Новым показался ему и Тифлис: в городе начал выходить прогрессивный журнал «Сакартвелос моамбе» («Вестник Грузии»), сотрудники которого во главе с Ильей Чавчавадзе смело и решительно выступали против всех проявлений консерватизма в жизни общества.
С 1864 года Гогебашвили стал преподавателем арифметики и географии в Тифлисском духовном училище, а затем в семинарии. Борьба началась с первых же дней. Подумать только: новый учитель относился к учащимся, как к равным, сумел стать для каждого из них чуть ли не личным другом. Ученики бывали у него дома, вместе обсуждали прочитанные книги, а то и брали их у него, вели «крамольные» разговоры, нередко задерживаясь дотемна.
И вот в адрес русского наместника на Кавказе и в синод — высшему церковному начальству — полетели доносы, что новый преподаватель устраивает у себя тайные собрания, знакомит молодежь с вредоносными книгами, с «разрушительными» материалистическими учениями, способствует неверию в бога, которое, как эпидемия, охватывает все большее число слушателей семинарии.
Однажды ректор семинарии вместе с прибывшим по очередному доносу архиепископом неожиданно явились на урок Гогебашвили, надеясь застать того врасплох и обнаружить «крамолу». Шел урок географии. Нежданные ревизоры сами, вместе с учениками, заслушались вдохновенного рассказа молодого учителя. «Не будь он материалистом, он заслуживал бы лучшей участи», — сказал ректор архиепископу, выходя из класса.
Но это признание таланта молодого педагога вовсе не означало его победы. По-прежнему царские чиновники в учительских мундирах следили за каждым шагом Гогебашвили, доносили о каждом его поступке. И это не просто бездарность и ограниченность, как нередко бывает, преследовали малейшее проявление самобытности. Во всем, что нес с собой Якоб Гогебашвили, было что-то новое, неведомое, а главное — чуждое и опасное для церкви и государства.
Гогебашвили не сдавался. Назначенный инспектором духовной семинарии, он организовал для учащихся научные кружки, основал ученические журналы, всячески стремился расширить круг знаний своих учеников. Гогебашвили познакомился с Ильей Чавчавадзе, и тот не раз выступал со статьями в защиту передовых принципов педагогики, в защиту личности ученика. Однако, человек чистой и открытой души, Якоб Гогебашвили идеализировал своих противников. Ему казалось, что они заблуждаются, что они ограниченны, но по-своему преданы делу, ищут своих путей к сердцам учеников. А те прежде всего стремились избавиться от беспокойного, неблагонадежного сослуживца.
Враги стали изыскивать самые подлые пути, чтобы расправиться с Якобом Гогебашвили. В дни его болезни в семинарии была назначена неожиданная ревизия, причем таинственно исчезла приходо-расходная книга, по которой инспектор семинарии мог бы отчитаться. Тяжелобольной, с высокой температурой,
Гогебашвили узнал, что он заподозрен в хищениях, опозорен, отстранен от должности. Ему поспешили сообщить, что в ближайшие дни он должен освободить казенную квартиру. Потрясенный подлостью врагов, Гогебашвили не мог ни дня, ни часа оставаться в ставших для него ненавистными стенах семинарии. Он поднялся с кровати и ушел на пустынный берег Куры. В больном мозгу билась горячечная мысль, что, опозоренный, он больше не может ходить по земле, не может смотреть в глаза людям.
Через месяц, когда Гогебашвили выписался из больницы, Нико Цхведадзе перевез его к себе домой, куда уже забрал небогатый скарб своего друга. После болезни и тяжкого нервного потрясения Якоб был очень слаб, и друзья уговорили его отдохнуть. На собранные ими деньги он уехал в родную деревню Вариани, неподалеку от Гори, а затем на курорт Абастумани.
Это было в 1874 году. Вернувшись обратно в Тифлис, Якоб Гогебашвили снял скромную комнату, забрал у Нико Цхведадзе немногие свои вещи. И в первый же вечер, когда разошлись друзья, он сжег в камине все документы об образовании, послужной список. Но это уже не было болезненной слабостью, похожей на ту, которая толкнула его к попытке самоубийства. Это было исполнение того, о чем он думал упорно все эти месяцы. Гогебашвили решил навсегда отрезать себе путь к казенной карьере. Он учился и боролся не ради нее, не ради этих бумажек. Благо человека, благо народа — вот ради чего хочет он трудиться и жить.
Пламя угасающего камина освещало смуглое осунувшееся лицо с черной густой бородой и высоким лбом. Уже сгоревшие бумажки лежали в камине раскаленными трубочками, даже отдельные буквы можно было прочитать. Но один удар каминных щипцов, и они рассыпались серым пеплом — сожженные мосты к прошлому.
Со всей страстью борца и полемиста Якоб Гогебашвили взялся за общественно-педагогическую и литературную работу. Он мечтал о лучшем устройстве жизни, призывал к светлому будущему, но стремился прежде всего создать сегодня надежные гарантии этого светлого будущего. А они, по его мнению, заключались в воспитании нового человека. Новое поколение широко образованных, преданных родине людей сумеет завершить переустройство общества.