В ночь с 5 на 6 января 1990 г. по приказу Звиада Гамсахурдия в Цхинвали были направлены грузинские вооруженные формирования – милиция и национальные гвардейцы, попытавшиеся установить контроль над городом. Полк внутренних войск СССР, несмотря на предупреждения югоосетинского руководства о готовящемся нападении, снял посты на въезде в Цхинвали и беспрепятственно пропустил грузин. Внутренние войска были отведены в военные городки (в Цхинвали до середины 1992 г. были расквартированы два полка Советской Армии – инженерно-саперный и вертолетный).
Спасаясь от террора национальных гвардейцев, часть жителей Цхинвали укрывалась на территории военных городков. Центр города контролировался грузинской милицией, остальная часть – осетинским населением. Сформированным осетинским отрядам самообороны к 28 января удалось вынудить грузинские формирования уйти из Цхинвали. Город покинуло и все грузинское население.
Одновременно с распадом СССР политические конфликты в Грузии перешли в фазу открытого вооруженного противостояния как между Грузией и автономиями Абхазией и Южная Осетией.
1 сентября 1991 года Южноосетинская советская демократическая республика была переименована в Республику Южная Осетия.
В конце января руководитель Южной Осетии Торез Кулум-бегов был обманным путем вывезен из Цхинвали, доставлен в Тбилиси и помещен в тюрьму, откуда он вышел лишь 7 января 1992 г. Республикой в его отсутствие руководил Знаур Гассиев.
Грузинская милиция и Национальная гвардия контролировали стратегические высоты вокруг Цхинвали и осуществляли обстрелы города, приводившие к многочисленным разрушениям и жертвам. Осетинские отряды, базировавшиеся в блокированном Цхинвали, испытывали острую нехватку оружия и боеприпасов и действовали мелкими диверсионными группами. Гуманитарная ситуация в бывшей автономной области и городе была катастрофической. Убитых приходилось хоронить в городских дворах.
В середине января 1992 года в Южной Осетии состоялся референдум по вопросу «о государственной независимости и (или) воссоединении с Северной Осетией». Большинство участвовавших в референдуме, поддержало это предложение. На окончательный итог вооруженного противостояния в значительной степени повлияла политическая нестабильность в самой Грузии, где в конце 1991 – начале 1992 года вспыхнула гражданская война и произошел государственный переворот, приведший к свержению Звиада Гамсахурдия, что на определенное время отвлекло внимание грузинских властей от Южной Осетии.
Новое грузинское руководство (Эдуард Шеварднадзе, Тенгиз Китовани и Джаба Иоселиани) весной 1992 года спровоцировало военные действия в Южной Осетии. К середине июня грузинские отряды вплотную подошли к Цхинвали, что создало реальную угрозу захвата города. Оказалось победа уже в руках грузинской армии. Но под давлением российского руководства, однако, Эдуард Шеварднадзе был вынужден пойти на уступки и начать переговоры о мирном урегулировании.
Вооруженные столкновения были прекращены с подписанием 24 июня 1992 года Борисом Ельциным и Эдуардом Шеварднадзе Дагомысского соглашения о принципах урегулирования конфликта. Всего в ходе боевых действий потери с осетинской стороны составили 1 тыс. человек, ранено свыше 2,5 тыс. Дагомысские соглашения предусматривали создание органа для урегулирования конфликта – Смешанной контрольной комиссии (СКК) из представителей четырех сторон – Грузии, Южной Осетии, России и Северной Осетии. В Цхинвали была размещена Миссия наблюдателей от ОБСЕ.
В середине июля 1992 года был прекращен огонь и в зону конфликта для разъединения противостоящих друг другу сил были введены Смешанные силы по поддержанию мира (ССПМ) в составе трех батальонов – российского, грузинского и осетинского.
Но с Абхазией мира не получилось. Первый конфликт случился 16 июля 1989 года в Сухуми вспыхнули вооруженные беспорядки, вызванные скандалом вокруг нарушений правил приема студентов в местный университет. В ходе беспорядков, по имеющимся сообщениям, погибло 16 человек и около 140 было ранено. Для прекращения беспорядков были применены войска.
С начала 1992 года ситуация в Абхазии значительно ухудшилась, участились случаи похищения представителей грузинских власти. Так, например, в июле 1992 года был похищен и переправлен в Абхазию председатель Комитета по правам человека Александра Кавсадзе, были захвачены замминистра МВД Грузии Романа Гвенцадзе, произошло умышленное убийство руководителя Хобского района Кандида Гогуа и многое другое. Эти действия имели чрезвычайно тяжкие последствия.