Уже 23 июня 1941 г. начальникам Выборгского, Сортавальского, Яскинского, Суоярвского, Ребольского, Калевальского и Кестеньгского, а 27 июня – Кексгольмского и Ухтинского районных отделов НКГБ были даны указания об оставлении агентуры для разведывательно-диверсионной работы на территории, которую угрожал захватить противник. Всего при отступлении частей Красной Армии в оккупированных районах Карелии, включая Петрозаводск, был оставлен 61 агент [О деятельности разведывательно-диверсионных групп органов Госбезопасности КФССР в тылу противника в период Великой Отечественной войны, л. 2]. Однако, как показали дальнейшие события (быстрое наступление финских войск, недостатки в подготовке агентуры, отсутствие надежной связи, предательство отдельных агентов, переселенческая политика финских оккупационных властей), свою деятельность эта агентура не развернула и существенной роли в зафронтовой работе не сыграла.
В первые месяцы войны негативное влияние на организацию деятельности агентурной работы органов безопасности оказывало то обстоятельство, что они вынуждены были решать задачи по силовой поддержке обороняющихся воинских частей, формированию, в том числе за счет оперативного состава, истребительных батальонов и партизанских отрядов (до образования в июне 1942 г. при Военном совете Карельского фронта штаба партизанского движения).
Направление диверсионных групп в тыл противника стало применяться с самого начала войны. Уже 12 июля 1941 г. наркомом Госбезопасности КФССР Баскаковым и зам. командующего тылом 7-й армии Киселевым издается «Боевой приказ № 1» о направлении спецгруппы НКГБ в составе 25 человек с диверсионным заданием на территорию Финляндии в район Лиекса-Йоэнсуу. Во время рейда в оперативный тыл противника группа взорвала мост и склад боеприпасов в дер. Лубосалми, уничтожила две грузовые автомашины, заминировала 3 км дороги, повредила в нескольких местах телефонные провода, вышла в расположение советских войск, потеряв 3 человек в ходе боестолкновений с группами преследования.
Анализ данной и других «ходок» в тыл противника в первые недели войны показал настоятельную необходимость более тщательно вести подготовку диверсионных групп для заброски их за линию фронта. И уже в июле 1941 г. в НКГБ КФССР была организована специальная (особая) диверсионная школа. СНК республики 8 июля утвердил подготовленную разведотделом «Ориентировочную смету расходов по подготовке лиц специального назначения», в которой указывалось, что курсы рассчитаны на 7 дней (по 40-часовой программе), количество курсантов – 27 человек, преподавателей – 2 человека. Численность курсантов в первые полгода войны постоянно увеличивалась: в октябре 1941 г. школа состояла из 4 отрядов по 3 группы в каждом и насчитывала 154 человека, а к концу 1941 г. учебу в школе закончило 196 человек и было сформировано 15 диверсионных групп. Она имела две грузовые машины, катер и моторную лодку. Руководство школой было возложено на начальника 4-го отдела комбрига Вершинина [О формировании спецшколы 4-го отдела НКВД КФССР, л. 30].
С организацией в октябре 1941 г. 4-го отдела НКВД все диверсионные кадры, за исключением созданных в РО, вошли в спецотряд школы особого назначения НКВД, который имел свой номер и дислоцировался до конца войны в селе Шижня Беломорского района республики.
Отбор кадров в спецотряд производился отделами НКГБ – НКВД на предприятиях, в различных учреждениях и организациях на добровольной основе и, как правило, из числа молодежи. При этом учитывались профессиональные качества кандидата, проверялись его благонадежность и «политическая лояльность» [О формировании спецшколы 4-го отдела НКВД КФССР, л. 117]. Привлекались и отдельные заключенные, осужденные за незначительные преступления, а также чекисты, арестованные в годы репрессий, а с началом войны подавшие заявления о посылке их на фронт. Через ОИТК им оформлялось освобождение, и они направлялись в распоряжение НКГБ КФССР.
Так же как и в партизанские отряды, бойцы в спецотряд особой школы НКВД КФССР отбирались и в соседних регионах (часто это приходилось делать с «боем»). Например, в январе 1942 г. в распоряжение 4-го отдела для комплектования диверсионных групп прибыло 25 человек из Архангельской области, в том числе 6 работников милиции. Так как хороших, как правило, не отдавали, то уже по прибытии в Беломорск, который после оккупации Петрозаводска финскими войсками стал военной столицей республики, было «отбраковано» по состоянию здоровья 7 человек (один оказался даже с ампутированными пальцами ног) [О формировании спецшколы 4-го отдела НКВД КФССР, л. 212].