Присутствовавший на собрании Серебрянский дал исключительно положительную характеристику Зубову, подчеркнув его добросовестность, честность и преданность партии. Касаясь Абакумова, он осудил его аморальные поступки, но заметил, что тот еще молод, взысканий не имел и потому мера наказания ему должна быть воспитательной. Он предложил ограничиться выговором.
В ходе дискуссии поступило и другое предложение — перевести коммуниста Абакумова из членов партии в кандидаты, но оставить в органах НКВД. В свою очередь Абакумов клятвенно обещал товарищам по партии не допускать при ведении следствия произвола, попросил у них прощения за свое поведение.
В итоге собрание согласилось с предложением перевести Абакумова из членов партии в кандидаты. Его понизили в звании, но оставили в органах госбезопасности.
Через год с небольшим Абакумов был восстановлен в правах члена партии и вернулся на прежнюю должность в следственную часть. Спустя еще некоторое время ему было присвоено очередное звание. Став исполняющим обязанности начальника следственного отделения НКВД СССР, Виктор Абакумов приложил руку к аресту и расстрелу руководителей внешней разведки Артузова и Шпигельглаза, вновь отправил в тюремную камеру разведчика Зубова и многих других чекистов. Он мстил за свое унижение. Мстил жестоко.
Оказался в тюрьме и старший майор госбезопасности Яков Серебрянский, получивший совсем недавно из рук Калинина орден Ленина и обласканный самим Сталиным. Увы, теперь это уже не имело значения.
«Значение имело лишь слово начальника следственной части НКВД капитана госбезопасности Виктора Абакумова, — писал Юрий Колесников. — Того самого, которого несколько лет назад по инициативе Серебрянского спасли от верной гибели. Люди, как и сама жизнь, преподносят подчас коварные сюрпризы. Честный человек остается признателен тому, кто однажды спас ему жизнь, негодяй отнимает жизнь у своего спасителя.
Абакумов, злобный, мстительный, не смог снести унижения, испытанного на том партсобрании, когда ему во спасение карьеры и жизни пришлось просить прощения за произвол, допущенный им при ведении следствия».
В ходе следствия Серебрянского подвергали «интенсивным методам допроса». Первый допрос состоялся 13 ноября 1938 года. Однако нужных признательных показаний от него добиться не смогли. В результате Берия наложил на документ, касающийся арестованного, резолюцию: «Тов. Абакумову! Хорошенько допросить!»
Спустя четыре дня в допросе Серебрянского приняли участие сам Берия, а также его заместитель Кобулов и Абакумов. Разведчика жестоко избили, и, спасая свою жизнь, он вынужден был дать ложные показания и оговорить себя. На допросе Серебрянский назвал вымышленные фамилии соучастников своей «антисоветской деятельности», что позволяло тянуть время и не бросать тень подозрения на своих коллег. Кстати, на допросе в 1954 году Серебрянский показал, что еще до суда, то есть на предварительном следствии, он отказался от показаний, в которых признавал себя виновным.
Полина Натановна Серебрянская впервые была допрошена 28 февраля 1939 года. Ее обвиняли в недонесении на собственного мужа.
Характерно, что во время следствия в 1939 году, находясь в жутких условиях, Серебрянский писал «Наставление для резидента по диверсии».
В этом «Наставлении» Серебрянский рассматривал боевую нелегальную работу как важный участок обороны страны, позволяющий ослабить противника за счет уничтожения его важных военных и промышленных объектов в случае нападения на Советский Союз. Считая этот участок работы очень ответственным, он подчеркивал: «Только тот имеет право посылать товарищей на опасную для их жизни работу, кто сам готов подвергнуть себя этой опасности. Ты должен быть счастлив, что партия тебе доверяет такой ответственный участок работы». Работа над учебником была завершена 15 октября 1939 года.
Допросы арестованного с применением «интенсивных методов» продолжались. А в перерывах между допросами Серебрянского выводили в специальное помещение или вывозили на Лубянку, где с ним встречались представители центрального аппарата разведки для консультаций по особо важным оперативным вопросам. Ведь Яков Исаакович держал в голове схемы вербовок наиболее ценных агентов, с которыми органы государственной безопасности продолжали поддерживать связь, знал все их слабые и сильные стороны. Его консультации были исключительно важны для представителей различных подразделений внешней разведки.
Из рассказа сына Серебрянских Анатолия Яковлевича: «В год ареста родителей мне едва исполнилось пять лет. Я жил в нашей квартире с сестрой мамы — бухгалтером Наркомата земледелия СССР Шелли Натановной. Она воспитывала меня, кормила, поила, ухаживала за мной как за сыном. Я ей бесконечно благодарен.