Затем в сентябре 2006 года органами МГБ были задержаны руководители ряда оппозиционных организаций Грузии. Так, в частности, по обвинению в антигосударственной деятельности и в попытке организации государственного переворота в разных городах Грузии были задержаны политический секретарь партии «Справедливость» Резо Булия, руководитель движения «АнтиСорос» Майя Николаишвили, лидер консервативно-монархической партии Темур Жоржолиани. В 63 офисах и квартирах оппозиционеров прошли обыски. Были задержаны главы региональных офисов «Справедливости» в городах Зугдиди и Батуми. По информации телекомпании Рустави-2, в городе Зугдиди, на западе страны, задержан проживающий там политический секретарь оппозиционной партии «Справедливость» Резо Булия, активист Папуна Шония. Против Реваза Булия было возбуждено уголовное дело по обвинению в попытке государственного переворота. Кроме того, грузинские власти обвинили руководителя Фонда Игоря Гиоргадзе Ирину Саришвили в участии в антигосударственном заговоре.
Под угрозами, одна из задержанных, лидер движения «Антисорос» Майя Николеишвли призналась в подготовке государственного переворота и была отпущена под залог в 10 тысяч лари. Вскоре после этого 13 сторонников Гиоргадзе суд признал виновными в попытке вооруженного свержения власти, их приговорили к срокам заключения от 2 до 8,5 лет тюрьмы.
Затем Департамент конституционной безопасности задержал трех человек — активистов молодежного крыла партии «Новые правые» Леван Джапаридзе. Им предъявлено обвинение по статье — коммерческий подкуп и уже возбуждено уголовное дело. По подозрению в отмывании денег задержан член лейбористской партии Арчил Бенидзе. В связи с этим делом допрошен лидер лейбористов Шалва Нателашвили, который уже объявил в партии чрезвычайное положение и обратился в ООН с просьбой — создать следственную комиссию «чтобы установить лживость этих обвинений, которые власть предъявляет членам партии».
Затем, в июле в Тбилиси был задержан бывший руководитель службы госбезопасности Грузии Ираклий Батиашвили. Он обвинялся «в поддержке незаконных действий Эмзара Квициани с целью насильственного свержения конституционных органов государственной власти Грузии». Ираклий Батиашвили занимал пост руководителя службы госбезопасности Грузии в 1992–1993 годах, в последние несколько лет — один из лидеров оппозиционного движения «Вперед, Грузия».
В январе 2006 года глава аналитико-информационного центра Национальной ассамблеи азербайджанцев Грузии (НААГ) Аббас Мурадханлы сообщил, что по инициативе министра внутренних дел Грузии Вано Мерабишвили, и с одобрения президента Михаила Саакашвили Департамент контрразведки МВД готовит провокации и покушения на ряд лидеров оппозиции и национальных общин. По его словам, наибольшая опасность угрожает председателю лейбористской партии Шалве Нателашвили, председателю партии «Справедливость» Игорю Гиоргадзе, вице-президенту Всероссийского конгресса азербайджанцев Сакиту Аллахвердиеву, президенту НААГ Дашгыну Гюльмамедову, экс-министру внутренних дел Аджарии Джемалу Гогитидзе, лидеру Демократического Альянса «Единый Джавахк» Ваагу Чахаляну, находящемуся в заключении Темуру Жоржолиани, а также главе непризнанной республики Южная Осетия Эдуарду Кокойты.
Мурадханлы подчеркнул, что озвученную им информацию «подтвердили некоторые достоверные источники в Тбилиси». По его словам, в распоряжении НААГ также имеются копии секретных документов Департамента Контрразведки МВД Грузии, из которых очевидно, что Саакашвили и его сторонники в ближайшее время намерены совершить вышеуказанные преступления. Мурадханлы считает: «Авторитарный режим, опасаясь того, что накопившееся в массах недовольство выплеснется наружу и приведет к свержению власти, начал при помощи спецслужб использовать против лидеров политической оппозиции методы времен Лаврентия Берии, дабы предотвратить или хотя бы отсрочить этот закономерный процесс».
Затем, в ноябре 2007 года в помещения грузинской оппозиционной радио— и телекорпорации «Имеди» ворвался спецназ. Ведущие телекомпании успели сообщить об этом в прямом эфире и выразили надежду, что сумеют перейти на чрезвычайный режим работы. Вслед за этим трансляция «Имеди» прекратилась. Полиция задержала одного из руководителей телекомпании, журналиста Георгия Таргамадзе, а также лидеров оппозиции Каху Кукава и Звиада Дзидзигури. Кроме того, около здания «Имеди» произошло столкновение полиции с людьми, которые пришли поддержать журналистов телекомпании. Полицейские применили дубинки, избиты несколько человек.
Президент Грузии Михаил Саакашвили обвинил российские власти в провоцировании беспорядков в Тбилиси. Якобы грузинские контрразведчики зафиксировали частые встречи и телефонные контакты лидеров грузинской оппозиции с сотрудниками российского посольства. Посол РФ в Грузии Вячеслав Коваленко был вызван в МИД Грузии для консультаций относительно содержания аудио— и видеозаписей, распространенных МВД Грузии.