Еще раньше, 23 июля 1897 года, кутаисское жандармское управление направило в Петербург, в департамент полиции, донесение, в котором указывались факты революционной работы Цхакая среди молодежи. Особо отмечалось, что он в 1886 году был исключен из Тифлисской духовной семинарии и что он в 1893 году руководил семинарской забастовкой в Тифлисе. Далее в донесении говорилось, что жандармское управление считает нужным выслать Цхакая административным порядком за пределы Кавказа,
14 ноября 1897 года, передав Г. Франчески рукопись перевода «Манифеста Коммунистической партии», Миха Цхакая уехал на север.
были два социал-демократических комитета: один в заводском районе (Бабушкин, Морозов, Петровский, Дамской), другой в центре (Магницкий, Душкин и другие), в который вошел и Цхакая. Екатеринославские комитеты руководили революционной работой, по существу, во всех южных губерниях России. В январе 1900 года они начали издавать газету «Южный рабочий». Кроме того, печатались регулярно брошюры, прокламации, листовки.
В рабочих районах, например на Чечелевке, настолько привыкли к этим листовкам и прокламациям, что почти не покупали легальных газет.
Жандармское управление забеспокоилось. После того как накануне 1 мая 1900 года по всему югу России была распространена прокламация, напечатанная тиражом почти в пятьдесят тысяч экземпляров, в Екатеринославе начались повальные обыски и аресты. Охранке удалось арестовать многих членов комитета.
Однако на следующий день, казалось, разгромленная организация выпустила новую листовку, написанную Цхакая. В листовке говорилось, что жандармы арестовали неизвестных комитету лиц, совершенно непричастных к его работе. Прокламацию распространили по городу, ухитрились подбросить даже в дома губернатора и начальника жандармского управления.
Полиция разыскивала оставшихся на свободе комитетчиков. На Чечелевке было арестовано несколько сот человек. Охранка распорядилась арестовать и Цхакая… «без отношения к результатам обыска».
3 июля 1900 года в квартиру Цхакая постучали. Миха только что вернулся из типографии, где печатался очередной номер «Южного рабочего». Один экземпляр был у него с собой. Он быстро передал газету жене. Двенадцатилетний сын Цхакая лежал больной, с высокой температурой. Присев к его постели, Миха подложил ему под одеяло брошюру К. Маркса. Сын понимающе кивнул. Ворвавшийся в квартиру жандармский ротмистр с пятнадцатью жандармами предъявил Цхакая документ о его аресте. Распоряжение было весьма лаконичное: «Обыск формальный. Арест безусловный!»
«Надо задержать их здесь до утра», — подумал Миха, так как в списке, помимо своей фамилии, разглядел еще несколько знакомых адресов.
— Вы не здесь ищете, ротмистр, — сказал он жандарму, — посмотрите в чулане.
Жандармы бросились в чулан. Конечно, там ничего не было.
— Неужели ничего нет? — притворно удивился Миха. — Тогда осмотрите печь. Там-то уж наверняка что-нибудь найдете.
Но и в печи ничего не оказалось.
— Поразительно, — заявил Цхакая. — Вам сегодня не везет, ротмистр.
— Вы издеваетесь над нами! — закричал жандарм.
Цхакая пожал плечами. Перед уходом он долго подбадривал жену, читал наставления сыну. Лишь к утру его вывели из дому.
Члены комитета и большинство активистов жили в его районе, на Потемкинской горе. Арестованных вели по городу как раз в то время, когда рабочие выходили на работу. Ставшая свидетелем массового ареста, толпа бурно приветствовала задержанных. К Цхакая, шедшему посредине улицы, подбежал подросток в рабочем костюме и вручил ему красный цветок.
Понимая, что добром дело не кончится, жандармы подозвали извозчичью пролетку и усадили в нее арестованных. Ротмистр, севший рядом с Цхакая, сказал ему:
— Мы уничтожили такую гидру революции, как «Народная воля». На что вы надеетесь?
— Приходите после нашей победы, — улыбнулся Цхакая, — я вам расскажу.
Его направили в Харьков, а оттуда в Москву, в Таганскую тюрьму, позднее перевели в «Бутырки». Режим московских тюрем окончательно подорвал здоровье Миха. Он заболел. Лежа в тюремной больнице, случайно узнал о выходе первого номера газеты «Искра».
В феврале 1902 года Цхакая освободили из тюрьмы и этапным порядком отправили в Лесичине. Здесь рассказали ему о батумских событиях. Вскоре он снова уехал в Тифлис и перешел на нелегальное положение. В это время большую работу в закавказской организации вел Виктор Курнатовский — друг и сподвижник Ленина, Цхакая встретился с ним. Курнатовский рассказал о делах грузинских подпольщиков:
— Сталин и Кецховели в тюрьме. Работают Саша Цулукидзе и Алеша Джапаридзе. Работа налажена, но люди — на вес золота…
Цхакая сразу же включается в борьбу. Вместе с Ф. Махарадзе, П. Джапаридзе, М. Давиташвили, С. Кавтарадзе и другими он создавал социал-демократические организации и группы ленинско-искровского направления в Кутаисе, Гурии, Мегрелии. В Тифлисе была оборудована нелегальная типография.