Как уже упоминалось выше, в качестве основного вооружения на «Хетцере» применялась 75-мм противотанковая пушка Рак 39/2 с длиной ствола 48 калибров. Она устанавливалась в узкой амбразуре лобового листа корпуса несколько правее продольной оси машины. Малые размеры боевого отделения при достаточно массивном казеннике пушки, а также несимметричная установка ее в боевом отделении привели к тому, что углы наведения орудия вправо и влево не совпадали (5° влево и до 10° вправо). Вертикальная наводка была возможна в пределах от -6° до +12°.
Надо сказать, что впервые в немецком и чехословацком танкостроении такое достаточно крупногабаритное орудие удалось вписать в столь маленькое боевое отделение. Это стало возможным благодаря применению специальной карданной рамки вместо традиционного орудийного станка. Такую рамку для орудия Рак 39/Рак 40 спроектировал в 1942 – 1943 годах инженер К.Штольберг, но некоторое время она не вызывала доверия у военных. Однако после изучения захваченных летом – осенью 1943 года советских САУ СУ-85 и СУ-152, орудия которых устанавливались в рамках, немецкое командование поверило в работоспособность подобной конструкции. Немцы применили рамку сначала на средних истребителях танков Jagdpanzer IV и Panzer IV/70, а позднее и на «Ягдпантере». Рамку вместе с орудием Рак 39/2 и подвижной бронировкой позаимствовали для «Хетцера» у САУ Jagdpanzer IV. По конструкции и баллистике Рак 39/2 была идентична пушкам KwK 40 и StuK 40. Бронебойный снаряд, покидавший ствол орудия с начальной скоростью 790 м/с, на дистанции 1000 м пробивал 88-мм броню, расположенную под углом 30°. Подкалиберный снаряд при начальной скорости 990 м/с на такой же дистанции пробивал броню толщиной 97 мм.
Поскольку носовая часть «Хетцера» оказалась сильно перегруженной (пустая САУ имела дифферент на нос, приводивший к проседанию передней части до 8 – 10 см относительно кормы), конструкторы попытались облегчить ее. Для этого, в частности, у серийных машин ранних выпусков несколько обрезали качающуюся бронировку орудия снизу и с боков, а затем еще и усилили подвеску передних опорных катков.
Пушки Рак 39/2 оснащались дульным тормозом. Однако на САУ Jagdpanzer IV в боевых частях его обычно демонтировали. При стрельбе, из-за небольшой высоты линии огня, работа дульного тормоза поднимала густое облако пыли, которое затрудняло прицеливание и демаскировало самоходку. В бою с танками противника и то и другое было весьма существенным. Серийные САУ «Хетцер» покидали цехи уже без дульного тормоза пушки – его попросту свинчивали, но уже в заводских условиях.
Оборонительный пулемет MG 42 размещался на крыше САУ перед левым люком на установке Rumdumfeuer и был прикрыт уголковым щитком. Огонь из него вел заряжающий.
Боекомплект пушки состоял из 40 – 41 выстрела, пулемета – из 1200 патронов.
В силовом отделении «Хетцера» устанавливался 6-цилиндровый карбюраторный четырехтактный рядный двигатель жидкостного охлаждения Praga AE мощностью 160 л.с. при 2600 об/мин. Использование этого мотора повлекло за собой изменения в системе выхлопа. В отличие от двигателя Praga EPA, который устанавливался на танках Pz.38(t), на этом моторе выхлопной коллектор выводился вверх через крышу силового отделения САУ, а не через кормовую стенку корпуса, как на танке. Радиатор емкостью 50 л находился в силовом отделении за двигателем. Отбор мощности на вентилятор, размещенный за радиатором, осуществлялся от коленчатого вала двигателя. В качестве топлива использовался этилированный бензин с октановым числом не ниже 74. Допускалось также использование спирто-бензиновой смеси и диналколя. В систему питания входили два бензобака емкостью 220 л (левый) и 100 л (правый). В процессе работы двигателя топливо из правого бака перетекало в левый. Подача топлива осуществлялась с помощью электрического насоса Solex Autopulse. Двигатель оснащался двумя карбюраторами Solex 46 FNVP. Емкость бензобаков обеспечивала запас хода до 185 км.