Когда Цезарь вернулся из Испании в Рим, ему поступило огромное количество жалоб на Антония. Но Цезарь тогда нуждался в Антонии и поэтому никакого внимания на эти жалобы не обратил. Он готовился к войне на Балканском полуострове. Несмотря на зимнее время и на господство на Адриатическом море помпеянского флота, Цезарь, стремясь как можно быстрее перенести войну на Балканы и не допустить высадки противника в Италии, переправился со своим авангардом в район Диррахия. Антонию же и другому своему легату Квинту Фуфию Калену (тоже обладавшему пропреторским рангом) он поручил собрать в Брундизии подкрепления и затем следовать за ним на балканский театр военных действий. Поскольку все балканское побережье напротив Брундизия было занято войсками Помпея, Калену выполнить поручение Цезаря не удалось. Тогда главная тяжесть переправы легла на плечи Антония. Помпеянская эскадра во главе с тестем Помпея Люцием Скрибонием Либоном захватала остров, лежащий у выхода из гавани Брундизия, и этим фактически гавань блокировала. Такой успех Либона грозил полностью отрезать армию Цезаря от его италийского тыла и в значительной степени обрекал Цезаря на поражение. Антонию надо было во что бы то ни стало деблокировать Брундизий и прийти на помощь Цезарю. Антоний предпринял совершенно неожиданный маневр. Он вооружил и укрепил свои легкие корабли, на которые посадил воинов, а две триремы сумели заманить боевые корабли Либона непосредственно в гавань Брундизия. И когда эти корабли оказались в гавани, на них со всех сторон налетели легкие суда Антония. Один корабль Либона был захвачен, остальные бежали. Антоний заблаговременно расставил по берегу своих всадников, которые не давали морякам Либона высадиться для пополнения запасов пресной воды. В результате Либон был вынужден отступить и освободить путь из Брундизия на восток.
Эта неудача Либона не смутила помпеянских флотоводцев, и те еще более внимательно стали следить за войсками Антония и Калена, чтобы не допустить их переправы. И все же к концу зимы Антоний вышел из Брундизия. Он рассчитывал на особо благоприятный юго-западный ветер, но все время дул южный. Однако Антоний все-таки снялся с якоря. Ветер переменился именно на юго-западный, которого Антоний так долго и напрасно ждал, но за это время флот Антония миновал лагерь Цезаря и пристал к берегу много севернее, да притом еще и понес по пути некоторые потери. Но все же главное было достигнуто: армия Антония, состоявшая из трех легионов ветеранов, одного легиона новобранцев и 800 всадников, оказалась на балканском берегу Адриатического моря и двинулась на соединение с войском Цезаря. Помпей попытался помешать их соединению, но неудачно. Армии соединились, и это изменило соотношение сил. И хотя перевес все еще был на стороне Помпея (особенно на море), он уже не был столь внушительным. Антоний принимал активное участие и в боях, продолжавшихся в районе Диррахия, и в походе в глубь материка, который Цезарь предпринял, чтобы не дать Помпею эффективно использовать свой флот.
В решающем сражении при Фарсале 9 августа 48 г. до н. э. Антоний командовал левым крылом армии Цезаря. Битва закончилась полной победой Цезаря и бегством Помпея. Отправляясь преследовать бегущего Помпея, Цезарь послал Антония в Рим. После битвы при Фарсале Цезарь снова стал диктатором, и по его приказу консул этого года Публий Сервилии Ватия Исаврик назначил начальником конницы при Цезаре Антония. Некоторые коллеги Антония по авгурату пытались этому воспрепятствовать, ссылаясь на старинное установление, по которому начальник конницы назначался только на шесть месяцев, но консул сумел сломить это сопротивление, ссылаясь на то, что если диктатор назначен на более длительный срок, то и его начальник конницы тоже должен исполнять свои обязанности столько же времени. Таким образом, Антоний стал вторым человеком в государстве, а во время отсутствия Цезаря фактически первым. А Цезарь действительно завяз в восточных делах и долго не мог вернуться в Рим.