Арест иностранных агентов: Оперативники группы «А» привлекались к операциям по захвату лиц, завербованных иностранными разведками и поставлявшим им конфиденциальную и секретную информацию. В ряде операций старшим был полковник В. Н. Зайцев. Ещё в 1977 году в результате спланированной операции им были захвачены работавшие на ЦРУ вице-консул посольства США Марта Петерсон[en] и советский дипломат Александр Огородник («Трианон»). С 1985 по 1986 годы им были арестованы двенадцать подобных шпионов — офицеров КГБ СССР и ГРУ, среди которых фигурируют:
9 июня 1985 года — инженер Адольф Толкачёв, специалист Министерства радиоэлектронной промышленности СССР («Сфиэ»).
25 августа 1985 года — полковник ГРУ Геннадий Сметанин, помощник военного атташе в Португалии («Миллион»).
Ноябрь 1985 года — майор внешней контрразведки КГБ СССР Сергей Моторин, сотрудник Вашингтонской резидентуры («Гоэ»).
7 июля 1986 года — генерал-майор ГРУ Дмитрий Поляков, старший преподаватель Военно-дипломатической академии («Топхэт» и «Воам»).
Майор КГБ СССР Геннадий Вареник, сотрудник Боннской резидентуры («Фитнесс»).
Полковник научно-технической разведки КГБ СССР Валерий Мартынов, сотрудник Вашингтонской резидентуры («Джентил»).
Полковник внешней разведки Владимир Пигузов («Джоггер»).
Подполковник КГБ СССР Борис Южин, сотрудник резидентуры в Сан-Франциско («Твайн»).
Освобождение заложников в Уфе и трагедия в Вещево: 20 сентября 1986 года группе «А» снова пришлось применить оружие при операции по освобождению заложников. Утром в 3:40 в Уфе трое солдат полка внутренних войск МВД — младший сержант Н. Р. Манцев, рядовой С. В. Ягмуржи и ефрейтор А. Б. Коновал — находясь во внутреннем наряде, завладели оружием (автомат АКМ, ручной пулемёт РПК-74 и снайперская винтовка Драгунова) и захватили такси. Одним из их сообщников был рядовой Игорь Федоткин, который должен был подготовить для них БТР, однако план не сработал. Более того, за дезертирами выехал милицейский УАЗ, и те открыли огонь по патрулю: в ходе перестрелки погибли сержант милиции Зульфир Ахтямов и младший сержант милиции Айрат Галеев. Позже Коновал, вооружённый СВД, скрылся, а Ягмуржи и Манцев направились на аэродром, где в 4:40 ворвались в самолёт Ту-134А с 76 пассажирами (среди них — восемь женщин и шестеро детей) и 5 членами экипажа, следовавший по маршруту Львов — Киев — Уфа — Нижневартовск.
Сергей Ягмуржи и Николай Манцев потребовали направить самолёт в Пакистан: для устрашения они застрелили пассажиров А. Ермоленко и Я. Тиханского. Ситуация осложнялась тем, что Манцев и Ягмуржи проходили службу в составе внештатной антитеррористической группы, поэтому прекрасно знали структуру самолёта и потенциальные входы и выходы, через которые могли проникнуть те, кто предпримет попытку освободить заложников. О случившемся оперативно узнала группа «А», прибывшая в Уфу на аэродром, однако фактор, что их противники прекрасно знают структуру самолёта, усложнял задачу, к тому же был велик риск гибели пассажиров. На помощь пришли бортпроводницы Елена Жуковская и Сусанна Габинец: они уговорили Манцева выпустить сначала 46 пассажиров, чтобы облегчить самолёт перед взлётом. Позже Ягмуржи и Манцев потребовали доставить им на борт наркотики и гитару: «Альфа», узнав об этом, добавила в наркотики сильнодействующее снотворное. Пользуясь тем, что Манцев и Ягмуржи уже спали, Жуковская выпустила оставшихся пассажиров и забрала у Ягмуржи пулемёт. Когда оба очнулись, то попытались выломать дверь в кабину пилотов, и в этот момент командир группы Г. Н. Зайцев дал приказ штурмовать самолёт. Группой захвата руководил В. Н. Зорькин. В завязавшейся перестрелке Манцев был убит, а Ягмуржи ранен в ногу. На солдата, застрелившего Манцева, было заведено уголовное дело, однако следствие позже закрыло дело, постановив, что боец «Альфы» имел полное право на применение оружия.
8 марта 1988 года семья Овечкиных захватила Ту-154, потребовав направить самолёт в Лондон под угрозой взрыва. Из-за недооценки сил Овечкиных, вооружённых огнестрельным оружием, было принято решение освобождать самолёт только силами милиции: для пассажиров объявили о посадке в финском городе Котка, однако самолёт сел в Вещево. Когда Овечкины осознали, что их обманули, они открыли огонь по пассажирам, но и ворвавшиеся на борт милиционеры действовали крайне непрофессионально. В итоге погибло 9 человек и было ранено 19, а самолёт сгорел дотла. Бойцы «Альфы», вертолёт которой сел на аэродроме Вещево, не успели прибыть вовремя и к своему прибытию лишь наблюдали за горящим остовом самолёта. Полковник О. А. Балашов позже подвергал критике милицию ГУВД Леноблисполкома за неподготовленность к операции, обернувшуюся гибелью нескольких заложников.