«Митрополита Макария (Невского) не любили в лавре, да и вообще в интеллигентских кругах – темным пятном падало на него расположение Григория Распутина. Именно благодаря Распутину, после перевода московского митрополита Владимира на кафедру, Макарий, чуть ли не единственный из тогдашних архиереев не имевший академического образования, был назначен на московскую митрополию, – вспоминал в своей книге «Последние у Троицы» С. А. Волков. – Сохранилась телеграмма, посланная Распутиным из Сибири Николаю II, в которой безграмотный автор, охаяв других кандидатов – архиепископа Антония (Храповицкого), Арсения (Стадницкого) и Сергия (Страгородского), – с настойчивостью указывал на Макария. Хитрый Распутин сумел обойти простодушного и чуждого политических тонкостей старца, разыграть перед ним благочестивого человека и добиться от него некоторого к себе сочувствия. Поэтому он и решил возвести его на московскую митрополию, чтобы иметь опору в Москве и почти приказал царю: "Дай ему метру". Вот эта-то "темная сила", как говорилось тогда, и наложила свое пятно на имя Макария, который до того немало и хорошо потрудился в Алтайской миссии и пользовался любовью и уважением тех людей, которые непосредственно встречались с ним и его знали».
Макарий роль Распутина в своем назначении на Московскую кафедру отрицал: «С Распутиным я не имел никакого знакомства до назначения меня на Московскую кафедру, ни личного, ни письменного, ни через каких-либо посредников. Только по назначении на Московскую кафедру я получил в числе других коротенькую поздравительную телеграмму, подписанную неизвестным мне Григорием Новых. По прибытии в Москву, подобно другим посетителям, пришел ко мне и Распутин. Это было мое краткое – первое и последнее свидание с ним», – заявлял он в газете «Московские ведомости» в июне 1917 года, когда именно из-за Распутина его лишили Московской кафедры.
«Распутин, приехавший впервые на торжества 1912 года, хотя и старался затушевать свой приезд в Москву, но, тем не менее, горел желанием повидать Владыку и собирался к нему явиться, – показывал в том же 1917 году на допросе в Чрезвычайной следственной комиссии Белецкий.– Владыка к этому отнесся спокойно и, не изменяя ни выражения лица, ни своих глаз, только тихо и тем же голосом ответил: "Говорят, что он дурной человек, но раз он хочет моего благословения, то я в нем никому не отказываю"».
«Филерские наблюдения также подтвердили, что Распутин не ездил к Московскому митрополиту, хотя и глубоко почитал последнего: когда однажды зашел разговор о замене владыки Макария более молодым архиереем и о переводе его (правда, митрополитом) в Иркутск, то "Распутин вскочил, изменился в лице и заявил, что до смерти владыки Макария никогда этого не будет и добавил: 'Не трошь, он святой'"».
«Очевидно, почитание Распутиным московского архиерея было достаточным основанием для того, чтобы владыку Макария признали "распутинцем"», – писал С. Л. Фирсов, а другой историк С. В. Фомин, сославшись на статью во «Всероссийском церковно-общественном вестнике» от 15 апреля 1917 года, заявил, что Макарий называл Распутина «святым».
Известно также, что митрополит Макарий бывал в доме у богатой вдовы Анисьи Ивановны Решетниковой, у которой останавливался Распутин, и этого оказалось достаточным для того, чтобы записать Макария в число ненавистных «распутинцев», что впоследствии горько отозвалось в его судьбе. Кроме того, Макарий в вопросе об имяславцах занимал позицию, близкую к позиции Распутина (или, если угодно, Распутин занимал позицию, близкую к митрополичьей), и именно благодаря Макарию конфликт между имяславцами и Синодом удалось частично разрешить, и в этом тоже видели распутинское влияние.
Помимо Макария «распутинцами» считались будущий священномученик епископ Тверской Серафим (Чичагов), архиепископ Владимирский Алексий (Дородницын), епископ Саратовский Палладий (Добронравов) и ряд других.
Независимо от того, насколько оправданны были все эти репутации, авторитета Церкви такое положение дел не прибавляло.
«Перед началом войны Церковь в России была унижена до крайности…» – писал инспектор Московской духовной академии профессор, архимандрит Иларион Троицкий.
«Приниженность Церкви, подчиненность ее государственной власти чувствовалась в Синоде очень сильно. Обер-прокурор был членом Совета министров; каждый Совет министров имел свою политику, высшие сферы на нее влияли тоже, и обер-прокурор, не считаясь с голосом Церкви, направлял деятельность Синода в соответствии с теми директивами, которые получал. Синод не имел лица, голоса подать не мог и подавать его отвык. Государственное начало заглушало все. Примат светской власти подавлял свободу Церкви сверху донизу… Эта долгая вынужденная безгласность и подчиненность государству создали и в самом Синоде навыки, искони церковным началам православия не свойственные, – решать дела в духе внешнего, формального церковного авторитета, непререкаемости своих иерархических постановлений», – признавал митрополит Евлогий.