1 августа 1922 года Ференц Патаки назначен помощником начальника контрразведывательного отдела ГПУ, на него возложено руководство охраной госграниц. Он подготовил доклад о необходимости сосредоточить все вопросы, связанные с охраной государственных границ, в ГПУ. Доклад был одобрен начальником КРО А. X. Артузовым, свои соображения по этому вопросу Ф. Э. Дзержинский представил В. И. Ленину и получил его одобрение. Постановлением правительства от 27 сентября 1922 года охрана границ была возложена на ГПУ. С этой целью был создан Отдельный пограничный корпус, командиром которого по совместительству назначается начальник КРО ГПУ А. X. Артузов.
23 апреля 1923 года Ференц Патаки по состоянию здоровья освобождается от службы в ГПУ. Начальник КРО дает ему следующую характеристику: «Знаю товарища Патаки по работе с 1920 года как весьма энергичного, неутомимого работника, дисциплинированного и обладающего большой личной инициативой, и прекрасного товарища. Патаки принадлежит значительная доля заслуг в ликвидации бандитизма… Исключительно болезнь заставила тов. Патаки сделать перерыв в работе в ГПУ».
Этот перерыв длился 20 лет. Забегая вперед скажем, что совместная работа с Артузовым и другими видными чекистами, впоследствии объявленными «врагами народа», отразилась и на судьбе Ференца Патаки.
Наступил период его активной административно-хозяйственной деятельности. Патаки был направлен в Туркестан на восстановление текстильного производства, работал заместителем директора текстильной фабрики в Ташкенте. Учился на экономическом отделении Среднеазиатского государственного университета.
В 1924 году по приглашению Ф. Дзержинского Патаки вернулся в Москву и поступил на работу в ВСНХ, где возглавил ревизионную комиссию по текстильному производству, затем работал во главе аналогичной комиссии треста «Москвауголь». Он стал экономистом высшей квалификации. В 1927–1929 годах работал заместителем ректора Коммунистического университета трудящихся Востока. Здесь пригодилось его знание языков. В 1929–1930 годах трудился в аппарате ЦК ВКП(б), учился в Академии снабжения. Внес свой вклад в развитие киноиндустрии: руководил московским трестом «Совкино», затем Совэкран, четыре года занимал должность заместителя директора Межрабпомфильма.
Но тут Патаки настиг неожиданный удар. В 1938 году по клеветническому обвинению в связях с троцкистами он был исключен из партии, в вину ему поставили то, что он «не сумел своевременно распознать подлинные политические лица» некоторых своих знакомых.
С началом Великой Отечественной войны Патаки решил с оружием в руках защищать Советский Союз, ставший для него новой родиной. Он обратился с заявлением в ЦК ВКП(б) и НКВД СССР, предложив использовать его возможности, богатый жизненный и чекистский опыт, а также свободное владение немецким, венгерским и румынским языками для разведывательно-диверсионной работы в тылу противника. В феврале 1942 года Патаки пригласили на Лубянку и закрепили за отделением Серебрянского, в котором ему поручили работу среди захваченных в плен венгерских хортистских военнослужащих.
В начале 1943 года Патаки предложили возглавить разведывательную группу. Началась интенсивная подготовка группы, проводившаяся 3-м отделением 4-го Управления НКВД, которым руководил Яков Серебрянский.
Для группы Яна требовались одежда и нижнее белье, оружие и снаряжение, медикаменты и продукты питания иностранного производства. Все это подбиралось на складах того же 4-го Управления НКВД. Группе выделили четыре рации: две, работавшие в радиусе до двух тысяч километров, и две — с дальностью до 800 километров. Были изготовлены все необходимые документы.
Яков Серебрянский лично подобрал в группу Яна пять человек. Это были уроженцы Закарпатья — русины, закарпатские украинцы, свободно говорившие на местном языке, а также по-венгерски и по-словацки. Некоторые из них как интербригадовцы были обстреляны в ходе гражданской войны в Испании, побывали в эмиграции на угольных копях Бельгии.
На роль заместителя начальника группы был подобран зрелый боец-интернационалист Шугай, обладавший большими организаторскими способностями. Это было тем более важно, что в дальнейшем предусматривалось оставить в Карпатах заместителя, радиста и двух связников, а самому Яну с одним из радистов уйти в Будапешт.
Потребность в разведывательной информации из данного региона была огромной. Поэтому перед группой ставились задачи не только диверсионного, но и информационного плана. Так, в задании для Яна предусматривался, например, сбор информации о политическом курсе правительства Венгрии и намечавшихся в нем изменениях в связи с осложнением общей военно-политической обстановки, о деятельности политических партий, группировок и видных общественных деятелей страны, в том числе об их отношении к правительству, о проявлении недовольства венгерского населения политикой правительства и его деятельностью. Москву также интересовали отношения Венгрии с соседней Румынией.