Сближение республиканцев, возглавляемых Катоном, с Помпеем и его сторонниками, дало свои результаты в конце 53 и в начале 52 г. до н. э. В это время в Риме царила анархия. Соперничающие кандидаты в консулы на 52 г. будущий тесть Помпея Квинт Цецилий Метелл Сципион, еще один помпеянец Публий Плавций Гипсей и Тит Анний Милон своей борьбой и сопровождающими ее насилиями довели до того, что никакие выборы провести было невозможно. Клодий, старый соперник Милона, пользовавшийся в это время большой популярностью и бывший фактически лидером популяров, активно поддержал Гипсея и Сципиона. И Милон, и Клодий возглавляли настоящие вооруженные отряды, которые при каждой встрече жестоко схватывались друг с другом. Вовремя одного такого столкновения в январе 52 г. до н. э. Клодий был смертельно ранен и вскоре умер. Милон был обвинен в убийстве. На его защиту выступили Цицерон, Гортензий и другие видные оптиматы. Активное участие в защите Милона принял и Катон. Тем не менее Милон под давлением собравшейся толпы был все же осужден и отправился в изгнание. Это, однако, не остановило насилия. Положение становилось все серьезнее. В этих условиях Бибул предложил сенату избрать Помпея единоличным консулом без коллеги, и Катон, к удивлению присутствующих, тотчас поддержал это предложение. И в конце февраля 52 г. до н. э. Помпей в условиях по существу чрезвычайного положения был избран единоличным консулом, хотя позже и взял себе коллегу. В том же году Катон выставил свою кандидатуру в консулы на следующий год, но потерпел поражение.
Это поражение самого авторитетного республиканца ясно показало, что республиканское движение обладает в римском обществе самой минимальной поддержкой. Во все более оформляющемся союзе с помпеянцами республиканцы играют только вторую роль. Они, и особенно Катон, еще пытаются вести самостоятельную политическую линию, но это им все меньше удается. Катон прекрасно понимал, что грандиозные успехи Цезаря в Галлии и связанный с этим невиданный рост его популярности в самом Риме (во многом связанный с элементарным подкупом) неминуемо приведут к новой гражданской войне. Не имея собственных сил для противодействия будущему нападению закаленной и уверенной в себе армии Цезаря, он не раз призывал Помпея хорошенько подготовиться к неминуемому отпору. Но Помпей в своей самоуверенности практически ничего не сделал для этого. И когда в январе 49 г. до н. э. Цезарь действительно перешел речку Рубикон, отделявшую находившуюся под его управлением провинцию Цизальпинскую Галлию от Италии, начав тем самым открытую гражданскую войну, никаких сил у Помпея не оказалось. Не имея возможности организовать цезарианцам сопротивление в Италии, Помпей покинул Апеннинский полуостров и перебрался на Балканский, а вместе с ним консулы этого года и большинство сенаторов. Катон сначала не хотел покидать Рим. Он еще надеялся на мирный исход событий и предложил обсудить условия, какие сможет выдвинуть Цезарь. Но события развивались стремительно, и Катон, поручив Марции, которую он снова взял в жены, смотреть за домом и дочерьми, тоже покинул Рим, но уехал сначала в свое поместье в Кампании, затем на юг Италии в Брутий, а оттуда на Сицилию, правителем которой он был назначен.
Очутившись на Сицилии, Катон начал энергично готовиться к обороне острова, может быть, надеясь, сделать из него оплот для борьбы с Цезарем. Он ремонтировал старые и строил новые боевые корабли, производил набор граждан в легион и провинциалов во вспомогательные части, и многие сицилийцы поддерживали его в этом. Но Цезарь не дал Катону времени для действенной организации обороны. Он направил на Сицилию армию под командованием Гая Скрибония Куриона, поручив ему очистить от врагов не только Сицилию, но и Африку. Уже в апреле 49 г. до н. э. авангард армии Куриона под командованием Гая Азиния Поллиона переправился через пролив и высадился в Мессене. Катон еще не был готов к отражению этого нападения, он надеялся на помощь Помпея, но так ее и не дождался. Понимая, что реального сопротивления он оказать не сможет, Катон покинул Сицилию и тоже переправился на Балканский полуостров, где концентрировались основные силы помпеянцев и республиканцев.