Флотом по-прежнему распоряжались некомпетентные и своевольные матросские комитеты. Правда, на корабли позволили вернуться некоторым уцелевшим офицерам. Был даже назначен командующий — капитан второго ранга Мигель де Буиса, единственный родовитый моряк, оставшийся верным Республике. Но ему официально «помогали» (т. е. постоянно вмешивались во все действия) комитеты, не несшие ответственности перед правительством. Командование Буисы было марионеточным. Члены экипажей отличались храбростью, но подготовка их по-прежнему оставляла желать лучшего, а единственный линейный корабль был лишь наскоро отремонтирован.
Правда, такой флот во главе с линкором «Хайме I» и крейсерами избежал печальной участи «Непобедимой Армады» 1588 года. Он проделал маршрут в 1500 километров, половина которого пролегала во враждебных водах, благополучно добрался до пунктов назначения — Сантандера и Бильбао. Моряки доставили плохо оснащенным защитникам Севера 3000 единиц оружия. Крейсеры и линкор в ряде мест обстреляли побережье, занятое мятежниками. Эсминцы уничтожили выставленные восставшими минные заграждения, и подступы к Бильбао, Сантандеру и Хихону на несколько месяцев стали безопасными. Операция нанесла восставшим некоторый урон и оказала баскам и астурийцам весомую моральную помощь. Но мятежники не преминули воспользоваться уходом флота на север.
Не уверенные в собственных, в спешке набранных матросах, восставшие не рискнули сразиться с главными силами и довольствовались нападением на слабейшие отряды.
19 сентября эсминец «Веласко» потопил у Эль-Ферроля республиканскую подводную лодку с неисправным механизмом. 29 сентября крейсеры восставших — старый «Альмиранте Сервера» и новый «Канариас» вошли в Гибралтарский пролив и напали на дежурившие там эсминцы неприятеля. Те были застигнуты врасплох неожиданным ударом превосходящих сил. В неравном бою республиканский «Фернандес», вышедший в торпедную атаку на «Канариас», был потоплен. А его собрата «Гравину», несколько часов отстреливавшегося от «Серверы», крейсер подбил, отрезал от базы и вынудил укрыться в нейтральной Касабланке. (Впрочем, после ремонта «Гравина» сумел дойти до Картахены.)
У берегов Марокко и Андалузии после этого боя доминирующую позицию заняли малочисленные, но грамотно руководимые адмиралом Виерной морские силы восставших.
Методом проб и ошибок республиканские моряки установили, что базироваться в незащищенных с воздуха и плохо оборудованных северных портах чрезвычайно неудобно и рискованно. К тому же у республиканского флота появилась новая серьезная задача — прикрытие военных перевозок из СССР. Морское министерство радиошифровкой предписало Буисе следовать обратно в хорошо укрепленную Картахену, что и было выполнено к 14 октября. В Бискайском заливе Буиса оставил два эсминца и три подводные лодки.
Плавание республиканского флота вдоль португальских берегов ухудшило отношение Португалии к Народному фронту. Оно было расценено в Лиссабоне как признак агрессии. Как раз в сентябре Ларго публично заявил: после победы «Португалия войдет в марксистскую Испанию». Вскоре португальское правительство первым из всех прочих держав официально разорвало все отношения с Мадридом и признало восставших законной властью.
Мятежники почти не препятствовали обратному прорыву противника через Гибралтар, их корабли опасались столкновения с многочисленной торпедной флотилией республиканцев. По пути к флоту присоединился эсминец «Гравина», отремонтированный в Касабланке. Но сразу после возвращения республиканского флота в Средиземное море неприятель нанес ему новый урон. «Неизвестная» подводная лодка 17 октября прямо на рейде Картахены подорвала торпедой крейсер «Мигель Сервантес». Корабль с огромной подводной пробоиной вынужден был встать на ремонт. Четверть крупных кораблей Республики надолго выбыла из строя. Господство республиканцев на море сменилось ненадежным равновесием сил. Победы мятежников на суше и на море привели к консолидации их власти.
30 сентября в окрестностях Сарагоссы генералитет восставших собрался на выборы верховного вождя взамен Санкурхо. Присутствовали Мола, Саликет, Понте, Франко, Хиль Юсте, Кинде-лан, Кабанельяс, Варела, Кейпо и Ягуэ. Самым старшим по служебному стажу, чину и званию был дивизионный генерал Кабанельяс, а наибольшие заслуги перед восстанием были у Молы. Но Кабанельяс был стар и нездоров и имел (как Кейпо и Мола) репутацию республиканца. У Варелы и Саликета, напротив, была слава ярых монархистов. Предприимчивому и удачливому «радиогенералу» Кейпо было уже около добрых 70 лет, что тоже уменьшило его шансы на избрание.
После дискуссии состоялось открытое голосование, принесшее шестью голосами против двух победу 44-летнему генералу Франко. Против него голосовали Кабанельяс и Мола, не питавший симпатий к Франко Кейпо де Льяно тем не менее поддержал его. Подобно генералу Врангелю в России, Франко получил пост руководителя путем выборов.