Уже в 1564 году, вскоре после смерти митрополита Макария, пользовавшегося у Ивана IV большим духовным авторитетом, государь пишет Курбскому о новой своей позиции по отношению к Церкви: "Нигде ты не найдешь, чтобы не разорилось царство, руководимое попами. Тебе чего захотелось — того, что случилось с греками, погубившими царство и предавшимися туркам?" Следует отметить, что до начала опричнины святой Макарий неоднократно печаловался о судьбе опальных вельмож, осужденных на казнь, и ему удавалось отмолить их жизни. Так, например, произошло в 1554 году. В Литву попытался перебежать князь Никита Семенович Лобанов-Ростовский, да с ним же собирались перейти рубеж еще несколько князей Ростовского дома; однако в Торопце Лобанова-Ростовского поймали, и он дал обширные показания о своем участии в аристократическом "мятеже" 1553 года, а также об иных его фигурантах. Царь осудил князя "казнити смертию и на позор", но тут вмешалась Церковь. Летопись сообщает: "…митрополит Макарий и со владыками и архимандриты… отпросили его от смертные казни". Вместо этого князь-беглец отправился в тюрьму на Белоозеро. Пользовался правом "печалования", по всей видимости, и митрополит Афанасий, преемник святого Макария на Московской митрополичьей кафедре. Достоверно известен случай из раннеопричного периода: митрополиту Афанасию своим ходатайством удалось спасти от опалы боярина Ивана Петровича Яковлева (март 1565 года). Однако с установлением опричнины царь все реже прислушивается к голосу Церкви. Теперь он крайне отрицательно относится к попыткам архиереев избавить "изменников" от смерти. Именно в этом состояла главная причина его конфликта со святым Филиппом, пришедшим на место митрополита Афанасия.
Тяжело смиряться главному действующему лицу всей великорусской драмы.
Житие митрополита Филиппа рассказывает о том, как он пытался уговорить царя отказаться от опричнины: "…нача молити, дабы государь престал от такого неугодного начинания Богу и всему православному християнству. И воспомяну ему Евангельское слово: "Аще царство на ся разделится — запустеет". И ина многа глагола со многими слезами…" Не добившись своего, святой Филипп позднее обличил воинство опричников публично: "Мы убо, царю, приносим жертву Господеви чисту и бескровну в мирское спасение, а за олтарем неповинно кровь лиется християнская и напрасно умирают!" Он публично отказал царю в благословении, призывая Иван Васильевича прежде простить "согрешающих" ему. Открытое антиопричное выступление святого Филиппа относится к периоду, когда массовый террор уже был инициирован "расследованием по делу" Федорова. Митрополита возмущало, помимо всего прочего, одеяние опричников: "черные ризы", высокие "халдейские" шлыки на головах, "тафии"[1], не снятые во время крестного хода. Его замечания по этому поводу вызывали царский гнев. Царь настоял на свершении суда над митрополитом. Суд этот производился со значительными нарушениями церковных традиций, канонов и доброй нравственности. Особая "следственная комиссия" работала на Соловках, где Филипп до восшествия на митрополичью кафедру был игуменом; следователи всеми доступными способами — то посулами, то открытым насилием — добывали показания против него. В результате доказательная база обвинения, выдвинутого против митрополита, оказалась основанной на клевете и лжесвидетельствах… Филиппа осудили. Архиерейские одежды были насильно сорваны с него прямо в храме, во время богослужения, и заменены на рваную рясу. Некоторые мужественные иерархи противились суду, а когда, под давлением Ивана Васильевича, бывшего митрополита все-таки признали виновным в "порочной жизни", царю не позволили сжечь его. Смертная казнь была заменена ссылкой в тверской Отроч монастырь. Это произошло в ноябре 1568 года. По словам Р. Г. Скрынникова, "…суд над митрополитом нанес сильнейший удар по престижу и влиянию церкви". Действительно, срамное действие православного государя опозорило Церковь и показало, сколь мало теперь стоит её честь в глазах Ивана Васильевича. Опричная политика вообще несла в себе мощный антицерковный элемент. Трагическая смерть святого Филиппа дает еще одно подтверждение этому: в декабре 1569 года его умертвил опричник Малюта Скуратов-Бельский.
В следующем году по царскому приказу лишились жизни архимандрит Псково-Печерский святой Корнилий, архимандрит Печерского Вознесенского монастыря в Нижнем Новгороде Митрофан, а также Исаак Сумин, архимандрит Солотчинского монастыря на Рязанщине. Они упомянуты в официальных синодиках опальных. Синодики содержат также немало имен "старцев", "иноков", архиерейских приближенных и служилых людей. Некоторые персоны духовного звания, вплоть до архиереев, умученные по велению царя, в синодики не вошли, но их гибель подтверждается иными источниками. Во время опричного разгрома Новгорода и Пскова в 1570 году подверглись нещадному разграблению храмы и монастыри.