Всю войну разведка просуществовала без единого, утвержденного начальником ГШ положения, и поэтому каждый начальник действовал в меру своей подготовки и здравого смысла, а также временных наставлений и инструкций, диктуемых обстановкой и потребностями сегодняшнего дня. Причем эти потребности, как правило, были чрезмерно велики, а возможности ограничены. Так, в окруженный нашими войсками город Сухиничи нужно было в 1941 году сбросить листовки с предложением немецкому гарнизону капитулировать. Поскольку авиации для разбрасывания листовок не было, да и листовок, отпечатанных на машинке, было весьма ограниченное количество, последовал приказ послать в город для расклейки воззваний разведчиков. Как ни странно, такой приказ был отдан бывшим начальником РУ РККА, командующим 10-й армией Западного фронта генерал-лейтенантом Ф.И.Голиковым.
Все попытки убедить командующего в нереальности такой задачи ни к чему не привели. Только гибель нескольких лучших разведчиков-маршрутников доказала бесцельность попыток без агентуры силами солдат-разведчиков расклеивать воззвания на глазах у врага.
Во втором отделе РУ ГШ и агентурных отделениях РО штабов фронтов не было единой системы учета людей и выполненной ими оперативной работы. Личные дела разведчиков и агентов вследствие крайней загрузки офицеров велись небрежно. Лица, привлеченные в разведку на оккупированной территории находившимися непосредственно там разведчиками и агентами, зачастую не регистрировались, записи людских потерь, их причин и обстоятельств проводились неточно, родственники пропавших без вести и погибших извещались несвоевременно. Отметки об извещениях в делах погибших иногда не делались. Картотеки на агентов и разведчиков не велось. Вследствие этого после окончания войны еще длительное время возвращались не учтенные ранее сотрудники разведки, мнимо пропавшие без вести, родители и дети погибших обращались в РУ ГШ за справками, в Центр присылалось много писем с жалобами на плохое отношение на местах к бывшим разведчикам, которые по понятным соображениям вынуждены были скрывать истинную причину пребывания в тылу врага, вследствие чего многих считали предателями, которые сотрудничали с немцами. Приходилось вести расследования для реабилитации отдельных лиц, пропавших без вести или погибших при выполнении служебного долга в разведке, но на местах ошибочно считавшихся пособниками врага.
Особенно плохо обстояло дело с учетом разведчиков и их работы во фронтовом (до декабря 1942 года также и в армейском) звене, где зачастую из-за недостатка времени и кадров оперативных офицеров, кроме короткой анкеты и обязательства работать в тылу врага, в личных делах разведчиков и агентов никаких сведений не имелось, иногда даже отсутствовали пометки о переброске во вражеский тыл, выполненная работа учитывалась из рук вон плохо, обстановка в оккупированных районах обобщалась и систематизировалась неудовлетворительно.
Часто при реорганизациях и переформированиях войсковых объединений, особенно в первый период войны, во время ликвидации фронтовой и армейской агентурной разведки многие личные и оперативные дела на так называемый переменный состав уничтожали по актам (так было на Сталинградском и Донском фронтах в 1942 году). В результате в последующем о героических подвигах воинов-разведчиков в тылу врага можно было узнать лишь случайно от их очевидцев. Этим объясняется то обстоятельство, что факты массового героизма разведчиков стали известны лишь по окончании войны: подвиги Ани Шершневой, повторившей подвиг Матросова, Ани Петрожицкой, подорвавшей себя гранатой вместе с карателями, мужество Лиды Базановой перед расстрелом в Брестской крепости и многих других вскрылись лишь недавно. Многие из них еще не выявлены, а может быть, и забыты и погребены в тысячах дел специального архива ГРУ.