Барятинский Бакланова к боевой работе не привлекал. Предстояла ликвидация последних очагов неповиновения, и русские стали действовать не только силой и устрашением. То, что Шамиль не устоит, видно было невооруженным глазом, а после падения Шамиля предстояло налаживать совместную жизнь с его сторонниками и адептами. Страна теперь одна, все теперь подданные одного императора… Не побоялись проявлять великодушие. Теперь мягкость русского командования за слабость уже никто на Кавказе не воспринимал. Так что можно стало обходиться без Бакланова с его черным значком.
Тем не менее Барятинский Бакланова постоянно хвалил, и к ордену Святой Анны 1-й степени, полученному за Карс в 1856 году, добавилась «Императорская корона» (16 февраля 1859 года).
Радость омрачилась известием, что 27 марта 1859 года умер батюшка, Петр Дмитриевич Бакланов.
Яков Петрович заболел, еле дождался пленения Шамиля и отбыл на Дон 9 сентября 1859 года, сдав свой пост Хрещатицкому. Вослед ему 3 апреля 1860 года вышло производство в генерал-лейтенанты и Высочайшее повеление «производить ему аренду но 1500 руб. в год на 12 лет».
Шамиля же русские власти с большим почетом препроводили вглубь страны, детей его взяли на службу в русскую армию, а потом по первой просьбе отпустили имама в Мекку на богомолье, где он благополучно отдал Аллаху душу, и смерть его в таком святом месте подтвердила, как считали его уцелевшие сторонники, святость этого борца за веру.
А Бакланов еще пожил, полюбовался на белый свет. Возраст — 50 лет с небольшим. Человек в это время и может и хочет трудиться. И, отлежавшись, Бакланов стал служить по выборам. 1 мая 1861 года назначили его окружным генералом 2-го военного округа.
Но мирная передышка в то время была для России большой редкостью. Не зря впоследствии императора Александра III, при котором Россия официально не воевала, прозвали «Миротворцем». И в 1863 году (не успели окончательно с Кавказом разобраться) началось восстание в Царстве Польском и Литве.
Воцарившись, император Александр П поляков, сидевших и сосланных за восстание 1830–1831-х годов, амнистировал. Поляки в своих лучших традициях либеральные тенденции русского правительства восприняли как слабость, да и проигранная Россией Восточная война их в этом мнении укрепила. 10 января началось восстание. Однако к марту все крупные повстанческие силы в Польше были разгромлены, а к маю новый виленский генерал-губернатор М.Н. Муравьев усмирил весь Северо-Западный край.
Но ситуация оставалась крайне напряженной. Ждали, что за поляков вступится вся Западная Европа. И партизанские отряды в литовских и белорусских лесах сохранились. Потребовался начальник, имеющий опыт войны в лесах с партизанскими отрядами, «энергичный начальник». Новый донской наказной атаман граф Граббе писал военному министру: «На западной границе собирается 12 казачьих полков. Нужен молодец-начальник. Не назначить ли Бакланова?»
О том же просил и генерал-губернатор М.Н. Муравьев, наслышанный о Бакланове от своего родственника, героя Карса.
В мае 1863 года Бакланов получил назначение в Виленский округ к Муравьеву командующим всеми Донскими полками.
Военный министр сообщил Муравьеву:
«Государь император, по рекомендации наказного атамана Войска Донского, уже изволил признать полезным, чтобы генерал-лейтенант Бакланов прибыл в Ваше распоряжение для общего начальствования расположенными в Виленском округе донскими казачьими полками».
19 июня Бакланов испросил пособие в 4 тысячи и выехал в Санкт-Петербург. К месту назначения прибыл уже в июле.
Здесь 7 июля Бакланов отдал приказ казачьим войскам, который размножили и 1000 экземпляров разослали по всей Литве и всей Польше. «Станичники и односумы! Я выехал из родного края 18 июня и привез вам от него поклон. Дон завещает вам бороться одному против десятерых и охулки на руку не класть. Дон дышит пламенной любовью к Царю нашему; он ждет с нетерпением воли Монарха двинуться на внешнего врага, замышляющего нарушить спокойствие святой Руси. На вашу долю нал жребий быть впереди. Вы потомки славных и могучих предков наших Азовского сидения. Братья! Соберемся с силами, окрепшим духом и превозмогаем все трудности и лишения и покажем, что достойны назвать себя питомцами славного тихого Дона. Настанет время, я буду среди вас в беседе боевой, введу вас в бой с заветным кличем Ермака: «С нами Бог!», силою коего булат нага остер — и не устрашимся! Уверен в вас, что вы такие же чудо-богатыри, как были водимые мной в бой деды, отцы и старшие братья ваши».
По-настоящему повоевать в Литве Бакланову не пришлось. Все города уже занимались русскими войсками, партизаны прятались но лесам и большой поддержки со стороны местного белорусского населения не имели.