Успех симфонии у публики был грандиозный. По окончании концерта композитора вызывали шесть раз, его одарили овациями даже оркестранты. При этом рецензии традиционно оставались в диапазоне от прохладцы до резкого неприятия. Состоявшаяся через полгода венская премьера встретила такую же реакцию: и восторженное одобрение, и громкое выражение неудовольствия. Большинство венских критиков растоптали произведение. В партитуру Малер включил оригинальный инструмент — «коровьи», или «альпийские», колокольчики, чем вызвал насмешки некоторых из них. Этот инструмент представлял собой специально сконструированный набор колокольчиков без язычка, по которым нужно было ударять специальной палочкой. Впоследствии этот набор сопровождал Густава на всех постановках Шестой симфонии, но бывало, композитор брал с собой на постановку первого трубача Венской оперы, чтобы невероятно трудные пассажи прозвучали «с гарантией» — так, как задумывались.
Во время летнего отпуска Малер намеревался восполнить утраченные силы и накопить творческую энергию, столь необходимую для сочинения. Но в первый же день отдыха им овладел дух творчества, который, как писал композитор, «погонял меня в течение следующих восьми недель, пока самое крупное мое произведение не было готово». К августу работа над Восьмой симфонией была завершена, хотя еще не прозвучала Седьмая. Это произведение знаменовало открытие нового периода творчества композитора, который в музыковедении принято относить к позднему. В истории музыки это сочинение получило негласное название «Симфония тысячи» по количеству исполнителей, стоявших на сцене. Малер с восторгом писал Менгельбергу: «Это самое значительное из всего, что я до сих пор написал. Сочинение настолько своеобразно по содержанию и форме, что о нем невозможно даже рассказать в письме. Представьте себе, что вселенная начинает звучать и звенеть. Поют уже не человеческие голоса, а кружащиеся солнца и планеты». Идея произведения, мастерски реализованная в музыке, состоит в искуплении вины силой любви. Малер создал полноценное хоровое симфоническое полотно, соединив жанры симфонии и кантаты. Первая из ее двух частей основана на христианском гимне Пятидесятницы IX века, а вторая — на тексте из заключительной сцены «Фауста» Гёте. Примечательно, что, несмотря на громадный состав исполнителей, композитор редко использует всю мощь звучания, сочетая тембры хора с группами инструментов, благодаря чему образуется особая камерная прозрачность звука.
Малер продолжал покровительствовать Шёнбергу. 5 февраля 1907 года впервые в Вене прозвучал Первый струнный квартет малеровского протеже. На слушателя, пытавшегося освистать сочинение, Густав накинулся так, что дело дошло до рукоприкладства. На следующий день Малер писал Штраусу: «Вчера я слышал новый квартет Шёнберга и нашел его столь глубоким и впечатляющим, что я не могу его описать в письме, самым решительным образом рекомендую его для фестиваля в Дрездене». Днем позже в зале «Musikverein» впервые исполнялась Камерная симфония Шёнберга. На концерте конфликт сторон приобрел еще большие масштабы. В середине исполнения противники новой музыки начали шуметь и двигать стульями. Густав, находившийся в зале, стал кричать на них, дабы не допустить срыв вечера. В конце концов половина публики во главе с Малером рукоплескала сочинению, другая же половина его освистала. Согласно другой версии, при исполнении произведения между его сторонниками и противниками произошла драка, в которой оказался замешан директор Придворной оперы, и только при помощи полиции удалось утихомирить аудиторию.
Примечательно, что, отстаивая сочинения своего друга, Густав, даже не разбираясь в тонкостях, видел в этой музыке будущее искусства. Позднее Альма рассказывала, что по дороге домой после того вечера муж ей признался: «Я не понимаю его музыку, но он молод; возможно, он прав. Я старый, может быть, я больше не имею возможности слышать его музыку».
Из ситуации с противоборством приверженцев современного и традиционного чуть позже был найден оригинальный выход. К 1913 году в Вене построили специальный зал «Konzerthaus», предназначенный в большей степени для нового искусства, а роскошный «Musikverein» оставался верен образцам классической музыки, музыки прошлого.
1907 год стал переломным в жизни композитора. Уже в первые дни января с небывалой силой началась антималеровская кампания, направленная на скорейшее снятие его с должности. В вину Малеру помимо традиционного «подрыва священных принципов искусства» ставились излишне дорогие постановки, фаворитизм, а также частое отсутствие на рабочем месте из-за постоянных дирижерских поездок по другим городам, из-за чего якобы страдал художественный уровень спектаклей. Густав, ставший популярным композитором и желавший лично устанавливать правила исполнения собственных сочинений, по большому счету все эти надуманные обвинения мог бы проигнорировать, если б к ним не прислушивалось руководство.