При подходе к городу советских войск Котовский и Япончик подняли восстание на Молдаванке, в котором приняли участие и уголовники, и рабочие. Белые и интервенты начали отступать к порту, а бандиты вволю пограбили склады, магазины и богатые особняки, где оставалось немало брошенного в панике имущества. Кто-то вывез из Одесского государственного банка на трех грузовиках денег и ценностей на пять миллионов золотых рублей. Люди, переодетые в форму деникинских офицеров, средь бела дня подъехали к зданию банка на трех машинах и предъявили предписание о вывозе денежного и золотого запаса. Через полчаса после их отъезда подъехали машины с настоящими офицерами, которым было предписано эвакуировать банк. Но эвакуировать, в сущности, уже было нечего. Молва упорно приписывала этот подвиг Котовскому, хотя и без него героев хватало. А в народе еще в 30-е годы циркулировали легенды о кладах Котовского, в одном из которых должно было лежать взятые в Одесском госбанке золото и драгоценности. Думаю, если такие клады и были, то Котовский, скорее всего, пустил их в оборот в период НЭПа, что могло обеспечить первоначальный капитал для развития и последующего процветания Бессарабской коммуны.
2 апреля 1919 года французские и греческие войска, большинство из которых отказалось сражаться, получили приказ эвакуироваться из Одессы. 8 апреля эвакуация закончилась, но еще 5 апреля в Одессу вступили советские войска, поддержанные большевистским и уголовным подпольем.
Большевики решили использовать популярность Котовского в Бессарабии, которую после взятия Одессы Красная Армия собиралась освобождать, чтобы затем сокрушить «боярскую» Румынию и придти на помощь красной Венгрии. 13 апреля 1919 года он с благословения секретаря Одесского губкома партии Яна Гамарника получил мандат, где говорилось: «Тов. Котовскому Григорию Ивановичу, как испытанному и боевому товарищу, поручается организация боевых частей для освобождения Бессарабии от гнета мирового империализма. Тов. Котовский работает на территории Одесского округа и подпольно в Бессарабии. Все советские учреждения, исполкомы, ревкомы, также подпольные советские организации оказывают оказанному товарищу безусловное содействие». Тогда же, 20 апреля, Котовский получил первую официальную советскую должность – военкома пограничного с Бессарабией Овидиопольского военного комиссариата. Ему предложили создать группу для подпольной работы в Бессарабии. Котовский собирался высадить группу партизан на другом берегу Днестра, использовав для этого рыбацкие лодки. Но румыны узнали о плане десанта. Из Аккермана в Овидиополь пришел румынский монитор и расстрелял все собранные для десанта лодки.
В короткий срок Котовскому удалось навербовать более 3 тысяч добровольцев, в том числе немало своих соратников из числа одесских и бессарабских уголовников. В конце апреля Одесский губком сформировал Временное Рабоче-Крестьянское правительство Бессарабии, вскоре перебравшееся из Одессы в Тирасполь. Его возглавил И. Н. Криворуков. 28 апреля Политбюро компартии Украины приняло решение о формировании Бессарабской Красной армии. Через Бессарабию и Буковину советские войска собирались двинуться на помощь красной Венгрии.
1 мая советское правительство предъявило Румынии ультиматум с требованием в 48 часов очистить Бессарабию и Буковину (последняя, кстати сказать, была австрийской провинцией и никогда не входила в состав Российской империи). 5 мая 1919 года, совершив переправу, в Бендеры ворвалась небольшая группа большевистских повстанцев. Они докладывали советскому командованию: «Пять часов утра. Переправа совершена удачно. Румынская застава взята без выстрела. Часовые других постов спали и также сняты. Цепь из сорока штыков, направившаяся в сторону Бендерской крепости, заставила последнюю выкинуть белый флаг о сдаче. Другой небольшой отряд захватил вокзал, откуда без всякого боя бежали жандармы и румынские солдаты». Однако к концу дня румынские войска выбили повстанцев из Бендер. Штаб Котовского в это время находился в гостинице «Швейцария» в Тирасполе. Казалось, его отряд скоро ринется за Днестр.