16 октября генерал Болдырев предложил Колчаку пост военного и морского министра (вместо не удовлетворявшего Директорию и правительство П.П. Иванова-Ринова).
5 ноября Колчак был назначен военным и морским министром Временного Всероссийского правительства и 7 ноября приступил к исполнению своих новых обязанностей, первыми своими приказами начав формирование центральных органов Военного министерства и Главного штаба. На следующий день Колчак отправился на фронт для личного ознакомления с положением армии и её командным составом. Тем самым адмирал обеспечил себе надёжное алиби.
18 ноября около трёх сотен казаков и солдат под командованием казачьих офицеров арестовали эсеров – представителей левого крыла Временного Всероссийского правительства. Состоявший из эсеров батальон охраны Директории был разоружён. В поддержку Директории не выступила ни одна воинская часть омского гарнизона.
Роль английской военной миссии в перевороте ограничивалась тем, что английские офицеры, будучи проинформированы о перевороте, обещали не вмешиваться в него при условии, что переворот будет бескровным.
Представители «революционной демократии» и меньшевики осудили переворот, а эсеры призвали к вооружённому сопротивлению. В Уфе, Омске и Екатеринбурге произошли вооружённые столкновения. Только в ходе боёв в декабре 1918 г. в Омске было убито около 500 человек.
Член Учредительного собрания правый эсер Д.Ф. Раков писал: «Омск просто замер от ужаса. В то время, когда жёны убитых товарищей день и ночь разыскивали в сибирских снегах их трупы, я продолжал мучительное своё сидение, не ведая, какой ужас творится за стенами гауптвахты. Убитых… было бесконечное множество, во всяком случае, не меньше 2500 человек… Целые возы трупов провозили по городу. Пострадали главным образом солдаты местного гарнизона и рабочие».
Всё время своего правления Колчак массово уничтожал всех своих врагов, как коммунистов, так и либералов.
Вот выдержки из приказов его подчинённых. Выдержка из приказа губернатора Енисейской и части Иркутской губернии генерала С.Н. Розанова, особого уполномоченного Колчака в г. Красноярске от 27 марта 1919 г:
«Начальникам военных отрядов, действующих в районе восстания:
1. При занятии селений, захваченных ранее разбойниками, требовать выдачи их главарей и вожаков; если этого не произойдёт, а достоверные сведения о наличии таковых имеются, – расстреливать десятого.
2. Селения, население которых встретит правительственные войска с оружием, сжигать; взрослое мужское население расстреливать поголовно; имущество, лошадей, повозки, хлеб и так далее отбирать в пользу казны.
Примечание. Всё отобранное должно быть проведено приказом по отряду.
<…>
6. Среди населения брать заложников, в случае действия односельчан, направленного против правительственных войск, заложников расстреливать беспощадно».
Аналогичен приказ колчаковского полковника Крейчего, где говорилось о «взятии заложников из числа жителей населённых пунктов, расположенных в 20‐вёрстной зоне от полотна железной дороги, их расстреле, сжигании подозрительных деревень, при совершении диверсий вызвавших крушение эшелонов и невыдаче виновных».
Политические руководители Чехословацкого корпуса Б. Павлу и В. Гирса в официальном меморандуме союзникам в ноябре 1919 г. заявляли: «Под защитой чехословацких штыков местные русские военные органы позволяют себе действия, перед которыми ужаснётся весь цивилизованный мир. Выжигание деревень, избиение мирных русских граждан целыми сотнями, расстрелы без суда представителей демократии по простому подозрению в политической неблагонадёжности составляют обычное явление, и ответственность за всё перед судом народов всего мира ложится на нас: почему мы, имея военную силу, не воспротивились этому беззаконию».
По данным историка Голуба, в Екатеринбургской губернии, одной из 12 находившихся под контролем Колчака губерний, при Колчаке было расстреляно не менее 25 тысяч человек, перепорото около 10 % двухмиллионного населения. Пороли как мужчин, так и женщин и детей.
Проходивший в ноябре 1919 г. в Екатеринбурге съезд депутатов Учредительного собрания во главе с его председателем В.М. Черновым призвал к борьбе за устранение «кучки заговорщиков» во главе с Колчаком. Съезд этот Колчак арестовал и затем частично расстрелял: депутат Муксунов был убит ещё во время ареста, а затем были расстреляны Барсов, Брудерер, Лиссау, Локтев, Марковецкий, фон Мекк, Саров и Фомин, которые сами в восстании не участвовали, были освобождены восставшими из тюрьмы, а после подавления восстания по приказу властей добровольно вернулись в тюрьму. Чуть позже колчаковской контрразведкой был убит эсер Павел Михайлов, также депутат Учредительного собрания, 10‐й его убитый член.
Остальные депутаты Учредительного собрания уцелели только потому, что их спасли чехи.