Как и византийцы, Вахтанг короткое время поддерживал шаха Пероза в борьбе против эфталитов, которые угрожали границам Северо-Восточного Ирана; в 472 году он даже принял сторону Персии против Византии, получив в награду власть над всей Лазикой. За пять лет до этой смены политики, в 467 году, когда Иран еще не воевал с Византией, Вахтанг попросил императора признать автокефалию иберийской церкви: он хотел, чтобы епископов назначал не патриарх в Константинополе, а царь в Мцхете. В результате епископы Иберии и потом Лазики теперь подчинялись царю, который часто назначал епископами своих родственников, тем самым объединяя церковь и государство. Утверждение автокефалии грузинской церкви можно считать неизбежным последствием
Чтобы удалиться от буйных епископов в Мцхете, Вахтанг назначил столицей Иберии Тбилиси, в тридцати километрах на восток, а в Мцхете построил новый собор, чтобы город оставался духовной столицей страны. (Летопись рассказывает стереотипическую легенду о том, как во время охоты Вахтанг спустил сокола, который сбил фазана над горячим источником («Тбилиси» значит «теплый (источник)»). Вахтанг построил еще один великолепный собор в Болниси (473–495), где, как в Артануджи, христианские мальтийские кресты переплетаются с пальмовыми ветками и изысканными зороастрийскими золотыми узорами.
Стратегически важные пограничные провинции, Кахетия и Эрети, тоже стали новыми епархиями. Там, где образовывали новые епархии, распространялись православная вера и грузинский язык, даже у национальных меньшинств, говорящих на чеченском или осетинском. Тем не менее лазские епископы все еще подчинялись не Самоэлу в Мцхете, а патриарху в Константинополе.
В 470-х годах царь Вахтанг Горгасали чувствовал себя вне опасности с политической, военной и экономической точки зрения, тем более что он был родственником императора: теперь ему казалось, что можно смело отмежеваться от Персии. К концу этого десятилетия он изгнал зороастрийских магов из Картли, попросив военное подкрепление у Византии. Константинополь молчал целых четыре месяца, а за это время персидские войска успели прорваться в Центральное Картли: когда посол приехал из Константинополя, единственная помощь, которую он предлагал, — это посредничество в составлении мирного договора между Вахтангом и шахом Перозом. Иберии пришлось заплатить дань и предоставить Персии вооруженные силы; единственной уступкой Пероза было обещание больше не распространять в Грузии зороастрийскую веру.