Никто не мог предвидеть, что у Путина, выдвинутого, чтобы заменить больного Ельцина, окажется такая железная воля. В октябре 1999 года Путин обвинил Грузию в том, что она помогает чеченцам сплотиться с земляками в Панкисском ущелье. На самом деле Грузия уже давно потеряла контроль над ущельем, но Путин заставил Организацию по безопасности и сотрудничеству в Европе вместе с грузинами патрулировать границу с Чечней и Дагестаном. Затем Путин ввел более строгий визовый режим с Грузией и, несмотря на официальный нейтралитет, выдал русские паспорта жителям Абхазии и Южной Осетии. Появились серьезные перебои в доставке газа и бензина из России.
Невзирая на враждебность нового русского режима, Шеварднадзе почувствовал себя достаточно неуязвимым, чтобы освободить своих злейших врагов, сначала Тенгиза Китовани, затем Иоселиани. (Иоселиани, сидя в тюрьме, писал воспоминания: в книге
Когда 11 сентября 2001 года «Аль-Каида» нанесла США страшный удар, Путин напомнил президенту Бушу, что Грузия все еще скрывает в Панкисском ущелье международных террористов. Шеварднадзе понял, что любое совпадение американских и русских интересов может стать угрозой грузинской независимости: он сразу полетел в Вашингтон и предложил грузинское подкрепление для войн «долговечной свободы». Миссию Шеварднадзе подорвали министр госбезопасности Вахтанг Кутателадзе и Каха Таргамадзе, бывший сотрудник КГБ, а теперь министр внутренних дел. Министры вывезли на грузовиках чеченских боевиков из Панкисского ущелья в Верхнюю Кодорскую долину, откуда те напали на Абхазию. (Чеченцы, уже не союзники абхазов, с радостью набрасывались на любых российских подопечных.) Власть в Абхазии застали врасплох: президент Ардзинба страдал тяжелой мотонейронной болезнью, Воронова в сентябре 1995 года убили, скорее всего, грузинские агенты, а Станислав Лакоба ушел из политики и стал ученым-историком.
И Путин, и бывшие боевики, которые в Абхазии принимали решения, с яростью отреагировали на демарш Кутателадзе и Таргамадзе: в Абхазии провели мобилизацию, 8 октября был сбит вертолет ООН. Российские самолеты бомбили Верхнюю Кодорскую долину. Путин не шел ни на какие уступки: чеченцев Таргамадзе выгнали из долины. В ноябре русские самолеты бомбили Панкисское ущелье и
Владимир Путин, считавший, что распад СССР является самой великой катастрофой XX века, никогда не прощал Шеварднадзе его роли в этом распаде, даже когда в июне 2003 года тот приехал в Петербург отметить трехсотлетие города. Всю зиму и весну 2003 года Россия отрубала, то взрывами, то отказами чинить трубы и провода, поставку в Грузию газа, электричества и нефти. Когда Шеварднадзе начал заискивать перед НАТО, Россия предложила Абхазии зенитные ракеты С-300.