В самом начале сентября в Якутске состоялось совещание, на котором для борьбы с белоповстанцами было решено сформировать два боевых участка. Наиболее опасным из них считалось Охотское направление, поскольку в этом порту предполагался десант Бочкарёва. На Нельканском направлении был создан штаб для борьбы с белобандитами, в который вошли командир Г.И. Каратаев, представитель ЧК Ефимов, комиссар Шергин и проводник Алексеев. Ему подчинили отряд Котруса и выслали ему подкрепление из состава 7 Сибирского отряда ЧОН силою в 50-60 штыков. Для охраны Амги местный советский и партийный актив сформировал отряд. К середине октября в распоряжении Каратаева находилось свыше сотни штыков при пулемёте Кольта и 3 автоматах Шоша. В отличие от белоповстанцев его бойцы (97 из 114) были вооружены «трёхлинейками» и имели по 200 патронов на ствол. В своём распоряжении отряд имел 120 верховых и 20 обозных лошадей, что обеспечивало ему широкие возможности для маневра. Пользуясь этим, красные совершили несколько разведывательных вылазок в направлении Аима, но белых так и не обнаружили.
То, что противник силён в ЧК поняли не сразу. Первоначально восстание квалифицировалось как неорганизованный бандитизм, который можно подавить своими силами с привлечением милиции. Осознав серьёзность ситуации, ЯкГуббюро взяло курс на усиление репрессий, вызвав озлобление всего якутского народа, что привело к росту числа врагов советской власти.
20 сентября 1921 года, командующий V советской армии Уборевич издал приказ N1350, согласно которому все советские органы должны были беспощадно бороться с бандитизмом. Шесть дней спустя Якутский ревком ввёл его в действия, грозя суровой карой за его неисполнение. В условиях якутской реальности при почти поголовной неграмотности и незнании русского языка данные приказы, опубликованные в газете, имели обратное действие. Состоявшийся в Якутске 1-й Якутский губернский съезд уездных и волостных ревкомов принял резолюцию в связи с появлением «белых банд на восточной окраине Якутской губернии», где призвал «всех трудящихся Якутской губернии принять активное участие в ликвидации бандитизма, возглавляемого белыми офицерами».
Для его поддержки Губбюро ВКП(б) постановило сформировать добровольческие отряды из числа партийных и советских работников. Первые отряды «красных партизан» возникли в начале сентября Петропавловском, Намцах, Покровске, Амге и Абаге. Из двадцати подобных подразделений наибольшую известность приобрела Татто-Чурапчинская дружина, возглавляемая «ультракоммунистом» Н.Д. Кривошапкиным-Субурусским. В отличие от сибирских и приамурских партизанских отрядов, якутские «красные партизаны» не проводили самостоятельных боевых операций против белых, ограничиваясь лишь разведывательными задачами и карательными рейдами.
Получив недвусмысленный приказ, советские и партийные работники, отдельные красные командиры и сотрудники ГубЧК, опираясь на красных партизан, развязали «красный террор». На Амгинском участке был сформирован «ударный отряд ЧК» из 38 человек, который подчинялся особому отделу. После расстрела 7 (по другим сведениям – 6) местных жителей, якобы пытавшихся перебежать к врагу, его начальник Аржаков был вынужден оправдываться перед слобожанами за столь суровый приговор. Другим типичным примером является «контрреволюционный заговор» в Намском улусе, в котором были уличены 16 человек. Его главарями были объявлены начальник милиции И.Л. Ясенецкий и его делопроизводитель, князец Хатын-Аринского наслега М.С. Ядрихинский. Заговорщики планировали захватить власть в Намцах, расстрелять всех коммунистов и установить связь с Охотском. М.С. Ядрихинский был убит при попытке к бегству местными советскими активистами, шестерых «заговорщиков» коллегия ГубЧК под председательством А.В. Агеева приговорила к году лишения свободы, а остальных амнистировала. Их вина заключалась в том, что они выражали свое несогласие с политикой изоляции тойонов. Естественно, что подобные меры сильно компрометировали советскую власть в наслегах и приисках. 1 октября 1921 года ГубЧК было реорганизовано в отделение ГПУ, однако, методы борьбы с контрреволюцией почти не изменились. Когда декабрю процесс реорганизации карательных органов советской власти был закончен, большинство бывших чекистов перешли в органы ГПУ.
В Якутске и его окрестностях вымогательства, истязания и таинственные исчезновения людей были обыденным явлением. При сдаче дел ГубЧК стали известны дела чекистов Боруна и Корякина, которых обвиняли в изнасиловании и издевательствах над женами якутов, бежавших в тайгу, а также пытках лиц, заподозренными в сочувствии или в поддержке белоповстанцев. Не являлось секретом, что это «стрелочники», поскольку «общая установка» РВС V армии способствовала их появлению. В таких условиях не могло не начаться всеобщее возмущение советской властью.
7. НАЧАЛО БОРЬБЫ