«Желая отомстить за обиду врагу моему, королю Сигизмунду, послал в Чехию моего братанка /племянника/ Жигимонта Корибутовича, чтобы мой враг Сигизмунд наконец понял, кого затронул, знал, что и у нас есть сила и отвага, и перестал в конце концов надоедать своими преступными поступками».
Войско Жигимонта при поддержке гуситов в 1424 году заняло Прагу. Жители чешской столицы избрали его «паном господарем Праги». Но вследствие конфликта, разгоревшегося между умеренными и радикальными фракциями гуситов (их называли чашниками и таборитами) в 1426 году ему пришлось вернуться на родину. Затем он жил в Польше, где проповедовал идеи Яна Гуса.
После смерти Витовта 27 октября 1430 года съезд панов и бояр Литвы избрал великим князем Свидригайло Альгердовича (1370–1452), брата Ягайло. Однако в ночь на 1 сентября 1432 года он был свергнут в результате дворцового переворота. Великокняжеский трон занял Жигимонт Кейстутович (1365–1440) — родной брат Витовта. Началась гражданская война между сторонниками этих двух претендентов на трон.
В ходе ее Жигимонт Корибутович выступил на стороне Свидригайло. Но попал в плен к Жигимонту Кейстутовичу и по его приказу был замучен.
Тринадцатилетняя война
В Поморье и Пруссии продолжалось усиление оппозиции горожан и низшего рыцарства (дворян) орденской верхушке. «Великим хранителям» пришлось пойти на уступки им. В 1412 году был учрежден государственный совет, в который вошли 27 горожан и 20 дворян.
На время удалось сгладить противоречия, но глубинные причины конфликта сохранились. В 1440 году горожане и дворяне объединились в так называемый Прусский союз. Он 4 февраля 1454 года поднял восстание против орденской олигархии. Повстанцы обратились с просьбой о помощи к польскому королю Казимиру IV. Король уже 6 марта того же года провозгласил инкорпорацию земель ордена в состав Польши. Так началась Тринадцатилетняя война 1454–1466 годов.
Поначалу повстанцы добились успехов, но 18 сентября 1454 года повстанцы и польское шляхетское ополчение потерпели поражение в сражении под Хойнице. Орден перешел в контрнаступление. Война приняла затяжной характер. Значительную поддержку ордену оказали Бранденбург и другие немецкие княжества.
Несмотря на серию неудач, поляки были твердо настроены на возвращение Поморья и земель по течению Вислы. В 1460 году король Казимир IV заявил:
«Даже если бы мне пришлось голову положить, или в последней рубашке остаться, то ни один из моих врагов не дождется, чтобы я отрекся от этой земли, которую Тевтонский орден вопреки всем правам оторвал от тела Королевства Польского. Эти земли являются собственностью короля и Речи Посполитой, которая здесь Орден поселила и помогала ему до тех пор, пока он коварно не выступил против нее и против всех нас, его основателей и добродетелей».
Наконец 17 сентября 1462 года королевские войска одержали решающую победу в битве при Пухове. Инициатива снова перешла к полякам и прусско-поморским повстанцам. В итоге орден полностью проиграл войну.
Второй Торнский мир (1466 г.)
19 октября 1466 года в Торне (Торуне) было заключено новое соглашение — через 55 лет после первого. Оно подтвердило принадлежность Польскому королевству всей Пруссии, а также закрепило переход к нему западной части владений ордена — Поморья (Померании) в районе Гданьска (Данцига), Хелминской и Михаловской земель, земель по Висле с городами Мариенбург (Мальборк) и Эльбинг (Эльблонг), а также епископства Вармия в Пруссии. После этого территория ордена сократилась почти вдвое.
Восточная часть Пруссии осталась во владении ордена, но сам он признал себя вассалом Польского короля. В связи с утратой Мариенбурга резиденция хохмайстера была перенесена в Кёнигсберг. Каждый вновь избранный верховный магистр ордена отныне должен был приносить присягу на верность польскому королю и обещать соблюдение условий договора. Одновременно он являлся польским сенатором.
Самостоятельность внешней политики ордена ограничила статья договора, запрещавшая ему искать внешней помощи для освобождения от присяги на верность Польше и от условий договора.
Торнский мир объявил амнистию подданным обеих сторон и провозгласил свободу торговли между обеими частями Пруссии.
Ливонский орден был объявлен независимым от Тевтонского ордена.
Конец ордена
После 1466 года орден влачил жалкое существование.
Избранный в декабре 1510 года верховным магистром маркграф Альбрехт Гогенцоллерн Бранденбургский (1490–1568) в 1519 затеял новую войну с Польшей. Формальным поводом для нее стал отказ магистра дать клятву в вассальной верности польскому королю и великому литовскому князю Сигизмунду I «Старому», сыну короля и великого князя Казимира IV.