Вторую ракету, находившуюся в монтажно-испытательном корпусе, вернули на завод для устранения замечаний по результатам работы комиссий. После доработки ракету вновь погрузили в специальные вагоны, и железнодорожный состав 28 декабря 1960 года отправился из Днепропетровска на полигон. Вместе с ракетой этим же поездом отбыла и бригада испытателей во главе с Главным конструктором. В составе поезда три спецвагона с ракетой и оборудованием, три купейных вагона для экспедиции и вагон-салон (с роялем) для Главного конструктора, технического руководителя испытаний М.К. Янгеля.
Новый год испытатели встретили в пути. Главный пригласил к себе в вагон-салон. В 24.00 по местному времени 31 декабря, когда все встали, чтобы поднять тост, остановился и поезд. Машинист сделал непредвиденную остановку на 1–2 минуты, чтобы встретить Новый год. Очевидно существует такая традиция на железной дороге. В 6 часов утра 1 января 1961 года состав встречали в Тюратаме.
Председателем Государственной комиссии по проведению испытаний назначили генерал-лейтенанта А.И. Соколова, возглавлявшего головной Научно-исследовательский институт Ракетных войск Министерства обороны. Техническое руководство по-прежнему осуществлял М.К. Янгель. Начались новые полигонные испытания по новой технической документации. На сей раз проводились они тщательно и продуманно при строгом соблюдении всех требований инструкции по безопасности работ, в присутствии главных и ведущих конструкторов всех организаций-разработчиков систем ракеты.
В целях тщательной проверки и анализа надежности комплексной электрической схемы системы управления и полного исключения любых случайностей в самом начале испытаний второй ракеты техническим руководителем испытаний была создана специальная группа из представителей научно-исследовательских институтов и конструкторских бюро — разработчиков ракеты во главе с директором и главным конструктором Научно-исследовательского института электромеханики А.Г. Иосифьяном.
Среди готовивших к пуску вторую ракету многие были участниками и даже пострадавшими в тот трагический день октября 1960 года. Однако никаких признаков психологического груза катастрофы, боязни, неуверенности в действиях испытателей не проявилось.
И все же для поддержания моральной и психологической атмосферы время пребывания на старте было сокращено до минимума.
За несколько дней до пуска возникла ситуация, которая долго потом рассказывалась как анекдот. При обсуждении порядка предстартовых работ непосредственно около ракеты вдруг один из стартовой команды испытателей выясняет, что только ему после окончания операций заправки компонентами топлива и прорыва мембран предстоит остаться у ракеты, чтобы провести определенные заключительные операции. Это было настолько неожиданно, что, не сумев сдержать изумления, он в сердцах воскликнул:
— Так что, я один..?
На это присутствовавшие хором прореагировали:
— Хэ…
Однако очень быстро, буквально за несколько минут к огромному удовлетворению испытателя и всех присутствовавших выяснилось, что в этом нет необходимости.
После проведения всех работ на технической позиции в последней декаде января 1961 года ракета была вывезена на старт, установлена на пусковой стол. Пуск был назначен на один из последних дней января. Погода явно не благоприятствовала испытаниям. Мороз достигал минус 36 о
С. Вечером были проведены все регламентные испытания. Все системы функционировали нормально, за исключением полного отказа канала траекторных телеметрических измерений системы "Рубин-1", которая была установлена в головной части ракеты. Из-за этого пуск отложили.На состоявшемся затем заседании Государственной комиссии приняли решение снять головную часть и отправить на техническую позицию для устранения дефекта в системе "Рубин-1". Однако при проведении испытаний дефект не подтвердился, и вечером головная часть была отправлена на старт и пристыкована к ракете. В десять часов вечера все было готово к пуску, который был назначен на шесть часов утра следующего дня.
Когда же команда испытателей утром прибыла на пуск, то вновь повторилась предыдущая ситуация — все системы работают нормально за исключением злополучной системы "Рубин-1". Неисправность повторилась.
И тут-то вокруг системы телеизмерений закрутилась карусель. В десять часов заседание Государственной комиссии. Присутствуют главные конструкторы всех систем и агрегатов, представители Заказчика. Председатель — генерал-лейтенант А.И. Соколов потребовал от главного конструктора системы "Рубин-1" А.Ф. Богомолова доложить о причинах отказа, и какие меры необходимо предпринять для восстановления ее работоспособности. Однако из сообщения А.Ф. Богомолова не следовало однозначного ответа, как "лечить" систему "Рубин-1" в условиях подготовки ракеты к пуску. Поэтому председатель в категорической форме потребовал предложить конкретные меры, напомнив для убедительности о важности и ответственности выполнения требований правительства о пусках ракеты Р-16.