Персидская армия продолжала двигаться на юго-восток и вторглась в Аттику. Жители Афин лихорадочно пытались спастись из города. Большая часть женщин и детей была отправлена через Саронический залив в Трезену, расположенную на северо-восточной оконечности Пелопоннеса. Некоторые уехали на Эгину, а остальные вместе со всеми здоровыми мужчинами собрались на острове Саламин, который находится в Элевсинском заливе, всего в километре от афинского побережья. Бегство из города было настолько паническим, что много старых и беспомощных людей оказались предоставлены своей участи. В Афинах осталась и кучка фанатиков, которые заперлись в храмах. Несколько раньше, когда афиняне отправили в Дельфы гонца, дабы тот спросил совета у оракула, полученное прорицание содержало фразу:
...Лишь деревянные стены дает Зевес Тритогенее. Несокрушимо стоять во спасенье тебе и потомкам. Щит. по Геродот, История. Кн. 7.141)
Фемистокл истолковал пророчество Пифии в том смысле, что полагаться им следует на деревянные корабли. С этим объяснением согласилось большинство афинян. Несогласные обнесли Акрополь частоколом и укрылись за ним, ожидая прихода персов. Тем временем спартанцы наконец собрали войско и собрались у Коринфа. Командовал ими второй царь, по имени Клеомброт. Они перекрыли дорогу, что шла вдоль перешейка, а поперек самой узкой его части (там, где теперь находится Коринфский канал) построили заграждение. Армия персов продолжала двигаться в южном направлении, опустошая страну. Флот следовал вдоль побережья, сжигая на своем пути все приморские поселения. Они заняли Афины и захватили Акрополь, защитники которого оказали захватчикам упорное сопротивление. Затем персы ограбили и сожгли храмы и все другие постройки в древней крепости. Афиняне, укрывшиеся на острове Саламин, должно быть, отчетливо видели столб дыма, говоривший о гибели города. Персидский флот подошел к побережью Аттики и разместился в открытой старой гавани Фалер. Греческий флот помещался на восточном берегу Саламина. На острове поднялась настоящая буря, когда флотоводцы из различных городов стали спорить о том, что им делать дальше. Те отряды, что прибыли с Пелопоннеса, намеревались оставить Саламин и соединиться с войском, стоявшим в Коринфе. Афиняне же, что вполне понятно, отказались покинуть свои семьи, которые были на острове. Фемистоклу, хотя ему и противостояли коринфяне, удалось убедить спартанского флотоводца Еврибиада остаться на Саламине. В противном случае, указывал афинянин, единый флот легко распадется, ибо каждый отправится защищать свою собственную землю.