«19 февраля 1855 на престол взошел Александр ІІ, издавший в том же году распо ряжение „О дозволении принимать в университеты неограниченное число студентов”. В 1856 г. новым попечителем Московского университета назначен Е.П.Ковалевский, с приходом которого связана отмена всех притеснений в преподавании и внутреннем распорядке университета. Государство оказывает внимание научному сообществу: ректору выделяется карета, профессорам положена повозка и дрова для отопления.
12 января 1857 г. состоялась первая из ежегодных встреч выпускников университета, которые далее станут традиционными. Осенью этого же года вследствие драки студентов с полицией, в которой погибли два человека, в университете начались массовые студенческие волнения.
В мае 1860 г. отменены годичные студенческие испытания, введены два полукурсовых экзамена на первых двух курсах и окончательный экзамен для специальных предметов на последних курсах. „В университете в аудиториях читались публичные общедоступные лекции, которые посещались московским обществом, вне университета стоящим… Возникли воскресные школы, и на фабриках, близ Москвы лежащих, учили грамоте все те же студенты разных факультетов и курсов…”
19 февраля 1861 г. в России отменено крепостное право. 31 мая введены „майские правила”, запрещавшие создание студенческих организаций, библиотек и сходки. Ночью 12 октября арестованы 20 „зачинщиков” волнений. Студенты, направившиеся к дому генерал-губернатора, были разогнаны полицией и конными жандармами в ходе столкновения напротив гостиницы „Дрезден” на Тверской улице. В результате „Дрезденского сражения” пострадало и было арестовано более 300 человек, четверо руководителей движения были высланы в отдаленные губернии, 13 исключены из университета.
1 июля 1862 г. вышло распоряжение о прекращении ношения в стенах университета студенческой формы. Еще через год в ходе либеральных реформ правительства Александра II утвержден новый университетский устав. По нему должности ректора и деканов стали выборными, расширился круг деятельности Совета университета, ограничивалась власть попечителя.
„Масса всяких родов молодежи в 1861 г. устремилась в университет. Особенно из провинции, семинаристов и поляков. Форма была отменена… Ввиду большого наплыва желающих поступить в университет, – много проваливалось… К дворянам, коих обзывали аристократами,… то беложилетниками, то белоподкладчиками, тех кто щеголял, – отношение явно было со стороны экзаменаторов неблагожелательное…”
В 1864 г. при университете сложился тайный пропагандистско-террористический революционный кружок „ишутинцев”. Через два года один из его членов, Каракозов, совершит покушение на императора Александра II.
22 января 1866 г. в университете против незаконной баллотировки в должность профессора Лешкова протестует группа профессоров юридического факультета. В 1875 г. тридцать пять профессоров университета пишут открытое письмо против деятельности профессора Любимова, призывавшего к отмене устава 1863 г.
В 1877 ректором университета избран профессор Н. С. Тихонравов, который „излагал лекции удивительным по красоте и меткости чистым русским языком. Он был первоклассным оратором. Он мог держать во власти своей речи любую аудиторию и умел, когда было нужно, переломить в свою пользу настроение слушающей его толпы… Однажды, когда разбушевалась одна из студенческих «историй», многочисленная сходка, собравшаяся в актовом зале, послала за Тихонравовым, причем в этом приглашении было сказано, что требует к себе ректора, чтобы побить его. Конечно, никто и не помышлял о том, что ректор явится на такое приглашение. Просто это была выходка разъярившейся толпы. А Тихонравов взял да и явился на сходку как ни в чем не бывало.
Толпа замерла при его появлении. Протеснившись к кафедре, он поднял руку в знак желания говорить. Среди водворившейся глубокой тишины зазвучал спокойный и уверенный голос Тихонравова. Надо заметить, что Тихонравов сильно шепелявил, свистящие согласные выговаривал как шипящие. Но, как Ключевскому легкое заикание не мешало очаровывать слушателей своей речью, так и шепелявость Тихонравова нисколько не вредила обаятельности его ораторского таланта. Говорил он на этот раз не особенно долго, красота каждой фразы соединялась с глубокой обдуманностью сказанного, проистекавшей из превосходного знания психологии студенческой толпы. В одном месте оратор прослезился. И когда он кончил, толпа, собиравшаяся его бить, с торжеством вынесла его на руках. Прямо из университета он поехал в Екатерининскую больницу, где собралась другая большая сходка, по большей части состоявшая из студентов-медиков. Тихонравов слово в слово повторил ту же речь и на том же самом месте прослезился. И такая же бурная овация была ему наградой и на этот раз…”
В университетских кругах того времени весьма популярны журфиксы – своего рода общественно-политические клубы. „Особенно уютны, непринужденны и симпатичны были собрания запросто некоторых особенно заинтересованных наукой слушателей (человек о 10–12) у своих профессоров. Происходило это так. Почти каждый из профессоров имел обычно приемные часы для всех желающих обратиться к нему за научными указаниями или советом студентов – большей частью раз в неделю у себя на квартире в дневной час. На эти приемные часы для краткого делового разговора могли приходить все студенты, имевшие в том нужду. Кроме того, профессор по личному своему выбору и усмотрению приглашал тех из своих слушателей, которые казались ему особенно развитыми и заинтересованными, приходить на чашку чая в более тесном кругу в определенный день недели – например, вторник или воскресенье. Приглашение это давалось не на один раз, а раз навсегда, причем пользоваться им студент мог, когда ему захочется. Он мог три недели не ходить, а прийти в четвертый раз; мог приходить каждые две недели, мог приходить чаще, мог приходить реже. Эти собрания у профессоров за чашкой чая, происходившие совершенно запросто, в духе почти товарищеской интимности между учителями и слушателями, причем темами служили не только разные научные вопросы, но и вопросы общей культурной жизни, – были глубоко воспитательны и приятны…”»