Якутская областная гражданская администрация резонно полагала, что её успешное освоение невозможны без создания соответствующего культурного пространства и «обрусения» инородцев. По этой причине она всесторонне поддерживала местные инициативы, связанные с духовным и культурным просвещением населения. Власти всячески способствовали открытию новых школ и библиотек и содействовали обустройству общественного собрания в Якутске. В нём возник кружок местной русской интеллигенции, который знакомил с современными произведениями театрального и музыкального искусства. При губернаторе В.Н. Скрыпицыне женская и мужская прогимназии были преобразованы в гимназии, благодаря чему для якутов стало доступно среднее образование.
Областная администрация, зависевшая от поставок хлеба из Иркутска, стремилась развивать земледелие, что привело к открытию сельскохозяйственной школы с земледельческой фермой. Подготовка специалистов требовала повышения общеобразовательного уровня жителей области, в частности, учителей, для чего были открыты педагогические курсы. Другим решением кадровой проблемы были послабления образованным политическим ссыльным, которые познакомили якутскую учащуюся молодёжь с социалистическими идеями. Так, Емельян Ярославский создал в Якутске кружок «Юный социал-демократ», через который прошли многие представители якутской учащейся молодежи, который оказал влияние на будущих лидеров советской Якутии П.А. Ойунского87 и К. Амосова.
Якутский губернатор Крафт добился выделения 26 стипендий для обучения якутских детей75. Под его покровительством на территории области проводились географические и этнографические изыскания, завершавшиеся изданием их результатов и позволившие сохранить уникальный якутский фольклор и олонхо76. В Якутске появились телефон, телеграф, кинематограф, электричество, музея-библиотеки. Эти мероприятия способствовали не только росту и сплочению рядов якутской интеллигенции, но и росту её национального самосознания.
Вследствие социально-экономических и демографических перемен реальная власть в наслегах и улусах перешла в руки разбогатевших и более образованных незнатных соплеменников, из числа которых сформировалась якутская национальная интеллигенция и сельская буржуазия. К началу века «новые» тойоны, заправлявшие в наслежной администрации, составляли довольно активную в политическом плане часть коренного населения. К 1905 году в Якутской области насчитывалось свыше сотни русских чиновников и 318 «всякого рода служилых людей, составляющих наиболее образованную часть населения. Зародившаяся в недрах тойоната якутская интеллигенция постепенно росла в численном отношении и формировала собственную идеологию.
Якутское сельскохозяйственное общество (ЯСХО) было учреждено в 1899 году для стимулирования сельского хозяйства. После того, как в 1905 году её председателем стал В.В. Никифоров, его деятельность в общественно-политической жизни края активизировалась. С согласия председателя Совета Министров С.Ю. Витте, В.В.
Никифоров со своими единомышленниками взяли за основу бурятский проект земского самоуправления, но он был отклонён. Убедившись в нежелании областных властей проводить реформу, В.В. Никифоров перешёл в открытую оппозицию и встал на путь организованной борьбы за осуществление своих идей. По его инициативе 4 января 1906 года в Якутске собрались представители улусов и интеллигенции, принявшие решение о создании «Союза инородцев-якутов». В политическом отношении В.В. Никифоров и его единомышленники ориентировались на идеологов сибирского областничества, отстаивавших автономию Сибири. В основу Устава СИЯ были положены принципы российского «Крестьянского Союза». 17 января 1906 года из Петербурга в Якутск пришло распоряжение министра внутренних дел о роспуске «Союза якутов» и немедленном аресте его руководителей. В ночь с 18 на 19 января полиция арестовала шестерых членов ЦК. Этих мер оказалось достаточно, чтобы оказать деморализующее воздействие не только на якутскую интеллигенцию, но и на некоторых членов «Союза якутов».
В середине января 1912 года А.И. Софронов (Алампа), И. Н. Эверстов, К.М. Стручков, Н. Г. Соловьев и А. Е. Кулаковский составил устав «Кружка любителей якутской литературы» и подал в Якутское областное присутствие по делам об обществах и союзах заявление о регистрации этого общества. Кружок ставил своей задачей развитие литературы на якутском языке, но в регистрации его было отказано, так как областное присутствие нашло, что проектируемое общество имеет своей целью «объединение инородческих элементов на почве исключительно национальных интересов, а это запрещено законом». Однако, растущее национальное самосознание якутов уже было трудно остановить.