Новые скорби встречали архиепископа, продолжалась тяжелая борьба с уполномоченным по делам Церкви за храмы. Был сфабрикован "инженерный" протокол для закрытия собора в Евпатории: здание в опасности, к эксплуатации непригодно. Посланная уполномоченным бригада рабочих окопала фундамент чуть ли не до основания, и будто бы было найдено какое-то повреждение. Владыка Лука стал протестовать, телеграфировал в Патриархию. Приехали два инженера, обследовали собор, составили новый акт: фундамент был совершенно целым и надежным. Тем не менее, уполномоченный закрыл собор, местные власти спешно снесли купола и поместили в "опасном" помещении свои конторы и склады.
Подобные беззакония происходили часто. Владыка Лука посылал своего секретаря к уполномоченному с протестом, но тот не желал разговаривать. Архиепископ направил жалобу в Совет по делам Русской Православной Церкви, а Карпов командировал в Симферополь "комиссию", состоявшую из двух близких дружков уполномоченного. Храмы закрывались и по клеветническим доносам на священников и членов причта.
Владыка писал сыну летом 1956 года: "… Церковные дела становятся все тяжелее и тяжелее, закрываются церкви одна за другой, священников не хватает, и число их все уменьшается". Он неоднократно пишет сыну, что “до крайности занят тяжелейшими и неприятнейшими епархиальными делами”. "Епархиальные дела становятся все тяжелее, по местам доходит до открытых бунтов против моей архиерейской власти. Трудно мне переносить их в мои восемьдесят два с половиной года. Но уповая на Божию помощь, продолжаю нести тяжкое бремя". "Приехал член Совета по делам Православной Церкви для проверки заявлений на уполномоченного; ничего хорошего не принес и этот его приезд. Мне стало понятно: жалобы мои дадут мало результатов".
Письмо 1960 года: "Церковные дела мучительны. Наш уполномоченный, злой враг Христовой Церкви, все больше и больше присваивает себе мои архиерейские права и вмешивается во внутрицерковные дела. Он вконец измучил меня". “Более двух месяцев пришлось мне воевать с исключительно дурным священником… Бунт против архиерейской власти в Джанкое, длящийся уже более года и поощряемый уполномоченным”. "У меня гораздо больше сокращающих жизнь переживаний, чем у тебя", — сообщает епископ сыну. Большое письмо Владыки целиком посвящено духовным лицам, "восставшим против архиерейской власти и творившим великие безобразия, беззаконно повинуясь только уполномоченному…"
В трудное время особенно проявлялась любовь к Владыке Луке уважавших его людей. Знаменитый физиолог, ученик и последователь И. П. Павлова, Л. А. Орбели принадлежал к числу ученых, глубоко почитавших Владыку Луку. Алексей Валентинович Войно-Ясенецкий вспоминает: "Мой разговор с Леоном Абгаровичем об отце возник в августе 1958 года. Орбели уже не вставал в это время с постели и умер три месяца спустя. Не берусь воспроизвести весь наш разговор, но помню, что он удивил своей неожиданностью и проникновенностью. Смысл речи Орбели состоял в выражении отцу глубокого уважения, восхищения перед твердостью его убеждений, перед тем, что он всегда оставался врачом телесным и духовным. Твердость, несгибаемость отца особенно должны были импонировать Леону Абгаровичу, так как он сам в годы разгрома физиологической науки не отказался от своих научных убеждений.[22]
Даже тогда, когда за два месяца до смерти Сталина началась подготовка научной общественности к объявлению Орбели "врагом народа" и его аресту, он мужественно ожидал этого".Владыка Лука написал Л. А. Орбели: "Я очень тронут тем, что в долгом разговоре обо мне с моим сыном Алексеем Вы просили его передать мне Ваш низкий поклон как ученому и человеку… Вы знаете, конечно, как трудно мне было плыть против бурного течения антирелигиозной пропаганды и как много страданий причинила она мне и доныне причиняет… Я очень высоко ценю Вас как весьма выдающегося ученого и смелого борца против недостойных прихлебателей славы великого физиолога Павлова.
Да продлит Господь Бог Вашу светлую и высоко полезную жизнь и да облегчит великую тяжесть работы Вашего больного сердца. Об этом буду молить Его в молитвах своих.
Архиепископ Лука 5 сентября 1958 г."
В годы управления Крымской епархией Высокопреосвященный Лука произнес большую часть своих проповедей. Он начал проповедовать еще в Ташкенте, но по причине ареста и ссылки многие годы вынужден был молчать. Но с весны 1943 года, когда в Красноярске открылся храм, и до конца жизни архиепископ Лука проповедовал неустанно: писал проповеди, произносил их, печатал, правил, рассылал листки с текстом по городам страны. "Считаю своей главной архиерейской обязанностью везде и всюду проповедовать о Христе", — сказал он в Симферопольском соборе 31 октября 1952 года.