В 1903 году он стал священником в Санкт-Петербургской пересыльной тюрьме. Вскоре при содействии Зубатова, инициатора создания легальных рабочих организаций, деятельность которых контролировалась полицией (так называемые зубатовские комитеты), Гапон основал Собрание русских фабрично-заводских рабочих Санкт-Петербурга.
Организация была разделена на 11 отделений, в составе которых насчитывалось по несколько тысяч членов. Эти малые объединения имели свои кассы и собирались для обсуждения конкретных вопросов, волнующих их членов.
Собрание русских фабрично-заводских рабочих Санкт-Петербурга явилось посреднической организацией между рабочими и владельцами фабрик и заводов, а также трудящимися и властными структурами города Санкт-Петербурга, где Гапон считался своим человеком.
Очень быстро священник завоевал огромную популярность среди рабочих. Его идея (а вернее, идея Зубатова) о том, что рабочий класс должен жить в мире и согласии с правящей монархией, находила горячий отклик среди трудящихся, большая часть которых считала царя-батюшку своим защитником.
Гапон утверждал, что рабочие должны избрать представителей, которые будут отстаивать их интересы, требовать улучшения условий труда (в том числе и санитарно-гигиенических), увеличения заработной платы, уменьшения продолжительности рабочего дня и т. п. При этом, выдвигая экономические требования, рабочие не должны вмешиваться в политику и посягать на святое – монархическое правление.
Таким образом, агитация попа Гапона носила консервативно-демократический и даже в некоторой степени демагогический характер.
Однако ряд событий, произошедших в конце 1904 года, заставил агента царской охранки и активного деятеля рабочего движения пересмотреть свои взгляды. Его агитация приобрела явно революционную направленность. На вопрос: «Что это было: хорошо продуманный ход или переосмысление прежних ошибок?» ответить очень трудно.
В первых числах января 1905 года на заводах Санкт-Петербурга началась стачка, охватившая около 150 тысяч рабочих различных специальностей. Поводом для нее послужило увольнение нескольких рабочих Путиловского завода и отказ заводской администрации принять их обратно (с этим требованием выступило гапоновское общество).
Вскоре волнения приняли угрожающие масштабы. Чтобы хоть как-то успокоить трудящихся, Гапон выступил с инициативой подачи петиции государю императору. В этом документе, выработанном при непосредственном участии священника и агента царской охранки, были представлены различные, далеко идущие экономические и политические требования: восьмичасовой рабочий день, свобода слова, стачек и др.
Акцию, вошедшую в историю под названием Кровавое воскресенье, планировалось провести в один из первых выходных дней 1905 года.
9 января, в воскресенье, трудящиеся Санкт-Петербурга, входившие в состав гапоновского Собрания русских фабрично-заводских рабочих, из различных частей города двинулись к Зимнему дворцу. С царскими портретами и взятыми из церкви хоругвями мужчины, женщины и дети шли по улицам города. Шествие имело мирный характер, отовсюду слышалось пением молитвы «Спаси, Господи, люди Твоя». Однако рядом с воротами Зимнего дворца рабочих, шедших просить помощи и защиты у Николая II, ожидало препятствие в виде вооруженных солдат. Люди ничего не подозревали об этой ловушке.
Неожиданно для всех послышались оружейные выстрелы. Кто-то упал, сраженный шальной пулей, кто-то побежал, но толпа, наступавшая сзади, не давала передним рядам протиснуться назад. Большое количество убитых и раненых – вот печальный итог Кровавого воскресенья 1905 года.
Между тем Георгий Аполлонович Гапон, оповещенный полицией о готовящейся рабочими встрече, успел скрыться за границей. Однако, не желая выглядеть в глазах трудящихся предателем, он адресовал им письмо весьма революционного содержания, которое было распространено нелегальным образом.
Пребывание в иностранных державах стало для священника временем исканий. Сблизившись с представителями различных революционных партий, Гапон попытался выступить в роли посредника между ними. Однако его умственных способностей оказалось недостаточно для того, чтобы разобраться во всех политических программах и тактических вопросах того исторического момента.
Осенью 1905 года священник-провокатор тайно вернулся в столицу Российской империи. При содействии все того же Зубатова он познакомился с Сергеем Юльевичем Витте, бывшим в те годы председателем Совета министров. Именно граф Витте помог Гапону получить от правительства деньги за убытки, понесенные Собранием русских фабрично-заводских рабочих в результате закрытия.
Все это время священник продолжал поддерживать тесные контакты с департаментом полиции и царской охранкой. Вскоре «Боевой организации» эсеров стало известно об этом. Гапону был вынесен смертный приговор.