Кир и ионийские союзники пелопоннесцев потребовали теперь, чтобы во главе флота снова был поставлен Лисандр, единственный человек, который до сих пор оказался способным руководить морской войною; и Спарта не могла отказать в исполнении этого требования. Правда, существовал закон, в силу которого никто не имел права быть навархом более чем один раз в жизни; но этот закон обошли, дав Лисандру только полномочия, но не титул наварха. Щедрые субсидии, которые Лисандр получал от Кира, дали ему возможность возместить потери, понесенные флотом при Аргинусских островах; однако приготовления потребовали немало времени, и только поздним летом 405 г. пелопоннесский флот был снова в состоянии перейти к наступательным действиям. Он направился к Геллеспонту и здесь приступом взял Лампсак. Афиняне тотчас последовали за Лисандром и остановились напротив Лампсака, у берега фракийского Херсонеса, на открытом рейде Эгоспотам; полагаясь на свою большую опытность в морском деле, они не сочли нужным опереться на какой-нибудь укрепленный пункт. По силе оба противника были приблизительно равны; у афинян было 180, у пелопоннесцев около двухсот триер; тем не менее Лисандр не решился принять битву, которую предлагал ему неприятель, и остался со своими кораблями под стенами Лампсака. Лишь на пятый день он неожиданно перешел в наступление, как раз в то время, когда афиняне, обманутые его медлительностью, рассеялись по берегу. Пелопоннесский флот быстро прошел узкий пролив; афиняне не успели посадить войско на корабли или даже выстроиться в боевом порядке. Таким образом, афинский флот почти без сопротивления сделался добычей неприятеля; спаслось только 20 кораблей со стратегом Кононом. Большая часть экипажа остальных судов нашла убежище в Сеете и других городах Херсонеса; и все-таки победитель взял в плен несколько тысяч человек. Оказавшихся между ними афинян, числом 3000 человек, Лисандр казнил в Лампсаке в отместку за жестокости, совершенные афинянами над пелопоннесскими пленными. Пощажен был один Адеймант, — как думали, за то, что он выдал флот Лисандру.
Никогда еще не была одержана такая блестящая победа при столь ничтожных жертвах; не потеряв ни одного корабля, почти ни одного человека, Лисандр уничтожил великий афинский флот. Участь войны была решена; Афины теперь уже не имели средств, чтобы соорудить новый флот. Даже из тех немногих кораблей, которые спаслись от поражения, Афины нескольких лишились, потому что Конон, не решаясь показаться на глаза своим согражданам, бежал с 8 триерами к дружественному Афинам царю Саламина на Кипре, Эвагору. Теперь афинское владычество рушилось всюду; укрепленные пункты союза сдавались без сопротивления, тем более что Лисандр предоставлял гарнизонам свободное отступление. Так пали сначала Сеет, затем Византия и Митилена; десяти кораблей было достаточно, чтобы подчинить Спарте всю афинскую Фракию. Из всех союзных городов остался верен Афинам один только Самос.
Одна из спасшихся триер привезла в Пирей известие об уничтожении флота. Было уже темно, когда корабль вошел в гавань; но печальная весть в тот же вечер с быстротою молнии облетела весь город, и, по словам современника, в эту ночь никто не сомкнул глаз. Теперь вспомнили о всех насилиях, совершенных Афинами в период их могущества над другими греческими городами; вспомнили о гражданах Мелоса, Скионы, Тороны, которые были перерезаны, жены и дети которых были проданы в рабство, о жителях Эгины и Гистиеи, которых Афины лишили всего имущества и обрекли на изгнание. Что, если победители отплатят им теперь тем же? Однако решено было, что бы ни случилось, пасть по крайней мере с честью. Итак, город был приведен в оборонительное положение, всем тем, которые потеряли политические права за участие в олигархическом движении 411 г. или как несостоятельные государственные должники, были возвращены все их права, верным самосцам дарованы права афинского гражданства. Только на возвращение изгнанников даже теперь не могли решиться.