объединении «русских армий» в лице Деникина, которое и состоялось 26 декабря 1918 г. Только добившись этого подчинения, французы и англичане приступили к широкому снабжению объединенных сил контрреволюции вооружением, снаряжением и обмундированием. Но подчинение, проведенное с большими трениями лишь одновременно со сменой донского правительства, т. е. с уходом атамана Краснова (его заменил генерал Богаевский), осталось незавершенным, отражая общие противоречия между добровольческим централизмом и донским сепаратизмом на протяжении всего 1919 года. Конфликт ослабевал в особенно тяжелые для Дона моменты, как это было весной 1919-го, но усиливался в периоды военных успехов Донской армии, как это случилось летом того же года. Сказывалась непрочность объединения, основанного, по существу, лишь на военной диктатуре. В основе противоречий лежали политико-экономические причины. Хотя Донской круг и выявил в декларации от 13 (1) июня 1919 года «свое демократическое лицо», но, по существу, «казачий демократизм» прикрывал лишь заботу о закреплении и расширении казачьих сословных преимуществ в пределах Донской области, отставая даже от правопорядка, устанавливаемого властью Добровольческой армии, и мало отвечая «общегосударственным» устремлениям Деникина. Так, казачество не вводило органов земского и городского самоуправления и оставалось совершенно непримиримым в вопросе о наделении землей иногородних, в особенности «пришлых», которые составляли, однако, 24 % населения. Лишь к концу 1919-го были уничтожены «пограничные рогатки» с соседними областями. Постоянные столкновения вызывала общая экономическая политика Особого совещания, направленная к ограничению прав отдельных казачьих областей на вывоз продуктов или естественных богатств за границу или в другие области.
Между тем верхи казачества пытались прибрать к рукам естественные богатства края (уголь) с целью обращения их в источник сословных казачьих доходов. Тем не менее конфликт Добровольческой армии с Доном не принял таких острых форм, как с Кубанью, вследствие уже самого состава донской правительственной власти, где преобладали кадеты. Но были и другие причины. Для Дона экспорт зерновых хлебов не играл такой роли, как для Кубани, а потому и деникинская «блокада» не так задевала интересы донской буржуазии и войсковой казны. А главное – Дон гораздо непосредственнее чувствовал опасность со стороны советской власти и Красной армии, чем прикрытая Донским войском Кубань. Противоречия в самом казачестве на Дону между сильно «расказаченными» северными и богатыми кулацкими южными округами были гораздо глубже, чем на Кубани. Давал себя чувствовать также революционный элемент Донбасса: беспрерывное революционное брожение донецких шахтеров сдерживало рвение донцов в их трениях с Добрармией. Наконец, играли немаловажную роль противоречия между Доном и Кубанью на экономической почве: Дон был заинтересован в притоке продовольствия с Кубани, тогда как кубанские власти постоянно тормозили вывоз. При этом заправилы «общегосударственной» политики главнокомандующего пользовались этими противоречиями для борьбы с кубанской самостийностью. Атаман Краснов согласился на подчинение Донской армии Деникину с оговоркой, что «конституция Всевеликого войска Донского не будет нарушена» и что «достояние Дона, вопросы о земле и недрах», а также «условия быта и службы Донской армии не будут затронуты». С уходом Краснова были сделаны некоторые уступки, но потом все осталось по-старому.
«Донская армия, – пишет Деникин, – представляла из себя нечто вроде иностранной союзной. Главнокомандующему она подчинялась только в оперативном отношении; на ее организацию, службу, быт не распространялось мое влияние. Я не ведал также назначением лиц старшего командного состава, которое находилось всецело в руках донской власти». По словам Деникина, донское командование оказывало иногда пассивное сопротивление, проводя свои стратегические комбинации и относя к «force majeure» уклонение от общей задачи. «Так, в июне, – пишет Деникин, – я не мог никак заставить донское командование налечь на Камышин, а в октябре – на Воронежское направление и никогда не мог быть уверенным, что предельное напряжение сил, средств и внимания обращено в том именно направлении, которое предуказано общей директивой; переброска донских частей в мой резерв и на другие фронты встречала большие затруднения; ослушание частных начальников, как, например, генерала Мамонтова, повлекшее чрезвычайно серьезные последствия, оставалось безнаказанным».