Обрела дальнейшее развитие и тенденция к вооружению самолета крупнокалиберным оружием – в самом конце 1943 г. была разработана модификация Як-9К, вооруженная 45-мм пушкой НС-45, снабженной мощным дульным тормозом (сила отдачи у орудия составляла 7 тс). И все же при стрельбе на небольших скоростях самолет разворачивало, а летчик испытывал резкие толчки. В связи с этим рекомендовалось вести огонь короткими очередями по 2-3 снаряда. Масса секундного залпа Як-9К достигла 5,53 кг (у Як-9 – 2,0 кг, у Як-9Т – 3,74 кг). Летные характеристики в основном соответствовали Як-9Т. В апреле-июне 1944 г. изготовили серию из 53 машин Як-9К для войсковых испытаний, но ввиду выявившейся ненадежности пушки НС-45 в массовое производство эта модификация не внедрялась.
Не особо удачной оказалась и попытка создать на базе Як-9 истребительно-бомбардировочный вариант. Размещение бомб на внешней подвеске, как на Bf 109, было признано неприемлемым по тем же соображениям, что и применение подвесных топливных баков. Поэтому на варианте, получившем обозначение Як-9Б, в закабинном пространстве оборудовали бомбоотсек, содержащий четыре трубы. В каждой из них можно было поместить 100-кг бомбу ФАБ-100 или кассету с 32 противотанковыми кумулятивными бомбами ПТАБ-2,5-1,5. Испытания, начатые в марте 1944 г., показали, что боевое применение с бомбовой нагрузкой 400 кг невозможно, поскольку при этом статическая устойчивость самолета недопустимо снижалась, и полеты на Як-9Б разрешались только наиболее опытным летчикам. В итоге максимальную бомбовую нагрузку пришлось ограничить 200 кг. Самолетов Як-9Б построили 109, а их боевое применение ограничилось, по сути, лишь войсковыми испытаниями. Несоответствие реальных характеристик Як-9Б заявленным было настолько существенным, что в 1945 г. командующий ВВС распорядился принимать все Як-9Б постройки харьковского завода № 135[
Еще одним специализированным вариантом стал разведчик Як-9Р, существовавший в двух модификациях: переделка обычного Як-9 и самолет, выпускавшийся заводом № 166 на базе Як-9Д. В обоих вариантах в закабинном отсеке устанавливался АФА.
Як-9 суждено было наконец-то получить более мощный двигатель ВК-107А, при габаритах, почти аналогичных ВК-105ПФ-2, почти на 30% большую мощность (1650 л.с.). Вооружение состояло из 20-мм мотор-пушки и двух синхронных 12,7-мм пулеметов. Прототип вышел на испытания в конце 1943 г. Прирост скорости составил на разных высотах 60-70 км/ч, но из-за недоведенности винтомоторной группы и систем охлаждения поначалу пришлось пойти на ограничение снимаемой мощности (запрещалось использование боевого режима), а значит – и на снижение летных данных. Существенным недостатком был также малый ресурс ВК-107А, составлявший поначалу всего 25 часов, и его повышенная по сравнению с ВК-105ПФ пожароопасность. Серийный выпуск Як-9У начался в апреле 1944 г., но на фронте они появились лишь в октябре. В феврале 1945 г. начался выпуск Як-9УТ с мотором ВК-107А и вооружением из 23-мм мотор-пушки НС-23 и двух 20-мм синхронных пушек Б-20С. За три месяца выпустили 282 Як-9УТ.
Хотя задача создания высотного истребителя была для ВВС Красной армии гораздо менее актуальной, чем для Люфтваффе, работы в этом направлении в СССР не прекращались всю войну. Была предпринята и попытка создать соответствующую модификацию Як-9. Еще в апреле 1943 г. собрали опытную партию (5 единиц) истребителей Як-9ПД с увеличенным на 0,5 м размахом крыла и высотным двигателем М-105ПД с двухступенчатым нагнетателем Э-100. Для облегчения машины из вооружения оставили лишь одну 20-мм пушку. Однако мотор перегревался и на большой высоте работал нестабильно. В 1944 г. опыт повторили, взяв за основу самолет Як-9У с мотором ВК-107А. Самолет предельно облегчили, и его взлетная масса составила всего 2500 кг. то есть рекордно малую для Як-9, да и для вообще всех истребителей «як» периода войны, величину. Потолок удалось поднять до 13 100-13 500 м. Но к тому времени задача перехвата высотных самолетов-разведчиков, для решения которой и создавался Як-9ПД, окончательно утратила свою актуальность, и после постройки 30 высотных истребителей их выпуск прекратили.