Мирович вывел из строя коменданта крепости Бередникова, ранив его. После этого он стал хозяином положения. Построив своих людей, он повел их к каземату Иоанна. Охранявшие здание солдаты, не получив на свой оклик нужного пароля, открыли огонь. Ряды наступавших смешались, а потом отступили. Мирович потребовал, чтобы его впустили, как он сказал, «к государю». Несколько раз он посылал гарнизонного сержанта с этим приказанием. Но угрозы не подействовали. Тогда Мирович взял у коменданта ключи и вместе с солдатами пошел на бастион за пушкой.
Выставив 6-фунтовую пушку перед казематом и зарядив ее ядром, Мирович снова отправил к оборонявшимся сержанта с предложением впустить их. Вот тогда-то и настала минута, которая была предусмотрена императорским приказом. Офицеры, состоявшие в охране принца, ответили Мировичу, что не будут сопротивляться. Но в это время они зарезали Иоанна Антоновича.
Никаких подробностей о смерти принца в официальных бумагах не было, просто было написано, что «оба офицера умертвили наследника».
Мирович, узнав о том, что гарнизон сдался, вбежал в каземат. Увидев офицера Чекина, он схватил его за руку и крикнул: «Где государь?» Чекин ответил: «У нас государыня, а не государь». Мирович оттолкнул его и снова закричал: «Поди укажи государя и отпирай двери!» Чекин открыл дверь. В комнате было темно, поэтому Мирович не сразу увидел лежащего на полу мертвого человека. Когда же он понял, что случилось, то вскрикнул: «Ах вы, бессовестные! Бойтесь Бога! За что вы пролили кровь невинного человека?»
Солдаты просили у Мировича разрешения заколоть Чекина и Власьева. Но Мирович не разрешил и сказал: «Теперь помощи нам никакой нет, и они правы, а мы виноваты!» После этого он подошел к мертвому принцу, поцеловал его руку и приказал вынести тело на кровати из каземата на гауптвахту. Там кровать с телом поставили перед строем солдат. Мирович велел им взять на караул в честь погибшего Иоанна и сказал: «Вот наш государь Иоанн Антонович, и теперь мы нисколько не счастливы, но бессчастны, и я более всех! За то я все и перетерплю: вы не виноваты, вы не ведали, что я хотел сделать, и я за всех вас буду ответствовать и все мучения на себе сносить». К Мировичу подошел комендант, сорвал с него офицерские знаки и шпагу и приказал его арестовать. Солдаты вынуждены были повиноваться.
Власьев и Чекин отправили срочное донесение графу Панину. После этого было проведено расследование «без огласки и без всякой скрытности», как и велела императрица. По этому делу проходило примерно 200 человек.
Власьеву и Чекину в награду за доблестную службу выдали по 7000 рублей, но отправили в отставку, т. е. наградили и наказали одновременно. Но и в отставке их жизнь была в опасности, поэтому вскоре был подготовлен корабль, на котором они ушли в Данию. Много лет спустя они вернулись в Россию, где получили повышение в чинах.
Во время проведения расследования Мирович взял всю вину на себя. Ему пригрозили пыткой, на что он ответил: «Знавши меня, неужели вы надеетесь успеть сим средством в своем намерении?» Когда императрица узнала о предстоящей пытке, она строжайше запретила ее, сказав при этом: «Оставим несчастного в покое и утешим себя мыслью, что государство не имеет врагов».
Но на этом милости монархини и закончились. В 1764 году 17 августа императрица подписала манифест о казни путем четвертования подпоручика Смоленского пехотного полка Василия Мировича. Но Высочайшее собрание не одобрило такую чрезвычайную, на их взгляд, жестокость императрицы, к тому же столь кровавая казнь могла подвигнуть народ, сочувствующий Мировичу, на нежелательные волнения. Поэтому 9 сентября собрание вынесло свой вердикт: «Мировичу отсечь голову и, оставя тело его народу на позорище до вечера, сжечь оное вместе с эшафотом. Из прочих виновных разных нижних чинов прогнать сквозь строй, а капралов сверх того написать вечно в солдаты в дальние команды».
Вот как описал казнь Мировича Квитка: «Мирович, ведомый на казнь, увидел любопытствующий народ, сказал находившемуся близ него священнику: „Посмотрите, батюшка, какими глазами смотрит на меня народ. Совсем бы иначе на меня смотрели, если бы удалось мое предприятие“. Прибыв на место казни, он спокойно взошел на эшафот. Мирович был лицом бел, и замечали в нем, что он и в эту минуту не потерял обыкновенного своего румянца. Одет Мирович был в шинель голубого цвета. Когда ему прочли сентенцию, он вольным духом сказал, что благодарен, что ничего лишнего не возвели на него в приговоре. Сняв с шеи крест с мощами, отдал провожавшему его священнику, прося молиться о душе его. Подал полицмейстеру, присутствующему при казни, записку об остающемся своем имении. Сняв с руки перстень, подал его палачу, убедительно прося его сколько можно удачнее исполнить дело и не мучить его. Потом сам, подняв свои длинные белокурые волосы, лег на плаху. Палач был из выборных, испытан прежде в силе и ловкости и… не заставил страдать несчастного».
Лекарство или яд?