Не менее серьезные последствия для Сербии и сербов имел последующий процесс т. н. «мирного урегулирования». Еще в ходе операции НАТО, 9 июня 1999 г. между представителями альянса и СРЮ было подписано военно-техническое соглашение о процедурах и режиме вывода из Косова и Метохии югославских сил безопасности. Однако лишь 19 июня НАТО приостановила «воздушные операции», а 20 июня приняла решение об их прекращении. Правительства Югославии и Сербии согласились с тем, что Международное присутствие по безопасности в Косове (КФОР) будет расположено на территории КиМ и будет содействовать безопасности всего населения края. Договор установил «воздушную зону безопасности» шириной 25 км вне границ/территории Космета. Определена была и «наземная зона безопасности» шириной пять км вне границ/территории КиМ, заходящая внутрь «остатка территории СРЮ». Военные силы СРЮ должны были в короткий срок – 11 дней – выйти с территории края.
10 июня СБ ООН принял Резолюцию № 1244 о политическом урегулировании косовского кризиса. Этот процесс должен был основываться на договоренностях министров иностранных дел «Группы 8» от 6 мая 1999 г. и на документе, предложенном М. Ахтисаари и В.С. Черномырдиным. При этом СБ ООН подтвердил свою приверженность суверенитету и территориальной целостности СРЮ, необходимости создания реального самоуправления для Косово и Метохии. Резолюция потребовала, чтобы СРЮ немедленно прекратила насилие и репрессии в Космете и начала вывод войск по ускоренному графику, а Армия освобождения Косова (АОК) и другие вооруженные группы косовских албанцев должны были немедленно прекратить все наступательные действия и выполнить «требования в отношении демилитаризации, устанавливаемые руководителем международного присутствия по безопасности».
При этом Резолюция подтверждала, что позже согласованному числу югославского и сербского военного и полицейского персонала будет разрешено вернуться в КиМ для выполнения определенных функций, но ни один из документов не гарантировал возобновления деятельности союзных органов на территории края. Предполагалось, что в крае в течение переходного периода будет создана временная администрация как часть «международного гражданского присутствия, под управлением которой население Косова сможет иметь существенную автономию в рамках Союзной Республики Югославии». Правда, рамки переходного периода никто не определил. Более того, на практике «международное присутствие» было заменено натовским, причем главными союзниками альянса стали боевики АОК, которые после 20 июня, когда последний солдат югославской армии покинул край, остались единственной вооруженной силой в Косово.
Ничто в сербском крае не напоминало миротворчество. Как отмечалось в многочисленных обращениях сербских властей в международные организации, «вместо «голубых беретов» – стальные каски, вместо легкого оружия – танки, самолеты, вертолеты, ракеты. Вместо разоружения AОK – поощрение ее к мести, к контролю над всей территорией». Формально армия косовских албанцев была распущена лишь 20 сентября 1999 года. На самом деле ее демилитаризация означала ребрендинг – трансформацию в Косовский защитный корпус и полицию Косова. В марте 1999 г. руководством АОК была создана и политическая структура – Партия демократического прогресса Косово, преобразованная в октябре того же года в Демократическую партию Косова (ДПК). Бывшие полевые командиры стали теперь политиками, получили государственные должности.
После установления натовского присутствия в крае ситуацию в Косово и Метохии характеризовали повседневный террор, преступления, массовые нарушения прав человека и этническая чистка сербов, мусульман, цыган, горанцев, турок, египтян. Фактически под прикрытием и с молчаливого согласия натовцев албанский криминал осуществлял геноцид и воплощал свою мечту – «этнически чистое Косово». Кроме того, край был превращен в центр вербовки террористов, базу организованной международной преступности, контрабанды наркотиков, оружия, работорговли и отмывания денег. Только за первый год присутствия «миротворцев» в КиМ было совершено пять тыс. терактов, более чем одна тыс. человек были убиты и более 960 похищены албанцами, разрушены более 85 средневековых религиозных объектов и памятников истории и культуры, 350 тыс. неалбанского населения покинули край; государственную границу СРЮ пересекли и прибыли в край более 250 тыс. иностранцев, преимущественно граждан Албании и Македонии. В Меморандуме правительства СРЮ о выполнении Резолюции СБ ООН № 1244 от 17 апреля 2000 г. отмечалось, что в крае продолжали действовать под контролем боевиков из АОК т. н. «трудовые лагеря» для сербов, совершались нападения на гуманитарные конвои, а также на автобусы с детьми и больными. Причем международным силам были хорошо известны и факты наличия тюрем для похищенных сербов, как в Косово, так и на территории Албании, и иные «успехи» лучших друзей НАТО – албанских боевиков.