В эпоху Яёй существовало несколько способов погребения, однако наиболее распространенными были захоронения в каменных гробницах – цистах и кувшинные захоронения. Там, где в Яёй еще не отказались от кьёккенмёдингов, покойников, как и в Дзёмон, хоронили в них. Кроме того, практиковались и другие методы погребения: в простой вырытой в земле яме, прикрытой сверху камнем или деревом (такие захоронения часто встречаются на кладбищах по соседству с кувшинными), и в небольших углублениях прямоугольной или продолговатой формы.
Обычай сооружения каменных гробниц пришел из Кореи; скорее всего, в них хоронили власть имущих. Цисты делали из сравнительно тонких каменных плит, иногда на это уходило совсем немного материала; часто встречаются довольно аккуратно вырезанные плиты. Каменные гробницы неравномерно разбросаны по островам между Кореей и Японией, они есть также на севере острова Кюсю и наиболее близкой к острову Кюсю оконечности острова Хонсю (карта 3). Больше всего цист на острове Цусима, а вот на западе префектуры Фукуока, где в весьма значительных количествах сосредоточены кувшинные захоронения, их на удивление мало. Поскольку на многих кладбищах, например на острове Ики, имеются захоронения как кувшинного типа, так и в цистах, можно предположить, что существовал какой-то период, когда одновременно практиковались оба способа погребения. В местности Теннодзан, расположенной вдоль реки Симада на юго-востоке префектуры Ямагути, цисты были обнаружены в нижней части культурного слоя, а кувшинные захоронения – над ними. Эта находка помогла понять, какой из двух погребальных обычаев более древний. Еще один аргумент в пользу большей древности каменных гробниц (не учитывая значительного числа известных случаев одновременного существования обоих обычаев) заключается в том, что в цисты вместе с умершим чаще всего не клали никаких предметов. Судя по всему, эти захоронения были сделаны еще до появления практики помещения в могилу личных вещей покойного. Напротив, в кувшинных захоронениях – в самой погребальной урне или рядом с ней – часто попадаются различные украшения, зеркала, оружие и другие предметы. Дольше всего обычай захоронения в каменных гробницах продержался на Цусиме, правда, к тому времени остров уже утратил свое былое значение в качестве перекрестка дорог с континента на Японские острова. В цистах там нередко находят изделия из железа, бронзы и камня. А всего лишь несколько лет назад ученые были убеждены в обратном: что сначала появились кувшинные захоронения, а потом цисты – предшественницы курганных захоронений.
Каменные гробницы обычно встречаются группами по шесть или более штук. Примечательна гробница № 5 на кладбище Дойгахама в префектуре Ямагути: ее специально достраивали для того, чтобы похоронить несколько человек; всего в ней находились останки пяти взрослых мужчин. На этом же кладбище некоторых умерших хоронили и за пределами гробниц; хотя никаких других артефактов рядом с ними обнаружено не было, сохранились украшения с их погребальных одежд.
Каменные гробницы были распространены в периоды раннего и среднего Яёй. Кувшинные захоронения имеют более продолжительную историю: они появились в период раннего Яёй и активно практиковались на острове Кюсю примерно до принятия буддизма в VI веке нашей эры. Интересно, что этот обычай не вышел за пределы острова Кюсю. Данный феномен можно объяснить так: к тому времени, когда кувшинные захоронения приобрели значительную популярность и этот обычай уже был готов распространиться на новые территории по побережью Внутреннего моря, из Кан-сая пришла новая мода – возводить погребальные курганы. Более внушительные внешне, они произвели сильное впечатление на местных жителей, поэтому, естественно, стали возводить именно их. А кувшинные захоронения в последние два столетия их существования использовались главным образом для детей.