А менее чем через месяц (14 октября 1964 года) состоялся знаменитый октябрьский Пленум ЦК КПСС. В результате состоявшегося "дворцового переворота" Н.С. Хрущев был смещен со всех занимаемых постов и отправлен на пенсию. В конце 1964 года, после изменения расстановки сил в государственном аппарате, под председательством президента Академии наук СССР академика М.В. Келдыша была создана авторитетная комиссия, в которую вошли главные конструкторы, ведущие ученые и представители Заказчика. Перед комиссией была поставлена задача: выработать объективное заключение о целесообразности продолжения работ по созданию ракетных комплексов УР-100, УР-200 и УР-500, разрабатывавшихся в ОКБ-52 Главного конструктора В.Н. Челомея.
Поскольку все предложения других главных конструкторов по малогабаритным легким ракетам в предшествующий период торпедировались (в частности, предложение М.К. Янгеля о создании ракеты Р-37), поэтому альтернативы ракете УР-100 просто не существовало. В то же время такая ракета была нужна Ракетным войскам для достижения паритета с США. Поэтому комиссия посчитала целесообразным продолжить и форсировать работы по ракете УР-100.
Такая же ситуация сложилась и по тяжелому носителю УР-500. Поскольку в июне 1964 года постановлением Правительства разработка тяжелого космического носителя Р-56 в ОКБ-586 была прекращена, альтернативы тяжелому носителю не существовало. А ракета такого класса была нужна. Выработав целый ряд замечаний, комиссия рекомендовала продолжить работы.
Практически единодушны были члены комиссии и при вынесении вердикта ракете УР-200: дальнейшие работы по проекту прекратить, так как конкурирующая ракета Р-36 бесспорно имеет лучшие тактико-технические характеристики. Ракета Р-36 была мощнее по энергетике. Она могла нести тяжелый заряд на ту дальность, на которую УР-200 несла только легкий. С этой точки зрения ОКБ-586 горячо поддерживал ВНИИЭФ.
Это была трудная, но еще не окончательная победа М.К. Янгеля. Предстояло выдержать еще один бой. Речь шла об орбитальном варианте ракеты УР-200. Сила позиции В.Н. Челомея заключалась в том, что до октябрьского 1964 года Пленума ЦК КПСС, когда все предложения, исходившие из ОКБ-52 "встречали понимание", ему удалось привлечь к разработке орбитального варианта УР-200 мощного в то время союзника — Главного конструктора А.И. Савина, создателя космических аппаратов военного назначения типа ИС и УС. Представителям ОКБ-586 во главе с В.С. Будником, которые тоже входили в состав комиссии, потребовалось приложить определенные усилия, чтобы доказать не только А.И. Савину, но и всем принимавшим участие в выработке решения, что с помощью ракеты Р-36 значительно лучше можно будет справиться с задачей выведения на орбиту в режиме спутника таких космических аппаратов, чем ракетой УР-200. После непростых дебатов решение с большим трудом все же было принято. А это значило, что все работы по УР-200 полностью прекращались. Таков финал противостояния двух Главных конструкторов по тяжелой межконтинентальной баллистической ракете в середине шестидесятых годов.
К этому следует добавить, что 21 июля 1967 года ракетный комплекс с ракетой Р-36 был принят на вооружение и одновременно вышло Постановление правительства "О создании космической системы морской разведки в составе искусственного спутника Земли УС и ракеты-носителя на базе ракеты Р-36". А в августе того же года на космодроме Байконур начались летно-конструкторские испытания ракеты-носителя 11К67 с космическим аппаратом ИС системы противоракетной обороны.
Знаменательной датой в истории создания ракеты Р-36 явился август 1965 года. Очередной пуск должен был производиться со стартового комплекса, расположенного на расстоянии более десяти километров от командного пункта. К этому событию было приковано внимание всех: такие старты не проводились не только в Советском Союзе, но и в США. Необходимо было проверить надежность функционирования всех систем. В частности, вызывала сомнение возможность фактического падения напряжения в системе электропитания на такой длине кабелей. Но после загрузки ракеты в шахту и проведения всего комплекса электроиспытаний опасения отпали. Заправленную ракету оставили на ночь, так как пуск был назначен на утро следующего дня.