Группа Альфа спецназ КГБ СССР и ФСБ России

Зайцев и Карпухин пытались с самого начала добиться закрепления юридического статуса за «Альфой», и даже существовало положение о группе антитеррора, утвержденное Президентом России; однако многие политики настолько широко трактовали обязанности группы, что она могла стать инструментом в политических играх. В 1992 году «Альфа» и «Вымпел» были введены в состав Главного управления охраны Российской Федерации, созданного на базе Девятого главного управления КГБ СССР, но в 1993 году были выведены из его состава и переданы в ведомство МВД РФ. Летом 1996 года группа «А» вошла в состав Антитеррористического центра ФСБ России. В июне 1997 года Управление «А» было передано в подчинение Департаменту по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом ФСБ России. 8 октября 1998 года группа «А» по инициативе занимавшего тогда пост директора ФСБ В. В. Путина вошла в состав Центра специального назначения Федеральной службы безопасности Российской Федерации на правах одного из четырёх оперативно-боевых управлений. Процесс объединения завершился к 2000 году. По словам генерала Владимира Козлова от 1999 года, помещения территории управления «Альфа» не показывались ни на одной съёмке, объясняя это их ужасным состояние.

Северный Кавказ. События октября 1993 года: После распада СССР группа «А» не только продолжила борьбу против террористов-одиночек и против организованной преступности, но и стала заниматься операциями против чеченских сепаратистов на Северном Кавказе. Оперативники группы участвовали в операциях против банд, куда входили бывшие военнослужащие спецназа Вооружённых сил СССР и внутренних войск, а также боксёры, тяжелоатлеты и культуристы. МВД Российской Федерации обращалось к группе «А» в тех ситуациях, когда силами обычной милиции было невозможно справиться с подобными бандами. Также в 1990-е годы группа участвовала в обеспечении безопасности во время визита Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II во время его поездок в Прибалтику, на Западную Украину и на юг России. Из первых примеров участия в борьбе против террористов уже в новой России выделяется следующий. В ночь с 7 на 8 декабря 1992 года самолёт Ил-86 с 347 пассажирами на борту, следовавший рейсом Минеральные Воды — Москва, был захвачен 44-летним жителем Ярославля по фамилии Захарьев. Он требовал организовать встречу с Борисом Ельциным или Александром Руцким, угрожая взорвать самолёт. Самолёт сел в 1:39 по расписанию в аэропорту Внуково, и прибывшие на место оперативники группы «А» задержали захватившего самолёт человека: пострадавших не было, взрывчатку не обнаружили. Как потом выяснилось, некоторое время назад под колёсами поезда погиб 13-летний сын Захарьева, но уголовное дело в ярославской прокуратуре не возбудили, постановив, что имел место несчастный случай; отчаявшийся Захарьев решил привлечь к себе внимание таким образом.

Зимой 1992 года группа «Альфа» была направлена в зону осетино-ингушского вооруженного конфликта совместно с сотрудниками «Вымпела» для выполнения оперативных задач, группой в той операции руководил Г. Н. Зайцев. 1 августа 1993 года в Тарском ущелье (под Владикавказом) был обстрелян служебный автомобиль «Волга», в котором находились глава временной администрации Северной Осетии и Ингушетии В. П. Поляничко и командир 42-го армейского корпуса генерал-майор А. Г. Корецкий; их охрану обеспечивали оперативники группы «А». В результате нападения погибли Поляничко, Корецкий и ещё один человек — сотрудник группы «А» в составе Главного управления охраны ФСК России, старший лейтенант В. Д. Кравчук (кавалер Ордена Мужества посмертно). Четверо человек были ранены. Убийство не было раскрыто, хотя в феврале 2000 года был задержан главарь некоего чеченского бандформирования Юрий Хицкиев, подозреваемый в организации нападения.