В 1542 году Шуйские свергли митрополита Иоасафа, вступившегося за князя Вельского. Тот же Иван Федорович Вельский отправился на Белоозеро "в заточение", где позднее был убит, а виднейшие сторонники князя — в ссылку "по городом". Летопись добавляет: "И бысть мятеж велик в то время на Москве и государя в страховании учиниша". Более того, с князем Вельским расправились вопреки мнению малолетнего государя, который его "в приближении держал и в первосоветниках". Шуйских поддерживала мощная группировка московской знати и, возможно, Новгород, — не было силы, способной им противостоять.
Покуда свершался переворот, малолетнего государя разбудили среди ночи и заставили "пети у крестов". Великий князь, несмотря на громкий титул, оказался бессилен как-либо помочь своему любимцу князю Вельскому — он не был настоящим государем даже в собственных покоях! Но самое страшное унижение ему пришлось испытать в сентябре 1543 года. Шуйские и их сторонники избили государева приближенного, Федора Семеновича Воронцова, за то, "…что его великий государь жалует и бережет". Это произошло непосредственно во время заседания Боярской думы! На Воронцове разорвали одежду и собирались его убить. Иван IV едва упросил пожалеть фаворита. Однако уговорить Шуйских не отправлять Воронцова в дальнюю Кострому, а ограничиться ссылкой в близкую Коломну, великому князю уже не удалось.
Трудно сказать, в чем причина столь жестокого отношения к Воронцову, отпрыску знатного боярского рода. Некоторые исследователи строили предположения о гомосексуальной связи его с одиноким подростком в великокняжеских одеждах. Твердо доказать или окончательно опровергнуть подобные теории невозможно. Но допустим, нечто подобное случилось — или хотя бы появились устойчивые слухи об осквернении Ивана Васильевича. Как, почему служилые аристократы, стоявшие у подножия трона, допустили подобное? Любой человек, оказавшийся в приближении к венценосной особе, не случаен. Это всегда и неизменно живой результат сложных политических игр, придворных интриг. Рядом с государем-мальчиком оказался Воронцов, и расправа над ним заставляет задуматься: вероятно, и тут была особая игра с нерасшифровываемыми ныне целями. Ивана Васильевича стремились то ли развратить, то ли скомпрометировать, то ли унизить. Но в любом случае таким подростком управлять легче — он ведь с червоточинкой.
Впрочем, торжество Шуйских длилось недолго: через несколько лет они перестают играть столь заметную роль. Но, по некоторым версиям, напоследок Шуйские громко хлопнули дверью, натравив в 1547 году московский посад, разозленный большим пожаром, на родственников Ивана IV, Глинских. Тогда погиб князь Юрий Васильевич Глинский, буквально разорванный толпой, а другие члены семейства пытались бежать в Литву, опасаясь подобного же конца. Их вернули, молодой государь им это малодушие простил, и дело было замято.
Для мальчика период в возрасте приблизительно шести или семи лет стал самым черным, самым тяжелым во всей биографии. Между 1538-м и концом 1543 года юный государь был всего-навсего пешкой в большой игре между мощными кланами аристократов.
Позднее сам Иван IV будет с горечью вспоминать о годах заговоров: "…когда по Божьей воле, сменив порфиру на монашескую рясу, наш отец, великий государь Василий, оставил это бренное земное царство и вступил на вечные времена в царство небесное, предстоять перед царем царей и господином государей, мы остались с родным братом, святопочившим Георгием. Мне было три года, брату же моему год, а мать наша, благочестивая царица Елена, осталась несчастнейшей вдовой, словно среди пламени находясь: со всех сторон на нас двинулись войной иноплеменные народы — литовцы, поляки, крымские татары, Астрахань, ногаи, казанцы… Потом изменники подняли против нас нашего дядю, князя Андрея Ивановича, и с этими изменниками он пошел было к Новгороду… а от нас в это время отложились и присоединились к дяде нашему, к князю Андрею, многие бояре во главе с твоим родичем… Но с Божьей помощью этот заговор не осуществился…"