А.К. Маликов и В.И. Алексеев, с семьями, нелегально вернулись в Россию в конце июня — начале июля 1877 г. Дома их ждал арест, в соответствии с постановлением, изданным в 1875 г. Однако им удалось не привлекать к себе внимания, а властям было не до «богочеловеков»: только что закончились судебные заседания по «Процессу 50-ти» и в решающую фазу вступила подготовка к «Процессу 193-х». Оказавшись без каких-либо средств к существованию, они на какое-то (очень короткое) время нашли приют у A.A. Бибикова, а затем разъехались.
В.И. Алексеев с женой и детьми Маликова уехал к родным в Псков. Сам Маликов с новой женой — К.С. Пругавиной — к сестре в Москву [14-151,1]. Вскоре Маликову удалось устроиться на службу в управление Уральской железной дороги в Петербурге. В мае 1878 г. он уехал продолжать службу в Пермь, где познакомился и подружился с В.Г. Короленко. В своих воспоминаниях. Короленко оставил замечательный портрет основателя «богочеловечества» того периода жизни, когда разочарование от американской эпопеи еще не привело к отрицанию всех его прежних идей:
В эти годы (1877–1880) проходил непрерывный и достаточно болезненный процесс эволюции взглядов А.К. Маликова от «богочеловечества» к христианству, завершившийся после трагической смерти К.С. Пругавиной в 1881 г., о чем он сообщал в письме Л.Н Толстому в письме от 21 июня 1881 г.:
Александр Капитонович познакомился с Л.Н. Толстым, через В.И. Алексеева, ставшего своим человеком в доме писателя. Между ними завязалась переписка. Переписывался он также с B.C. Соловьевым и К.П. Победоносцевым. В Перми его мысли (по свидетельству В.Г. Короленко) текли в русле идей «богочеловечества», привлекавшие к нему членов местного народнического кружка. Однако процесс пересмотра всех положений «новой религии», начавшийся еще в коммуне, шел неостановимо. Сначала, еще в 1877 г. он, вместе с Фреем, сформулировал новый тезис: «о борьбе со злом именно только под именем меньшего зла» [79,251]. Другими словами, ревизии было подвергнуто коренное положение «богочеловечества» о возможности любовью и только любовью преодолеть все слабости человеческой натуры. Затем, анализируя собственную жизнь в коммуне, он пришел к выводу о невозможности искусственного преобразования человеческой натуры, как бы сильно сам человек не ощущал потребности в таком преобразовании. В результате, в 1877–1878 гг. у его теории образовалась теоретическая «лакуна»: он четко представлял себе цель развития человечества в целом, но не мог предложить конкретные средства совершенствования человека.