«После поражения в войне с Японией власти пошли на демократические уступки. 27 августа введены заменявшие устав 1884 г. „Временные правила об управлении высшими учебными заведениями Министерства народного просвещения”. Согласно этим правилам, университетам предоставлялась автономия, должность ректора становилась выборной, инспекция оставалась в ведении ректора, студенческие дела подлежали рассмотрению профессорского дисциплинарного суда.
2 сентября ректором Московского университета избран профессор С. Н. Трубецкой, который пробыл в должности 27 дней. В здание на Моховой ворвалась полиция, чтобы арестовать студентов, подозреваемых в участии в антиправительственных акциях. Это было явное нарушение устава, согласно которому университет сам должен был провести расследование и наказать виновных. Трубецкой потребовал от представителей власти покинуть стены университета. Ректора тут же вызвали в Петербург. После разноса в кабинете министра просвещения Трубецкой почувствовал себя плохо и в возрасте сорока трех лет скоропостижно умер от инсульта.
15 сентября под давлением студенческого движения Совет университета открыл заведение для учебных занятий. В октябре университет вновь закрыт, чтобы предотвратить проведение в его аудиториях митингов и собраний в период Всероссийской политической стачки. Организована оборона университета от налетов черносотенцев, полиции и войск. Возведены баррикады во дворе и у входов в университет, избран штаб обороны, впервые в университете организована студенческая боевая дружина. С согласия администрации на территорию университета введены правительственные войска. Занятия прекратились. И снова начались.
В ходе революции 1905 г. в университете явочным порядком к занятиям в качестве вольнослушателей были допущены женщины. В это же время Зелинский открывает реакцию изомеризации циклометана и производное шестичленного цикла под влиянием бромистого алюминия.
11 февраля 1907 г. утверждены правила „О студенческих организациях в высших учебных заведениях”, ставившие вне закона деятельность революционных организаций студентов. 9 октября состоялась студенческая сходка по поводу вынесения смертного приговора двум студентам Технического училища. В университет введен наряд полиции.
В мае 1908 г. опубликован циркуляр Министерства народного просвещения, согласно которому ректорам разрешалось допускать собрания „по поводу лишь совершенно определенных и не противоречащих академическим задачам предметов не в учебное время и не в большом числе”. Копии уставов студенческих организаций и списки их участников должны были представляться в Министерство просвещения. По распоряжению правительства отстранялись от занятий 250 женщин – слушательниц университета. В сентябре прошли сходки и забастовки, на которых выдвигались политические требования.
В 1910 г. в ходе правительственных репрессий из ста различных студенческих организаций осталось менее тридцати. Ректор запрещает проведение собраний студентов в память умершего писателя Льва Николаевича Толстого. Профессор Чаплыгин выступает в Московском математическом обществе с докладом „О давлении плоскопараллельного потока на преграждающие тела (к теории аэроплана)”. Профессором Жуковским разработана вихревая теория гребных винтов. В. К. Аркадьев закончил разработку теории процессов намагничивания в переменных полях.
3 января 1911 г. выходит правительственный циркуляр „О надзоре за учащимися высших учебных заведений”. Он направлен на окончательное уничтожение остатков демократических свобод в университете. Через неделю новый циркуляр „О временном недопущении публичных и частных студенческих заведений” запрещает проведение студенческих собраний. В ответ студенты проводят массовые сходки. Принято решение о начале студенческой забастовки. В университет по просьбе администрации введена полиция. Выходит еще один циркуляр „О максимальном сроке пребывания студентов императорских университетов на факультете”, который регламентировал время нахождения учащихся в учебных аудиториях.
28 января на экстренном заседании Совета университета ректор Мануйлов, проректор и помощник ректора подали в отставку. Следом, в знак протеста против реакционной политики правительства в отношении университета, подают в отставку около 400 профессоров и сотрудников. „Московский университет теснейшими узами связан со всей жизнью нашей страны, и живая вера в силу и мощь русского народа делает невероятной продолжительность переживаемого его разгрома.
Его возрождение будет великим праздником русской жизни, оно теснейшим образом связано с ростом и прояснением национального самосознания. Этот день не за горами…”
20 июля 1914 г. началась война с Германией, Первая мировая война. Через три дня Совет университета выносит постановление об ускоренном выпуске врачей и младшего медицинского персонала.
13 февраля состоялась публичная лекция профессора Виппера „Старая и новая Германия” в пользу лазарета, содержащегося на средства профессоров и служащих университета. В университет на медицинский факультет стали принимать женщин. 10 июня 1916 г. совет университета возбудил ходатайство перед Министерством народного просвещения о приеме женщин в число слушательниц физико-математического факультета…»