На выполнение операции «Утка» ушло два года. Сталин высоко оценил заслуги всех ее участников и поддержал предложение Берия о их награждении высшими орденами Советского Союза. Отмечая награды 17 июня 1941 года в номере гостиницы «Москва», Эйтингон сказал Судоплатову: «То, что происходит на границе, не провокация, а война».
В тот же день Берия отдал Судоплатову приказ об организации Особой группы из числа сотрудников разведки. Она должна была осуществлять разведывательно-диверсионные акции в случае войны. Заместителем Судоплатова был назначен Эйтингон. В оперативном подчинении Особой группы находилась Отдельная мотострелковая бригада особого назначения (ОМСБОН) – спецназ НКВД. Формированием парашютно-десантного подразделения в составе ОМСБОН занималась Муза Малиновская, рекордсменка мира по прыжкам с парашютом. Вскоре она была вызвана в кабинет Эйтингона на Лубянку. Своей дочери, тоже Музе, она рассказывала, что была буквально поражена организаторскими способностями сидящего за столом майора госбезопасности. Постоянно звонил телефон – их на приставном столике стояло пять или шесть. Хозяин кабинета безошибочно снимал нужную трубку и разговаривал по-английски. Снимал другую – разговаривал по-испански, третью – по-французски…
Вскоре Муза выезжает вместе с Эйтингоном в Турцию для проведения акции в отношении немецкого посла фон Папена, который настойчиво пытался вовлечь Турцию в войну против СССР на стороне Германии. После возвращения в Москву Муза и Леонид стали мужем и женой. Работая инструктором по парашютной подготовке бойцов ОМСБОН, Муза нередко сопровождала группу парашютистов до места выброски. Всего она подготовила около 1200 парашютистов-десантников.
Эйтингон участвовал в десятках сложнейших агентурных операций, таких как «Монастырь», которая в немалой степени способствовала победе в Сталинградской битве и за которую он был награжден полководческим орденом Суворова. 25 октября 1943 года Муза родила ему сына, которого назвали тем же именем, под которым был известен его отец – Леонид. Главный специалист НКВД по взрывным устройствам Александр Тимашков, изготовивший, в частности, знаменитую «коробку конфет» для Судоплатова, принес счастливым родителям самодельную погремушку…
В 1947 году у Эйтингона родилась дочь, которую назвали так же, как и маму – Музой. В редкие свободные минуты он любил выйти на прогулку с детьми в военной форме – ему нравилось, что они гордятся отцом. Только в такое время он позволял себе блеснуть генеральским мундиром и орденской колодкой – во всем остальном он был предельно скромен и требовал того же от всех членов семьи. У него никогда не было никаких сбережений, и даже скромная обстановка в квартире была казенной.
В 1951 году, сразу после возвращения из Прибалтики, где он руководил операцией против «лесных братьев», генерал Эйтингон был арестован по делу о «сионистском заговоре в МГБ». Его внезапно освободили в 1953 году, после смерти Сталина, когда Берия начал возрождать единое силовое министерство НКВД 2.0 – но сразу же после хрущевского переворота вновь арестовали. Когда за ним пришли, он сидел дома на кухне и пил чай. Услышав звонок в дверь, он лишь бросил вошедшим: «Оружие под подушкой». Затем встал, оделся и вышел.
Суд состоялся только в 1957 году. Эйтингона, арестованного в 1951 году и «ошибочно и преступно» выпущенного Берией в 1953 году, приговорили к 12 годам лишения свободы. «Вы судите меня как „человека Берии“, – сказал он в своем последнем слове. – Но я не его человек. Если я чей-то, тогда считайте меня „человеком Дзержинского“. Но если быть более точным, то я человек Партии. Я выполнял ее задания. И государственные. И с вами я о них говорить не буду».
С Судоплатовым, который получил 15 лет, они встретились во Владимирском централе. Находясь в камере, они продолжали мыслить широко и по-государственному. Узнав о том, что в США создается спецназ «зеленые береты», они написали в ЦК о необходимости использования опыта ОМСБОН. На основе этих рекомендаций в 1969 году была организационно оформлена «кузница» спецназа госбезопасности – КУОС КГБ СССР, где готовили резервистов для ведения партизанских действий в тылу врага. В 1982 году на базе КУОС была создана группа специального назначения «Вымпел».
Эйтингона освободили в марте 1964 года, зачтя ему срок пребывания под следствием после первого ареста. «Я на всю жизнь запомнила этот день, – рассказывает его дочь Муза. – Мне позвонила тетя, сестра отца. Когда я приехала к ней, у нее собралось довольно много родственников. Потом они все вышли из комнаты, и вошел отец… Передо мной стоял совершенно седой старый человек с печальными глазами. Отец подошел, положил руку мне на голову, а я разрыдалась. Он сказал: „Поплачь! Это хорошие счастливые слезы. Они принесут нам радость“. Мы сидели, обнявшись, и я не могла произнести ни слова. Мне исполнилось 17 лет».